257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0056 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_0056  response regulator  100 
 
 
235 aa  478  1e-134  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1495  putative PAS/PAC sensor protein  40.43 
 
 
234 aa  205  6e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0619  response regulator receiver protein  40 
 
 
234 aa  204  9e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2099  sensory box protein, putative  38.79 
 
 
232 aa  204  9e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.374789  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1561  putative PAS/PAC sensor protein  26.56 
 
 
249 aa  91.7  9e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.925231 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0028  CO metabolism transcriptional regulator RcoM2  27.24 
 
 
267 aa  82.8  4e-15  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.28119 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2142  CO metabolism transcriptional regulator RcoM  27.09 
 
 
267 aa  81.6  1e-14  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0995058 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3515  LytR/AlgR family transcriptional regulator  24.11 
 
 
236 aa  75.1  9e-13  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2542  putative PAS/PAC sensor protein  27.76 
 
 
268 aa  69.3  5e-11  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4967  ABC transporter ATP-binding protein  32.46 
 
 
335 aa  65.1  1e-09  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  8.11846e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5134  ABC transporter ATP-binding protein, C-terminus  33.33 
 
 
137 aa  65.1  1e-09  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  34.02 
 
 
245 aa  64.7  1e-09  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4985  ABC transporter, ATP-binding protein  32.46 
 
 
335 aa  64.7  1e-09  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  7.03532e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1746  carbon monoxide dehydrogenase, coxC signalling protein  28.95 
 
 
410 aa  64.7  1e-09  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.647734 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5461  ABC transporter, ATP-binding protein  32.46 
 
 
335 aa  64.7  1e-09  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  4.05591e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5406  ABC transporter, ATP-binding protein  32.46 
 
 
335 aa  64.7  1e-09  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.3143  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5544  ABC transporter, ATP-binding protein  32.46 
 
 
335 aa  64.7  1e-09  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000378765  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5410  ABC transporter, ATP-binding protein, putative  32.46 
 
 
335 aa  65.1  1e-09  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  3.74039e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5376  ABC transporter, ATP-binding protein  32.46 
 
 
335 aa  65.1  1e-09  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.18123e-05 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5083  LytTr DNA-binding region  32.46 
 
 
335 aa  64.7  1e-09  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  6.35558e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.91 
 
 
237 aa  63.2  4e-09  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0498  LytTR family two component transcriptional regulator  31.73 
 
 
236 aa  62.4  5e-09  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022884  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  37.08 
 
 
261 aa  62.4  6e-09  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  31.25 
 
 
263 aa  61.6  1e-08  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2482  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.43 
 
 
288 aa  61.6  1e-08  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.162526 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.13 
 
 
253 aa  60.8  2e-08  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3804  LytTr DNA-binding region  30.7 
 
 
335 aa  60.5  2e-08  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3930  LytTR family two component transcriptional regulator  29.66 
 
 
238 aa  60.5  2e-08  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.04 
 
 
266 aa  59.7  3e-08  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
255 aa  59.7  4e-08  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6324  response regulator receiver protein  25.76 
 
 
253 aa  59.3  5e-08  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2133  LytTR family two component transcriptional regulator  25.95 
 
 
248 aa  58.5  8e-08  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.565653  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.65 
 
 
281 aa  58.5  8e-08  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  30.36 
 
 
263 aa  58.2  1e-07  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.7 
 
 
246 aa  57.4  2e-07  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00870  response regulator of the LytR/AlgR family  27.84 
 
 
272 aa  57  3e-07  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3896  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.84 
 
 
245 aa  57  3e-07  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.356034 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5950  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.3 
 
 
253 aa  56.6  3e-07  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.792388  normal  0.0587504 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5597  putative response regulator  29.46 
 
 
238 aa  56.6  3e-07  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0176672  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5546  response regulator, putative  29.46 
 
 
238 aa  56.6  3e-07  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.183398  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5270  response regulator  29.46 
 
 
238 aa  56.2  4e-07  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.246846  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5541  putative response regulator  29.46 
 
 
238 aa  56.6  4e-07  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0307727  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5114  response regulator  29.46 
 
 
238 aa  56.2  4e-07  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.603206  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5097  response regulator  29.46 
 
 
238 aa  56.2  4e-07  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.047582  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  27.27 
 
 
249 aa  56.2  4e-07  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5667  response regulator  29.46 
 
