More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0071 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_0071  putative transcriptional regulator LysR-type  100 
 
 
292 aa  588  1e-167  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.20497e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 
314 aa  228  6e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1081  LysR family transcriptional regulator  45.99 
 
 
300 aa  220  2e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440964  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  38.52 
 
 
288 aa  217  2e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 
288 aa  216  3e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5687  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 
295 aa  214  1e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 
288 aa  214  1e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 
288 aa  214  1e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 
288 aa  214  1e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 
288 aa  213  2e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 
288 aa  213  2e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  37.81 
 
 
288 aa  213  4e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 
288 aa  213  4e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4716  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 
296 aa  212  5e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 
288 aa  212  6e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3308  LysR family transcriptional regulator  42.4 
 
 
294 aa  206  3e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2056  HTH-type transcriptional regulator GltR  38.03 
 
 
285 aa  204  1e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3211  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 
283 aa  197  1e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3514  transcriptional regulator, LysR family  33.69 
 
 
283 aa  197  2e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3297  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 
283 aa  197  2e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1385  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 
297 aa  197  2e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.134108  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3557  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 
283 aa  197  2e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.423553  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4525  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 
297 aa  197  2e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
283 aa  196  3e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3818  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 
297 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.493989  normal  0.173651 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 
283 aa  195  6e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4032  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 
297 aa  195  7e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.660064  normal  0.177868 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0280  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 
283 aa  193  2e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46170  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
290 aa  192  4e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0324298 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  32.98 
 
 
283 aa  192  5e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2893  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 
288 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0897253  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3152  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 
288 aa  191  9e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2562  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 
288 aa  191  9e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3267  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
283 aa  191  1e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.486644  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2203  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
287 aa  191  1e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.460556  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2703  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 
289 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.664835 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3511  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 
283 aa  190  2e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3926  putative transcriptional regulator  39.93 
 
 
290 aa  190  3e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.366969  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3501  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 
283 aa  189  5e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0357  transcriptional regulator  37.05 
 
 
286 aa  187  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.449267  unclonable  6.64485e-08 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2004  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
292 aa  186  4e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.079664 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8516  transcriptional regulator, LysR family  40.42 
 
 
312 aa  186  6e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1668  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 
296 aa  184  1e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2395  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.15 
 
 
291 aa  183  2e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0377245  normal  0.580313 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1450  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
297 aa  184  2e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2661  transcriptional regulator, LysR family  40.15 
 
 
292 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.826395  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3275  LysR family transcriptional regulator  38.29 
 
 
295 aa  180  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0812122 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2570  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
289 aa  179  4e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2472  LysR family substrate binding transcriptional regulator  37.59 
 
 
289 aa  179  4e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3012  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  37.59 
 
 
289 aa  179  4e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.450438  hitchhiker  0.000703378 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1939  transcriptional regulator, LysR family  37.04 
 
 
290 aa  178  8e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.514267  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1636  putative LysR substrate binding domain  38.29 
 
 
290 aa  178  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1812  putative LysR substrate binding domain-containing protein  36.55 
 
 
290 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1647  putative LysR substrate binding domain  36.55 
 
 
290 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0636291  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1695  putative LysR substrate binding domain  36.55 
 
 
290 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.165039  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1628  putative LysR substrate binding domain  36.55 
 
 
290 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01483  predicted DNA-binding transcriptional regulator  37.5 
 
 
293 aa  174  1e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2120  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 
293 aa  174  1e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0296049  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2132  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
293 aa  174  1e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.54811  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01494  hypothetical protein  37.5 
 
 
293 aa  174  1e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1608  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
293 aa  174  1e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1646  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 
293 aa  174  2e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2139  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 
293 aa  173  3e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.487971  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1726  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 
293 aa  171  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1905  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 
304 aa  170  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.204877 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1558  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
305 aa  169  5e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4554  LysR family transcriptional regulator  41.31 
 
 
305 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1680  transcriptional regulator, LysR family  36.76 
 
 
293 aa  167  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1290  LysR family transcriptional regulator  41.76 
 
 
309 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.109093  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2410  transcriptional regulator, LysR family  38.52 
 
 
287 aa  164  2e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.975942  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1312  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 
305 aa  164  2e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843658  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0928  LysR family transcriptional regulator  40.93 
 
 
304 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.830783  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1612  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 
301 aa  163  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1410  LysR family transcriptional regulator  40.93 
 
 
304 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.807333  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1908  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 
292 aa  162  7e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.605315  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1388  LysR family transcriptional regulator  40.93 
 
 
304 aa  162  8e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.275315 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1329  LysR family transcriptional regulator  41.15 
 
 
304 aa  162  8e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 
292 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45050  Transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 
296 aa  160  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0214  transcription regulator protein  38.17 
 
 
288 aa  160  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.526816 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0706  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 
341 aa  159  6e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.897426  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1424  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 
337 aa  159  6e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18619  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0454  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 
341 aa  159  6e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.499714  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1638  transcriptional regulator  41.95 
 
 
341 aa  159  6e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.511589  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1661  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 
341 aa  159  6e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.557878  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0896  LysR family transcriptional regulator  42.26 
 
 
321 aa  159  7e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0937961  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1817  hypothetical protein  42.26 
 
 
321 aa  159  7e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.504025  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2823  transcriptional regulator, LysR family  40.7 
 
 
305 aa  158  8e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.135524  normal  0.141091 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2660  LysR family transcriptional regulator  42.7 
 
 
321 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0281  LysR family transcriptional regulator  42.13 
 
 
307 aa  157  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0486  LysR substrate-binding  36.68 
 
 
298 aa  157  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09570  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 
284 aa  155  7e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5316  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 
301 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.680979  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0895  putative transcriptional regulator  43.19 
 
 
284 aa  153  3e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0899891  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0121  transcriptional regulator, LysR family  38.3 
 
 
304 aa  152  6e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0750  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 
302 aa  149  8e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.467939 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0820  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 
302 aa  146  4e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.378943  normal  0.194336 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55150  transcriptional regulator  34.88 
 
 
284 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  3.91017e-13 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0272  LysR family transcriptional regulator  42.46 
 
 
294 aa  144  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1398  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 
295 aa  142  7e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>