More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1248 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU2271  lysyl-tRNA synthetase  70.53 
 
 		 491 aa  719    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3424  lysyl-tRNA synthetase  67.41 
 
 		 492 aa  706    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1248  lysyl-tRNA synthetase  100 
 
 		 494 aa  1017    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.88178e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2360  lysyl-tRNA synthetase, class-2  69.51 
 
 		 491 aa  722    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0836  lysyl-tRNA synthetase  67.61 
 
 		 492 aa  709    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000359337  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3240  lysyl-tRNA synthetase  68.62 
 
 		 494 aa  707    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000008657  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3014  lysyl-tRNA synthetase  69.23 
 
 		 503 aa  712    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.270584  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0757  lysyl-tRNA synthetase  69.43 
 
 		 492 aa  718    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0478688  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2234  lysyl-tRNA synthetase  58.37 
 
 		 504 aa  605  9.999999999999999e-173  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3384  lysyl-tRNA synthetase  60.29 
 
 		 502 aa  605  9.999999999999999e-173  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0888  lysyl-tRNA synthetase  59.23 
 
 		 501 aa  597  1e-169  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1365  lysyl-tRNA synthetase  58.22 
 
 		 532 aa  592  1e-168  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.040149  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3742  lysyl-tRNA synthetase  57.78 
 
 		 496 aa  586  1e-166  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.464722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2993  lysyl-tRNA synthetase  58.67 
 
 		 501 aa  584  1.0000000000000001e-165  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0422  lysyl-tRNA synthetase  57.61 
 
 		 511 aa  579  1e-164  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1957  lysyl-tRNA synthetase  57.32 
 
 		 513 aa  572  1.0000000000000001e-162  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0301  lysyl-tRNA synthetase  56.28 
 
 		 496 aa  565  1e-160  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1462  lysyl-tRNA synthetase  57.2 
 
 		 499 aa  568  1e-160  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.485699  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2847  lysyl-tRNA synthetase  56.34 
 
 		 484 aa  567  1e-160  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1032  lysyl-tRNA synthetase  56.97 
 
 		 501 aa  566  1e-160  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.565305  normal  0.238368 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00750  Lysyl-tRNA synthetase  54.47 
 
 		 491 aa  565  1e-160  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000253681  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2848  lysyl-tRNA synthetase  56.16 
 
 		 501 aa  563  1.0000000000000001e-159  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.266623 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0983  lysyl-tRNA synthetase  58.78 
 
 		 496 aa  563  1.0000000000000001e-159  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0251  lysyl-tRNA synthetase  54.45 
 
 		 499 aa  562  1.0000000000000001e-159  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000260184  normal  0.314985 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0175  lysyl-tRNA synthetase  53.66 
 
 		 510 aa  561  1.0000000000000001e-159  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000127982  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0620  lysyl-tRNA synthetase  55.58 
 
 		 503 aa  560  1e-158  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0163  lysyl-tRNA synthetase  54.18 
 
 		 488 aa  561  1e-158  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000142799  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3851  lysyl-tRNA synthetase  56.36 
 
 		 505 aa  555  1e-157  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0982146 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0883  lysyl-tRNA synthetase  56.36 
 
 		 505 aa  555  1e-157  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0924  lysyl-tRNA synthetase  56.36 
 
 		 505 aa  555  1e-157  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02722  lysine tRNA synthetase, constitutive  56.07 
 
 		 505 aa  553  1e-156  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.639926  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0802  lysyl-tRNA synthetase  56.07 
 
 		 505 aa  553  1e-156  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000973431  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3888  lysyl-tRNA synthetase  55.56 
 
 		 505 aa  553  1e-156  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3309  lysyl-tRNA synthetase  56.07 
 
 		 505 aa  553  1e-156  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.97294  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0538  lysyl-tRNA synthetase  55.87 
 
 		 498 aa  554  1e-156  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000249001  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3308  lysyl-tRNA synthetase  56.01 
 
 		 505 aa  555  1e-156  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3422  lysyl-tRNA synthetase  55.35 
 
 		 505 aa  552  1e-156  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.231607  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0152  lysyl-tRNA synthetase  54.47 
 
 		 489 aa  553  1e-156  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000016249  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1647  lysyl-tRNA synthetase  53.97 
 
 		 489 aa  553  1e-156  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0865  lysyl-tRNA synthetase  55.04 
 
 		 505 aa  551  1e-156  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3023  lysyl-tRNA synthetase  56.07 
 
 		 505 aa  553  1e-156  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4180  lysyl-tRNA synthetase  55.87 
 
 		 505 aa  551  1e-156  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1642  lysyl-tRNA synthetase  55.87 
 
 		 498 aa  554  1e-156  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.573049  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3049  lysyl-tRNA synthetase  56.07 
 
 		 505 aa  553  1e-156  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3216  lysyl-tRNA synthetase  56.07 
 
 		 505 aa  553  1e-156  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0819  lysyl-tRNA synthetase  56.07 
 
 		 505 aa  553  1e-156  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02685  hypothetical protein  56.07 
 
 		 505 aa  553  1e-156  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.803561  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3296  lysyl-tRNA synthetase  55.65 
 
 		 505 aa  551  1e-156  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04000  lysine tRNA synthetase, inducible  55.35 
 
