More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1228 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_1228  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 
369 aa  775  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.14064e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1175  queuine tRNA-ribosyltransferase  76.84 
 
 
368 aa  610  1e-173  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0539668  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3258  queuine tRNA-ribosyltransferase  76.57 
 
 
368 aa  601  1e-171  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  6.43926e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2398  queuine tRNA-ribosyltransferase  76.86 
 
 
368 aa  603  1e-171  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.65402e-10  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0911  queuine tRNA-ribosyltransferase  73.22 
 
 
368 aa  577  1e-164  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8642e-32 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3335  queuine tRNA-ribosyltransferase  73.22 
 
 
368 aa  578  1e-164  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00131766  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2017  queuine tRNA-ribosyltransferase  72.21 
 
 
380 aa  568  1e-161  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000528319  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2484  queuine tRNA-ribosyltransferase  71.9 
 
 
373 aa  560  1e-158  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  3.70638e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1457  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.13 
 
 
375 aa  452  1e-126  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000844701  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12290  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.2 
 
 
373 aa  449  1e-125  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  3.56741e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2518  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.08 
 
 
380 aa  445  1e-124  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00624233  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3134  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.8 
 
 
379 aa  442  1e-123  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.212476  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4536  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.8 
 
 
379 aa  441  1e-123  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  5.78318e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0699  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.8 
 
 
379 aa  441  1e-123  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  2.27158e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0930  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.35 
 
 
380 aa  442  1e-123  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0852  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.35 
 
 
370 aa  438  1e-122  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4647  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.53 
 
 
379 aa  440  1e-122  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  2.56565e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4551  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.53 
 
 
379 aa  440  1e-122  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.70513e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1666  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.74 
 
 
370 aa  439  1e-122  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.098612  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4161  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.53 
 
 
379 aa  440  1e-122  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  3.10592e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4264  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.8 
 
 
379 aa  439  1e-122  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  8.51523e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4497  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.53 
 
 
379 aa  440  1e-122  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.28432e-05 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4502  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.53 
 
 
379 aa  440  1e-122  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  5.75969e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1694  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.04 
 
 
373 aa  439  1e-122  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.556038 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4312  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.53 
 
 
379 aa  440  1e-122  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  4.8864e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4150  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.53 
 
 
379 aa  440  1e-122  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.48017e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2109  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.71 
 
 
379 aa  437  1e-121  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0958  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.62 
 
 
374 aa  437  1e-121  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0452051  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.26 
 
 
369 aa  433  1e-120  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0231453  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1716  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.11 
 
 
371 aa  432  1e-120  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.2965  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0530  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.26 
 
 
373 aa  432  1e-120  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00176978  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1729  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.41 
 
 
379 aa  429  1e-119  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.37523  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1696  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.41 
 
 
379 aa  429  1e-119  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0159  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.83 
 
 
382 aa  427  1e-118  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.95405  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3622  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.08 
 
 
372 aa  427  1e-118  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00110996  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0396  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.77 
 
 
380 aa  423  1e-117  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000954967  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0605  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.1 
 
 
395 aa  424  1e-117  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1333  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.35 
 
 
370 aa  423  1e-117  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.299331  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0919  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.1 
 
 
381 aa  418  1e-116  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1782  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.2 
 
 
372 aa  419  1e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114635 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1791  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.02 
 
 
370 aa  419  1e-116  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  3.78979e-06  hitchhiker  0.00274251 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.2 
 
 
372 aa  419  1e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1203  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.04 
 
 
379 aa  418  1e-116  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.261953  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1785  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.14 
 
 
380 aa  416  1e-115  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0229472  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2619  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.02 
 
 
373 aa  416  1e-115  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2068  Queuine tRNA-ribosyltransferase  55.96 
 
 
371 aa  416  1e-115  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0382  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.27 
 
 
357 aa  414  1e-114  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.46 
 
 
385 aa  413  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.38532  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2892  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.76 
 
 
377 aa  412  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.103545  hitchhiker  0.000645764 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0931  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.31 
 
 
394 aa  413  1e-114  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3755  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.68 
 
 
387 aa  414  1e-114  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.145582 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2075  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.46 
 
 
367 aa  411  1e-114  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.698983  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1470  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.76 
 
 
377 aa  412  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1382  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.99 
 
 
374 aa  410  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000246245  hitchhiker  1.18913e-05 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2702  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.99 
 
 
374 aa  410  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  6.54614e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2484  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.99 
 
 
374 aa  409  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  5.74895e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2193  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.99 
 
 
374 aa  409  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0616046  normal  0.0257357 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1401  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.52 
 
 
377 aa  408  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  3.97481e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1435  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.99 
 
 
374 aa  410  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  6.52098e-07  hitchhiker  0.000858372 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2352  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.02 
 
 
391 aa  410  1e-113  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2882  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.99 
 
 
374 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  3.63226e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1447  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.99 
 
 
374 aa  410  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  3.28041e-06  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1570  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.99 
 
 
374 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  1.09087e-05  hitchhiker  1.08069e-07 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2807  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.99 
 
 
374 aa  408  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  3.11087e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2787  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.99 
 
 
374 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  1.35544e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3278  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.1 
 
 
369 aa  408  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.275264  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1259  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.66 
 
 
379 aa  408  1e-113  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.527316  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1428  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.19 
 
 
369 aa  407  1e-112  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00175971  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2647  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.01 
 
 
381 aa  406  1e-112  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  9.56702e-08  hitchhiker  0.00180241 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1215  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.57 
 
 
385 aa  405  1e-112  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.557932 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2337  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.45 
 
 
374 aa  407  1e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00144843  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1194  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.24 
 
 
367 aa  405  1e-112  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2944  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.91 
 
 
376 aa  407  1e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2808  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.39 
 
 
376 aa  405  1e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.634866  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0505  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.3 
 
 
394 aa  405  1e-112  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3407  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.1 
 
 
370 aa  405  1e-112  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.38542  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3113  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.72 
 
 
374 aa  405  1e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3810  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.83 
 
 
395 aa  402  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0514  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.74 
 
 
370 aa  403  1e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3097  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.17 
 
 
387 aa  404  1e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.141745  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4345  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.28 
 
 
377 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  3.30572e-06 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0632  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.51 
 
 
392 aa  403  1e-111  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3361  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.83 
 
 
472 aa  401  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0872044  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1912  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.94 
 
 
380 aa  404  1e-111  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.288264  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2201  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.94 
 
 
380 aa  404  1e-111  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1019  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.36 
 
 
381 aa  404  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0303  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.83 
 
 
397 aa  400  1e-110  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0476  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.36 
 
 
375 aa  399  1e-110  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1699  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.01 
 
 
382 aa  400  1e-110  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0436  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.36 
 
 
375 aa  399  1e-110  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3203  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.36 
 
 
375 aa  399  1e-110  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.372376  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.98 
 
 
375 aa  399  1e-110  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00354  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.36 
 
 
375 aa  399  1e-110  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.520405  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2573  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.83 
 
 
397 aa  400  1e-110  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0486  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.36 
 
 
375 aa  399  1e-110  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3371  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.83 
 
 
397 aa  400  1e-110  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0907  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.68 
 
 
372 aa  398  1e-110  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1165  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.83 
 
 
397 aa  400  1e-110  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.179436  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2387  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.83 
 
 
397 aa  400  1e-110  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2214  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.08 
 
 
374 aa  398  1e-110  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00238944  normal  0.155586 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>