More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1101 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  100 
 
 
470 aa  939    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.58 
 
 
482 aa  315  1.9999999999999998e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  45.35 
 
 
465 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  43.07 
 
 
465 aa  305  9.000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.32 
 
 
471 aa  302  9e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  41.45 
 
 
473 aa  302  9e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.32 
 
 
471 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.11 
 
 
471 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.27 
 
 
471 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  43.28 
 
 
472 aa  290  4e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  37.93 
 
 
503 aa  286  4e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.65 
 
 
462 aa  286  5e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2743  outer membrane protein OprN precursor  42.43 
 
 
472 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.58 
 
 
494 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.78 
 
 
473 aa  274  2.0000000000000002e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.24 
 
 
529 aa  271  1e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.18 
 
 
486 aa  270  4e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  41.38 
 
 
499 aa  269  7e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3932  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.25 
 
 
491 aa  268  1e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.17 
 
 
509 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09500  outer membrane protein  38.73 
 
 
487 aa  266  4e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0890  outer membrane protein  39.12 
 
 
480 aa  266  4e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.189882  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  34.88 
 
 
479 aa  266  5e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.87 
 
 
502 aa  265  1e-69  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1154  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.87 
 
 
473 aa  264  2e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.182996  normal  0.122717 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1006  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.95 
 
 
507 aa  264  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0211246  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.18 
 
 
503 aa  263  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.918566  hitchhiker  0.00837312 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3623  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.18 
 
 
503 aa  263  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.392647  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5539  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.18 
 
 
503 aa  262  8e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541532  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.12 
 
 
495 aa  262  8.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  34.8 
 
 
479 aa  261  3e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.93 
 
 
495 aa  258  1e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.93 
 
 
495 aa  257  3e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.13 
 
 
497 aa  257  3e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0165  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.94 
 
 
477 aa  257  3e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3360  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.5 
 
 
494 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.414328  hitchhiker  0.00000000121747 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  36.87 
 
 
504 aa  254  3e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.66 
 
 
483 aa  254  3e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  33.75 
 
 
489 aa  251  1e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1740  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.62 
 
 
517 aa  251  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.13 
 
 
518 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.25 
 
 
525 aa  250  3e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  33.54 
 
 
479 aa  251  3e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.13 
 
 
501 aa  249  6e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.54 
 
 
495 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.624231 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.54 
 
 
495 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.54 
 
 
495 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.96 
 
 
512 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  36.85 
 
 
512 aa  245  1.9999999999999999e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  39.96 
 
 
520 aa  244  3e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.75 
 
 
513 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.89 
 
 
531 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.35 
 
 
483 aa  238  1e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.83 
 
 
493 aa  238  2e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5590  NodT family outer membrane lipoprotein  36.46 
 
 
485 aa  237  3e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  33.26 
 
 
569 aa  237  4e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.11 
 
 
500 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1710  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  35.74 
 
 
519 aa  235  1.0000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.733437  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5459  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.25 
 
 
493 aa  236  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.628466  normal  0.0370061 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  32.49 
 
 
520 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  33.75 
 
 
479 aa  233  5e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.72 
 
 
489 aa  233  7.000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  38.33 
 
 
479 aa  232  1e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.07 
 
 
517 aa  231  2e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.85 
 
 
517 aa  231  2e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3597  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.04 
 
 
501 aa  230  4e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.482695 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0870  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  39.38 
 
 
493 aa  229  6e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.08 
 
 
515 aa  229  9e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.12 
 
 
483 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00459  outer membrane protein OprN  35.19 
 
 
497 aa  228  1e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.018305  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.18 
 
 
477 aa  228  2e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4684  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.89 
 
 
494 aa  226  6e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  33.61 
 
 
558 aa  225  1e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4790  NodT family outer membrane lipoprotein  36.28 
 
 
496 aa  226  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.031941  normal  0.791068 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.12 
 
 
483 aa  225  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7725  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.68 
 
 
499 aa  224  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1871  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.46 
 
 
485 aa  224  2e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6012  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.82 
 
 
499 aa  224  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5379  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.73 
 
 
482 aa  224  3e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.320478  normal  0.694464 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5768  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.82 
 
 
499 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.20317  normal  0.984778 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  31.69 
 
 
518 aa  223  6e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.17 
 
 
484 aa  223  7e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.76 
 
 
541 aa  223  7e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.26 
 
 
532 aa  222  9.999999999999999e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.24 
 
 
490 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.63 
 
 
495 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.96 
 
 
484 aa  221  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6626  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.33 
 
 
508 aa  220  5e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.4 
 
 
521 aa  220  5e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6455  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.9 
 
 
516 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.220531 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.1 
 
 
512 aa  218  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18790  putative outer membrane efflux protein  36.28 
 
 
491 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0851472 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.12 
 
 
511 aa  217  2.9999999999999998e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4319  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.24 
 
 
483 aa  217  4e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.239033  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  33.12 
 
 
511 aa  216  5e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44210  multidrug efflux pump outer membrane lipoprotein  35.88 
 
 
506 aa  216  5.9999999999999996e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.489954  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2483  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.68 
 
 
486 aa  216  7e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.183146  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3443  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.1 
 
 
486 aa  216  7e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267273  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2305  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.95 
 
 
517 aa  216  8e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0155955 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3208  putative drug efflux lipoprotein  35.12 
 
 
486 aa  215  9.999999999999999e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0332853  normal  0.0695421 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>