More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1125 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_1125  Fe-S oxidoreductase  100 
 
 
555 aa  1151    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3339  radical SAM domain-containing protein  37.66 
 
 
555 aa  351  2e-95  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  28.7 
 
 
524 aa  177  4e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  29.44 
 
 
521 aa  177  6e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  28.61 
 
 
502 aa  160  8e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  25.98 
 
 
487 aa  155  2e-36  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  27.08 
 
 
520 aa  152  1e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  28.43 
 
 
516 aa  144  4e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  24.09 
 
 
566 aa  144  5e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  28.47 
 
 
468 aa  143  6e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  28.38 
 
 
564 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  26.93 
 
 
518 aa  139  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  30.28 
 
 
563 aa  136  8e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  26.05 
 
 
473 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  26.36 
 
 
459 aa  135  3e-30  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.14 
 
 
512 aa  134  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  29.68 
 
 
554 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  25.37 
 
 
472 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  28.97 
 
 
564 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  26.93 
 
 
472 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  26.7 
 
 
470 aa  127  6e-28  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  27.57 
 
 
473 aa  126  1e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  25.06 
 
 
489 aa  125  2e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.64 
 
 
567 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  25.11 
 
 
612 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.11 
 
 
612 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  27.68 
 
 
476 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.95 
 
 
558 aa  120  6e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  26.93 
 
 
556 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.5 
 
 
647 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  24.47 
 
 
501 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  27.27 
 
 
475 aa  118  3e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.43 
 
 
472 aa  118  3e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.94 
 
 
580 aa  118  3e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  25.27 
 
 
547 aa  118  3e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.45 
 
 
674 aa  118  3e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  26.71 
 
 
534 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  26.74 
 
 
501 aa  117  5e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.37 
 
 
600 aa  117  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.88 
 
 
476 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  26.44 
 
 
475 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.94 
 
 
565 aa  114  5e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  24.56 
 
 
494 aa  114  5e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  24.56 
 
 
494 aa  114  5e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  23.94 
 
 
503 aa  114  6e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.58 
 
 
548 aa  114  6e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  26.73 
 
 
507 aa  113  7.000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  26.25 
 
 
548 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  25.92 
 
 
425 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.95 
 
 
527 aa  112  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  24.63 
 
 
484 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  24.16 
 
 
494 aa  111  3e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.92 
 
 
520 aa  111  3e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  25.41 
 
 
474 aa  111  4.0000000000000004e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  24.38 
 
 
476 aa  111  4.0000000000000004e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.99 
 
 
569 aa  111  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  24.74 
 
 
529 aa  110  6e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  28 
 
 
450 aa  110  6e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  25.63 
 
 
469 aa  110  9.000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  24.16 
 
 
494 aa  109  1e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1535  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.54 
 
 
651 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  24.03 
 
 
488 aa  108  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4068  Radical SAM domain protein  25.67 
 
 
633 aa  108  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0722964  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0027  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.3 
 
 
651 aa  107  5e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  24.61 
 
 
501 aa  107  5e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.79 
 
 
535 aa  107  5e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0033  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.3 
 
 
647 aa  107  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.39 
 
 
546 aa  107  5e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1460  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.3 
 
 
651 aa  107  5e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1180  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.3 
 
 
647 aa  107  5e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  25.15 
 
 
647 aa  107  6e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  24.04 
 
 
506 aa  107  7e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  24.61 
 
 
520 aa  106  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.28 
 
 
528 aa  106  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  25.23 
 
 
647 aa  106  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  24.4 
 
 
506 aa  105  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  24.4 
 
 
506 aa  105  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.69 
 
 
479 aa  105  3e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  26.45 
 
 
576 aa  104  3e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.69 
 
 
479 aa  105  3e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  27.27 
 
 
487 aa  104  3e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  25 
 
 
583 aa  104  4e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  27.18 
 
 
677 aa  104  4e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  27.18 
 
 
444 aa  104  5e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3401  Radical SAM domain protein  24.76 
 
 
484 aa  104  5e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.19 
 
 
681 aa  104  5e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1119  radical SAM domain-containing protein  26.41 
 
 
525 aa  103  6e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0138505  normal  0.560391 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  24.16 
 
 
471 aa  103  7e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  26.41 
 
 
471 aa  103  7e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.84 
 
 
546 aa  103  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  27.91 
 
 
488 aa  102  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  22.86 
 
 
723 aa  102  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  26.61 
 
 
1250 aa  102  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  23.91 
 
 
576 aa  102  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.24 
 
 
546 aa  101  3e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.4 
 
 
546 aa  100  8e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1435  radical SAM domain-containing protein  23.38 
 
 
631 aa  100  8e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0826343 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2324  radical SAM domain-containing protein  26.04 
 
 
434 aa  99.8  1e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.242927  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.62 
 
 
546 aa  99.4  2e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0878  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  23.53 
 
 
473 aa  99.4  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.858521  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>