 		 505 aa  551  1e-155  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3862  lysyl-tRNA synthetase  55.35 
 
 		 505 aa  551  1e-155  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4684  lysyl-tRNA synthetase  55.15 
 
 		 505 aa  550  1e-155  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3208  lysyl-tRNA synthetase  55.67 
 
 		 505 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.563866 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1741  hypothetical protein  56.13 
 
 		 496 aa  551  1e-155  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1741  hypothetical protein  55.93 
 
 		 496 aa  548  1e-155  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3274  lysyl-tRNA synthetase  55.67 
 
 		 505 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3271  lysyl-tRNA synthetase  55.67 
 
 		 505 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0072  lysyl-tRNA synthetase  52.76 
 
 		 499 aa  548  1e-155  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.407963  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0480  lysyl-tRNA synthetase  56.71 
 
 		 496 aa  549  1e-155  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5645  lysyl-tRNA synthetase  55.35 
 
 		 505 aa  551  1e-155  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3376  lysyl-tRNA synthetase  55.67 
 
 		 505 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0649  lysyl-tRNA synthetase  55.31 
 
 		 505 aa  548  1e-155  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0640  lysyl-tRNA synthetase  56.71 
 
 		 496 aa  549  1e-155  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4598  lysyl-tRNA synthetase  55.35 
 
 		 505 aa  551  1e-155  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.221304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4370  lysyl-tRNA synthetase  55.35 
 
 		 505 aa  551  1e-155  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.119358  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03962  hypothetical protein  55.35 
 
 		 505 aa  551  1e-155  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1804  lysyl-tRNA synthetase  56.65 
 
 		 499 aa  550  1e-155  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3196  lysyl-tRNA synthetase  55.67 
 
 		 505 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.442927  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3898  lysyl-tRNA synthetase  55.15 
 
 		 505 aa  550  1e-155  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0084  lysyl-tRNA synthetase  52.44 
 
 		 499 aa  547  1e-154  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.016168  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0075  lysyl-tRNA synthetase  52.24 
 
 		 499 aa  545  1e-154  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0076  lysyl-tRNA synthetase  52.44 
 
 		 499 aa  546  1e-154  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0629827  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0072  lysyl-tRNA synthetase  52.44 
 
 		 499 aa  546  1e-154  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0072  lysyl-tRNA synthetase  52.44 
 
 		 499 aa  546  1e-154  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.172835  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0085  lysyl-tRNA synthetase  52.44 
 
 		 499 aa  546  1e-154  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000436352 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0893  lysyl-tRNA synthetase, class-2  55.71 
 
 		 501 aa  546  1e-154  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5232  lysyl-tRNA synthetase  52.76 
 
 		 499 aa  547  1e-154  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0118491  hitchhiker  0.00000000172197 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0076  lysyl-tRNA synthetase  52.44 
 
 		 499 aa  546  1e-154  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2275  lysyl-tRNA synthetase  56.67 
 
 		 507 aa  546  1e-154  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0088  lysyl-tRNA synthetase  52.24 
 
 		 499 aa  545  1e-154  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.863253  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0116  lysyl-tRNA synthetase  53.56 
 
 		 493 aa  545  1e-154  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0354257  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0810  lysyl-tRNA synthetase  52.44 
 
 		 499 aa  546  1e-154  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000714975  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1410  lysyl-tRNA synthetase  54.62 
 
 		 520 aa  545  1e-154  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1152  lysyl-tRNA synthetase  55.24 
 
 		 508 aa  548  1e-154  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.562013  normal  0.115463 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1028  lysyl-tRNA synthetase  54.56 
 
 		 510 aa  544  1e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.296051  normal  0.894371 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0078  lysyl-tRNA synthetase  52.56 
 
 		 494 aa  542  1e-153  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.312229  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2571  lysyl-tRNA synthetase  54.97 
 
 		 518 aa  542  1e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.158431  normal  0.0253603 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0539  lysyl-tRNA synthetase  52.55 
 
 		 515 aa  543  1e-153  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00455686  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0553  lysyl-tRNA synthetase  52.55 
 
 		 515 aa  543  1e-153  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0116888  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1561  lysyl-tRNA synthetase  55.38 
 
 		 513 aa  543  1e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.274992 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0072  lysyl-tRNA synthetase  52.35 
 
 		 499 aa  542  1e-153  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000341012  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3428  lysyl-tRNA synthetase  54.55 
 
 		 509 aa  543  1e-153  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00904218 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1204  lysyl-tRNA synthetase  54.78 
 
 		 518 aa  542  1e-153  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.325374  normal  0.0127653 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1450  lysyl-tRNA synthetase  55.17 
 
 		 512 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.499845 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0958  lysyl-tRNA synthetase  54.77 
 
 		 514 aa  538  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0760523 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0048  lysyl-tRNA synthetase  55.31 
 
 		 495 aa  538  9.999999999999999e-153  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1883  lysyl-tRNA synthetase  54.64 
 
 		 508 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0659  lysyl-tRNA synthetase  54.36 
 
 		 497 aa  539  9.999999999999999e-153  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000863751  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2028  lysyl-tRNA synthetase  54.23 
 
 		 508 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2155  lysyl-tRNA synthetase  54.23 
 
 		 508 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.351617  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2118  lysyl-tRNA synthetase  54.56 
 
 		 508 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.414372  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>