112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0061 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_0061  ABC-type transport system, permease component  100 
 
 
301 aa  574  1e-163  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.43136e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4360  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  41.42 
 
 
328 aa  173  4e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0174  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  39.79 
 
 
326 aa  160  3e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.801433  normal  0.632766 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1755  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  40.19 
 
 
306 aa  151  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.379762  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1780  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  38.59 
 
 
307 aa  140  3e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.347196  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2567  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  45.54 
 
 
216 aa  131  2e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.29234  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1044  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  44.9 
 
 
246 aa  128  1e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.116161 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2184  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  42.93 
 
 
241 aa  122  7e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00256059 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1739  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  42.65 
 
 
204 aa  120  2e-26  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.749284  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0772  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  38.68 
 
 
241 aa  117  2e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0519153  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4293  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  47.37 
 
 
230 aa  117  2e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2352  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  35.96 
 
 
310 aa  117  2e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.235435  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0743  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  38.68 
 
 
241 aa  117  2e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1480  cobalt transport protein CbiM  38.81 
 
 
213 aa  116  4e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0512  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  38.32 
 
 
343 aa  115  7e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.21192 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2134  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  39.53 
 
 
261 aa  115  9e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1927  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  41 
 
 
242 aa  110  3e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1766  cobalt transport protein CbiM  36.89 
 
 
212 aa  109  6e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.386006  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1148  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  42.19 
 
 
218 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00870535  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2046  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  39.7 
 
 
232 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2063  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  39.7 
 
 
232 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0721765  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2109  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  39.7 
 
 
232 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.494306  normal  0.0409829 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0090  cobalt transport protein CbiM  38.14 
 
 
210 aa  106  4e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5179  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  41.35 
 
 
229 aa  106  4e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0031  cobalt transport protein CbiM  34.33 
 
 
212 aa  105  7e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0993  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  36.2 
 
 
344 aa  105  8e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0137  cobalt transport protein CbiM  34.3 
 
 
212 aa  103  3e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.0440058 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2291  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  37.98 
 
 
235 aa  103  3e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.372139 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1327  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  40 
 
 
229 aa  102  6e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.871033  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2621  cobalt transport protein CbiM  38.42 
 
 
214 aa  101  2e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.78373  normal  0.0472515 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0298  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  40.58 
 
 
213 aa  100  3e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.306858  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0712  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  39.34 
 
 
332 aa  100  4e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.218257  hitchhiker  3.57899e-06 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4058  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  39.05 
 
 
235 aa  100  4e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.815174  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0391  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  38.03 
 
 
202 aa  99  9e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.026574  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1292  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  35.27 
 
 
299 aa  96.3  6e-19  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.46518  normal  0.800906 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1558  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  36.95 
 
 
202 aa  94  3e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0213  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  38.03 
 
 
202 aa  91.3  2e-17  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.655003  normal  0.171707 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0681  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  34.36 
 
 
333 aa  91.7  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1351  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  37.75 
 
 
233 aa  91.7  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.309906  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0163  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  39.42 
 
 
310 aa  89.4  7e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.118647  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1803  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  33.46 
 
 
352 aa  89.4  7e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000373388  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1793  cobalt transport protein CbiM  35.42 
 
 
218 aa  89.4  7e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  1.28429e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1402  cobalt transport protein CbiM  35.92 
 
 
212 aa  85.9  7e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2565  cobalt transport protein CbiM  30.26 
 
 
239 aa  84.3  2e-15  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.779557  normal  0.114693 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1863  cobalt transport protein CbiM  35.32 
 
 
352 aa  83.6  3e-15  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.292788  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2752  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32.31 
 
 
354 aa  83.2  4e-15  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0192  cobalt transport protein CbiM  29.13 
 
 
230 aa  82  1e-14  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0108763  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1959  cobalt transport protein CbiM  35.8 
 
 
226 aa  81.6  1e-14  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1370  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  28.04 
 
 
232 aa  77.8  2e-13  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.711039  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1450  cobalt transport protein CbiM  42.24 
 
 
226 aa  77.4  3e-13  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.208192  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11090  cobalt transport protein CbiM  36.36 
 
 
339 aa  77  3e-13  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  3.40042e-06  normal  0.0123253 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1767  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  30.95 
 
 
219 aa  76.6  4e-13  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.113369  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1006  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  41.58 
 
 
238 aa  77  4e-13  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.154415  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2769  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32.22 
 