 
238 aa  56.2  4e-07  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000414392  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5410  putative response regulator  29.46 
 
 
238 aa  56.6  4e-07  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0150801  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5512  putative response regulator  29.46 
 
 
238 aa  56.2  4e-07  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3172  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.77 
 
 
258 aa  55.8  5e-07  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00901875  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5211  LytTR family two component transcriptional regulator  30.36 
 
 
238 aa  55.5  6e-07  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.546332  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  28.97 
 
 
237 aa  55.8  6e-07  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.96 
 
 
240 aa  55.8  6e-07  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1440  putative two-component response-regulatory protein YehT  26.27 
 
 
236 aa  55.5  6e-07  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1435  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.8 
 
 
264 aa  55.5  7e-07  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.314663  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.97 
 
 
237 aa  55.5  8e-07  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1065  response regulator receiver protein  34.74 
 
 
249 aa  55.5  8e-07  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.251377  normal  0.725191 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3427  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.97 
 
 
256 aa  55.5  8e-07  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.239231  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2957  response regulator receiver protein  31.78 
 
 
236 aa  55.1  9e-07  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00954821  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3377  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.92 
 
 
319 aa  55.1  9e-07  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.26 
 
 
244 aa  54.7  1e-06  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2282  response regulator receiver protein  30.77 
 
 
276 aa  55.1  1e-06  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.81  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  27.52 
 
 
242 aa  54.3  1e-06  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0252  two-component response regulator  30.48 
 
 
246 aa  54.3  2e-06  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0488  response regulator receiver protein  28.3 
 
 
252 aa  53.9  2e-06  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  26.79 
 
 
252 aa  53.9  2e-06  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0246  two-component response regulator  30.48 
 
 
246 aa  54.3  2e-06  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.3 
 
 
244 aa  54.3  2e-06  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1994  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.84 
 
 
236 aa  53.9  2e-06  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2822  response regulator receiver domain-containing protein  31.52 
 
 
304 aa  53.9  2e-06  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.135551  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  43.1 
 
 
231 aa  53.1  3e-06  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1209  putative integral membrane sensor protein  28.7 
 
 
368 aa  53.5  3e-06  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.131047  normal  0.490878 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1330  LytTR family two component transcriptional regulator  29.13 
 
 
261 aa  53.1  4e-06  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.80792  hitchhiker  0.00674538 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12140  response regulator of the LytR/AlgR family  23.78 
 
 
255 aa  53.1  4e-06  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  28.19 
 
 
279 aa  52.8  4e-06  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1069  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.07 
 
 
276 aa  52.8  5e-06  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1148  response regulator receiver protein  31.07 
 
 
295 aa  52.4  6e-06  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.573371  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.17 
 
 
253 aa  52.4  6e-06  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.60621e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  32.29 
 
 
268 aa  52.4  6e-06  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2356  response regulator receiver protein  29.57 
 
 
257 aa  52.4  6e-06  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325932  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  26.21 
 
 
254 aa  52.4  7e-06  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0067  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.25 
 
 
275 aa  52.4  7e-06  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2221  response regulator receiver protein  28.18 
 
 
309 aa  52  7e-06  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.728261 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11558  two-component system response regulator  32.43 
 
 
233 aa  52  8e-06  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  27.03 
 
 
276 aa  52  8e-06  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  26.21 
 
 
250 aa  52  9e-06  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  27.52 
 
 
238 aa  51.6  1e-05  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  31.73 
 
 
239 aa  51.2  1e-05  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  22.22 
 
 
264 aa  51.6  1e-05  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.85 
 
 
242 aa  51.2  1e-05  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1016  response regulator  29.81 
 
 
244 aa  50.4  2e-05  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  33.7 
 
 
238 aa  50.4  2e-05  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2035  response regulator receiver protein  29.35 
 
 
282 aa  50.8  2e-05  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.150352  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2603  response regulator  30.56 
 
 
243 aa  50.4  2e-05  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2025  two-component response regulator  27.36 
 
 
252 aa  50.4  2e-05  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.82 
 
 
268 aa  50.4  3e-05  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3613  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.47 
 
 
281 aa  50.1  3e-05  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3362  response regulator receiver protein  28.69 
 
 
306 aa  49.7  4e-05  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.104864  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
240 aa  49.7  4e-05  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.44 
 
 
231 aa  49.7  4e-05  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4129  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.41 
 
 
271 aa  49.7  4e-05  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>