More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0368 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_0368  putative ATP-dependent RNA helicase  100 
 
 
435 aa  877    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00019163  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0370  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  61.16 
 
 
453 aa  531  1e-150  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000976473  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3043  DEAD/DEAH box helicase-like  62.65 
 
 
452 aa  511  1e-144  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000626056  normal  0.930079 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0491  ATP-dependent RNA helicase RhlE  60.61 
 
 
450 aa  502  1e-141  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.14662  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0169  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.37 
 
 
449 aa  499  1e-140  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000249286 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0187  DEAD/DEAH box helicase domain protein  58.89 
 
 
453 aa  498  1e-140  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0430  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.21 
 
 
454 aa  495  1e-139  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.208353  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2552  DEAD/DEAH box helicase domain protein  62.33 
 
 
430 aa  470  1.0000000000000001e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1799  DEAD/DEAH box helicase-like  55.51 
 
 
472 aa  458  1e-127  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1258  DEAD/DEAH box helicase-like protein  58.68 
 
 
456 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.410672 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0919  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  56.6 
 
 
632 aa  419  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2564  DEAD/DEAH box helicase-like protein  56.6 
 
 
634 aa  420  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.347829  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2485  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.66 
 
 
542 aa  412  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.375937  hitchhiker  0.000530427 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2047  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.64 
 
 
516 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1999  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.64 
 
 
482 aa  412  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.605501  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1230  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.64 
 
 
505 aa  414  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.802286  normal  0.130037 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1652  putative ATP-dependent RNA helicase  54.91 
 
 
537 aa  413  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0851991  normal  0.031328 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6030  DEAD/DEAH box helicase-like  55.64 
 
 
516 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1367  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.03 
 
 
556 aa  412  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.871756 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2066  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.64 
 
 
514 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.632287 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1584  ATP-dependent RNA helicase RhlE, putative  54.64 
 
 
516 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.958576  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2468  DEAD/DEAH box helicase  54.64 
 
 
514 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2815  DEAD/DEAH box helicase  52.57 
 
 
533 aa  410  1e-113  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.386188  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2612  ATP-dependent RNA helicase  54.64 
 
 
529 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5356  DEAD/DEAH box helicase  55.25 
 
 
516 aa  411  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.157646 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2086  DEAD/DEAH box helicase  54.64 
 
 
516 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.757912  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1359  DEAD/DEAH box helicase  54.64 
 
 
516 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.635166  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2523  DEAD/DEAH box helicase  54.64 
 
 
513 aa  411  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.239801  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1948  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.14 
 
 
512 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.579383 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3226  putative ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.64 
 
 
516 aa  410  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2079  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.14 
 
 
512 aa  411  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394714  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0823  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.02 
 
 
627 aa  402  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0894  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.02 
 
 
627 aa  402  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.923334 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0439  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.16 
 
 
441 aa  403  1e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0952  putative ATP-dependent RNA helicase protein  52.67 
 
 
608 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.850051  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1147  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.93 
 
 
516 aa  387  1e-106  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1733  DEAD/DEAH box helicase  50 
 
 
477 aa  376  1e-103  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210981  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  47.22 
 
 
515 aa  377  1e-103  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  47.22 
 
 
515 aa  377  1e-103  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1082  ATP-dependent DEAD/DEAH box RNA-helicase  51.19 
 
 
567 aa  370  1e-101  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  46.24 
 
 
425 aa  369  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1379  DEAD/DEAH box helicase-like  51.19 
 
 
552 aa  371  1e-101  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2527  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.05 
 
 
502 aa  370  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0263323 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.47 
 
 
479 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  44.72 
 
 
511 aa  365  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.74 
 
 
486 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.74 
 
 
486 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  49.74 
 
 
484 aa  367  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1028  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.52 
 
 
441 aa  365  1e-100  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0361604  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  49.74 
 
 
486 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.47 
 
 
480 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.95 
 
 
485 aa  364  1e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.87 
 
 
515 aa  364  1e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  48.95 
 
 
485 aa  364  1e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  48.95 
 
 
485 aa  365  1e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  48.95 
 
 
485 aa  364  2e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.41 
 
 
513 aa  364  2e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  49.61 
 
 
543 aa  364  2e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  48.95 
 
 
485 aa  364  2e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.57 
 
 
454 aa  363  3e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  48.57 
 
 
454 aa  363  4e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.57 
 
 
454 aa  363  4e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.83 
 
 
578 aa  363  4e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46 
 
 
443 aa  363  4e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.74 
 
 
565 aa  363  4e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  48.57 
 
 
454 aa  363  4e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.57 
 
 
455 aa  363  4e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.57 
 
 
454 aa  363  4e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.57 
 
 
454 aa  363  5.0000000000000005e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.95 
 
 
482 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2088  putative ATP-dependent RNA helicase 1  49.08 
 
 
453 aa  362  5.0000000000000005e-99  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.936977 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.57 
 
 
454 aa  362  7.0000000000000005e-99  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  48.4 
 
 
540 aa  362  8e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  44.62 
 
 
535 aa  361  1e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50 
 
 
480 aa  361  1e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.49 
 
 
426 aa  361  1e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0480  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.25 
 
 
471 aa  362  1e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  46.12 
 
 
540 aa  360  2e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.31 
 
 
454 aa  361  2e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.54 
 
 
549 aa  360  2e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.07 
 
 
549 aa  361  2e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.77 
 
 
550 aa  360  4e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2698  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  49.46 
 
 
473 aa  359  6e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.56 
 
 
488 aa  359  6e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.48 
 
 
560 aa  358  8e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.35 
 
 
491 aa  358  8e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  48.94 
 
 
506 aa  358  9e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  47.04 
 
 
496 aa  358  9e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0142  putative ATP-dependent RNA helicase (DEAD/DEAH box helicase)  43.53 
 
 
495 aa  358  9.999999999999999e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.05 
 
 
453 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03147  ATP-dependent RNA helicase  45.41 
 
 
460 aa  358  9.999999999999999e-98  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.457785  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.05 
 
 
453 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.05 
 
 
453 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.05 
 
 
453 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.05 
 
 
453 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.13 
 
 
494 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.08 
 
 
522 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3520  DEAD/DEAH box helicase-like  47.89 
 
 
579 aa  356  5.999999999999999e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.63 
 
 
477 aa  355  5.999999999999999e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2657  DEAD/DEAH box helicase-like  45.87 
 
 
510 aa  354  1e-96  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>