More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0846 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  100 
 
 
143 aa  282  1.0000000000000001e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  51.24 
 
 
136 aa  141  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.08 
 
 
135 aa  125  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  47.06 
 
 
136 aa  124  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.01 
 
 
136 aa  122  1e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  42.19 
 
 
135 aa  120  8e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.41 
 
 
142 aa  117  3.9999999999999996e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.32 
 
 
136 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.72 
 
 
139 aa  115  1.9999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  41.46 
 
 
134 aa  114  3.9999999999999997e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.65 
 
 
134 aa  114  6e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  40.46 
 
 
134 aa  112  1.0000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  41.8 
 
 
134 aa  111  4.0000000000000004e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  44.44 
 
 
135 aa  110  5e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  40 
 
 
134 aa  110  6e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  39.5 
 
 
134 aa  108  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.5 
 
 
134 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.5 
 
 
134 aa  108  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  41.67 
 
 
134 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.5 
 
 
134 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0438  biopolymer ExbD/TolR family transporter  48.85 
 
 
137 aa  107  8.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.744335  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.67 
 
 
134 aa  105  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.83 
 
 
134 aa  105  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 
134 aa  105  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.83 
 
 
134 aa  105  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.83 
 
 
134 aa  105  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.83 
 
 
134 aa  104  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.83 
 
 
134 aa  104  3e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.83 
 
 
134 aa  104  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 
134 aa  103  7e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.33 
 
 
134 aa  103  7e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.83 
 
 
134 aa  103  9e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.5 
 
 
134 aa  102  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001859  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.49 
 
 
116 aa  102  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 
136 aa  101  3e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  39.67 
 
 
132 aa  100  6e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  38.17 
 
 
133 aa  99.4  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.67 
 
 
133 aa  99  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  36.72 
 
 
135 aa  94.7  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.71 
 
 
133 aa  92.8  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0455  biopolymer transport protein (ExbD2)  37.82 
 
 
134 aa  90.1  9e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0057258  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.71 
 
 
134 aa  85.5  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.58 
 
 
133 aa  85.1  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.17 
 
 
135 aa  83.6  9e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0871  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.83 
 
 
135 aa  79  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2485  phospholipid/glycerol acyltransferase  32.23 
 
 
141 aa  78.6  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000540401  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3016  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.28 
 
 
133 aa  77.4  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3106  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.28 
 
 
133 aa  77.4  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0993721  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2392  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.58 
 
 
133 aa  75.9  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.791616 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.28 
 
 
140 aa  74.7  0.0000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.364458  normal  0.851984 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.41 
 
 
135 aa  72.8  0.000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  31.5 
 
 
143 aa  71.6  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2428  biopolymer transport ExbD like protein  30.16 
 
 
148 aa  70.9  0.000000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.303812 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2484  putative TonB system transport protein ExbD2  33.9 
 
 
137 aa  70.9  0.000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000778685  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.12 
 
 
138 aa  70.5  0.000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000374903  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.89 
 
 
131 aa  69.7  0.00000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.376121  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.58 
 
 
134 aa  69.7  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3007  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.95 
 
 
143 aa  70.1  0.00000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.08 
 
 
147 aa  69.7  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0162  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.61 
 
 
134 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.01 
 
 
137 aa  67.4  0.00000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.71 
 
 
142 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.66 
 
 
134 aa  65.9  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  29.66 
 
 
134 aa  65.9  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0861  protein TolR  30.43 
 
 
152 aa  65.9  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000417761  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0844  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.35 
 
 
183 aa  65.1  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0364273 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.69 
 
 
140 aa  64.7  0.0000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2417  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.77 
 
 
133 aa  64.3  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.978308  normal  0.103563 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1846  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.4 
 
 
134 aa  64.3  0.0000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0857  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.03 
 
 
139 aa  64.3  0.0000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.345374  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  29.27 
 
 
139 aa  63.9  0.0000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.92 
 
 
142 aa  63.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0584856  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  29.27 
 
 
139 aa  63.5  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2091  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.68 
 
 
140 aa  62.8  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0833564  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1239  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.71 
 
 
148 aa  63.5  0.000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.371549  normal  0.35298 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0487  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.05 
 
 
137 aa  62.4  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.181601  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.61 
 
 
141 aa  62  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.532124  normal  0.142279 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2363  protein TolR  29.27 
 
 
139 aa  62  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372464 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.16 
 
 
132 aa  61.6  0.000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0632  biopolymer ExbD/TolR family transporter  30.23 
 
 
141 aa  61.2  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2012  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.32 
 
 
219 aa  60.8  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.81 
 
 
141 aa  61.2  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3571  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.6 
 
 
141 aa  60.8  0.000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161015  decreased coverage  0.00354496 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.4 
 
 
137 aa  60.5  0.000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.62 
 
 
144 aa  60.5  0.000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4449  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.97 
 
 
207 aa  60.5  0.000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.3 
 
 
140 aa  60.1  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0506  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
154 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529067  hitchhiker  0.000695312 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1543  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.22 
 
 
135 aa  60.1  0.00000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.81 
 
 
166 aa  59.7  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.83 
 
 
137 aa  59.7  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0244  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.13 
 
 
149 aa  60.1  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.35 
 
 
141 aa  59.3  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0915  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.46 
 
 
140 aa  58.5  0.00000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.574244  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4575  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.83 
 
 
217 aa  57.4  0.00000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0391  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.26 
 
 
159 aa  57  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2948  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.78 
 
 
142 aa  57.4  0.00000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.78 
 
 
143 aa  57.4  0.00000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.14 
 
 
143 aa  57  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.78 
 
 
140 aa  57  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>