 
342 aa  76.3  6e-13  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1182  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  31.44 
 
 
331 aa  73.6  4e-12  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00505251  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2002  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  30.97 
 
 
355 aa  73.6  4e-12  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.38373e-24 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1057  cobalt transport protein CbiM  27.78 
 
 
330 aa  70.9  3e-11  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1116  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  39.7 
 
 
238 aa  70.5  4e-11  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1200  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  33.21 
 
 
347 aa  69.3  7e-11  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.028093  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0557  cobalamin biosynthesis protein CbiM, putative  42.67 
 
 
326 aa  67.8  2e-10  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0330  cobalt transport protein CbiM  31.46 
 
 
325 aa  67.8  2e-10  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0486  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  33.66 
 
 
337 aa  67.8  2e-10  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.35686  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1637  cobalt transport protein CbiM  28.14 
 
 
242 aa  67.4  3e-10  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  hitchhiker  0.000771093 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0882  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  30.25 
 
 
421 aa  65.1  1e-09  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1279  cobalamin biosynthesis protein CbiM, putative  33.22 
 
 
343 aa  64.3  2e-09  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0499926  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2801  ABC type permease  36.36 
 
 
225 aa  63.2  6e-09  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2225  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  31.32 
 
 
359 aa  62.4  9e-09  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000325574  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1569  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  39.56 
 
 
233 aa  61.6  2e-08  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1243  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  34.53 
 
 
233 aa  61.6  2e-08  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  3.23865e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2566  hypothetical protein  49.21 
 
 
98 aa  60.8  3e-08  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.102771  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2441  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  35.1 
 
 
346 aa  60.5  3e-08  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.365569  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2762  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  28.53 
 
 
348 aa  60.8  3e-08  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2005  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  33.33 
 
 
343 aa  60.5  4e-08  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0387041  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0492  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  31.25 
 
 
337 aa  60.1  4e-08  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.267913  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1805  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  33.07 
 
 
341 aa  60.5  4e-08  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  4.23856e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0780  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  28.12 
 
 
348 aa  59.7  6e-08  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  1.7293e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0062  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  26.21 
 
 
213 aa  58.9  1e-07  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000311798  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0725  cobalt transport protein CbiM  27.94 
 
 
225 aa  53.9  3e-06  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.145999 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1149  hypothetical protein  41.03 
 
 
101 aa  53.9  4e-06  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00416139  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3140  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32 
 
 
430 aa  53.1  5e-06  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00188953  normal  0.574819 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0557  cobalt transport protein CbiM  32.45 
 
 
195 aa  53.1  5e-06  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.583466  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0744  putative cobalt transport protein  38.1 
 
 
114 aa  52.8  7e-06  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0773  hypothetical protein  38.1 
 
 
114 aa  52.8  7e-06  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0303299  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1193  cobalt transport protein CbiM  28.92 
 
 
225 aa  51.2  2e-05  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3207  cobalt transport protein CbiM  36.64 
 
 
205 aa  51.2  2e-05  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.268984  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2185  putative cobalt transport protein  35.29 
 
 
114 aa  50.8  3e-05  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00209489 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3500  cobalt transport protein CbiM  33.5 
 
 
211 aa  50.4  3e-05  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0097  cobalt transport protein CbiM  28.43 
 
 
225 aa  50.4  3e-05  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0146  cobalt transport protein CbiM  27.54 
 
 
221 aa  49.7  6e-05  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0185688  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0712  cobalamin biosynthesis protein CbiM  26.23 
 
 
235 aa  49.3  9e-05  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0543  cobalt transport protein CbiM  26.94 
 
 
193 aa  48.5  0.0001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0185  cobalt transport protein CbiM  25 
 
 
247 aa  47.8  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.878644  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1216  cobalt transport protein CbiM  29.5 
 
 
231 aa  47.8  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0323  cobalt transport protein CbiM  25.66 
 
 
249 aa  48.1  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00019504  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0182  cobalt transport protein CbiM  24.56 
 
 
247 aa  47.4  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2135  hypothetical protein  42.47 
 
 
142 aa  46.2  0.0006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2305  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32.58 
 
 
210 aa  46.2  0.0006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.707195 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1043  hypothetical protein  34.78 
 
 
121 aa  46.6  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.16619 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0528  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  33.62 
 
 
210 aa  45.4  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0580281  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0790  cobalt transport protein CbiM  25 
 
 
225 aa  45.8  0.001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>