More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0023 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_0023  Rad3-related DNA helicases  100 
 
 
851 aa  1719  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.66591e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3167  helicase c2  55.24 
 
 
876 aa  899  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000644587  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4122  helicase c2  53.92 
 
 
843 aa  904  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  9.77416e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3854  helicase c2  51.58 
 
 
830 aa  827  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000920192 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3770  helicase c2  51.69 
 
 
830 aa  827  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0509  helicase c2  47.65 
 
 
843 aa  781  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0363  ATP-dependent helicase DinG  54.83 
 
 
840 aa  900  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.01237  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3621  helicase c2  45.58 
 
 
838 aa  719  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1942  helicase c2  35.2 
 
 
832 aa  565  1e-159  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.357662  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07920  helicase c2  35.79 
 
 
822 aa  551  1e-155  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0024  helicase c2  34.71 
 
 
846 aa  531  1e-149  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1990  ATP-dependent helicase DinG  34.9 
 
 
709 aa  443  1e-123  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.61 
 
 
934 aa  431  1e-119  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.87 
 
 
956 aa  419  1e-116  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3224  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.97 
 
 
927 aa  420  1e-116  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00101103  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1347  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.32 
 
 
957 aa  420  1e-116  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.579486 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0188  helicase c2  38.69 
 
 
659 aa  414  1e-114  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00148037  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1003  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.75 
 
 
960 aa  412  1e-113  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.88 
 
 
944 aa  411  1e-113  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.14 
 
 
921 aa  411  1e-113  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1197  helicase c2  35.24 
 
 
661 aa  383  1e-105  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  9.73223e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.22 
 
 
930 aa  384  1e-105  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.9 
 
 
921 aa  376  1e-102  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3029  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  33.66 
 
 
929 aa  375  1e-102  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6611  helicase c2  34.87 
 
 
729 aa  362  2e-98  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0897  helicase c2  36.13 
 
 
647 aa  361  3e-98  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2677  helicase c2  33.38 
 
 
646 aa  357  5e-97  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.663694  normal  0.183253 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.7 
 
 
952 aa  356  9e-97  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4634  helicase c2  35.92 
 
 
674 aa  355  3e-96  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1364  helicase c2  36.12 
 
 
640 aa  350  6e-95  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1409  helicase c2  36.23 
 
 
651 aa  350  9e-95  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2809  helicase c2  32.9 
 
 
707 aa  348  3e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.73 
 
 
934 aa  345  2e-93  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.59 
 
 
934 aa  345  2e-93  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.73 
 
 
934 aa  345  2e-93  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.59 
 
 
934 aa  345  3e-93  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.59 
 
 
934 aa  345  3e-93  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.72 
 
 
934 aa  342  2e-92  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4468  helicase c2  37.87 
 
 
635 aa  342  2e-92  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.261313  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.43 
 
 
934 aa  341  4e-92  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3486  helicase c2  36.76 
 
 
698 aa  337  7e-91  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1467  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.01 
 
 
934 aa  336  1e-90  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533097  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.32 
 
 
934 aa  335  2e-90  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  6.49538e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.32 
 
 
934 aa  335  2e-90  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2535  helicase C2  32.68 
 
 
645 aa  333  7e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.801549  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0733  ATP-dependent DNA helicase  32.66 
 
 
640 aa  333  9e-90  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.982369  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0911  putative ATP-dependent helicase  32.34 
 
 
651 aa  332  1e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1265  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.44 
 
 
929 aa  332  2e-89  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00466144  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01131  ATP-dependent helicase  31.86 
 
 
639 aa  331  3e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.625206  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0528  helicase c2  27.9 
 
 
667 aa  329  1e-88  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1619  helicase c2  32.95 
 
 
629 aa  325  3e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2455  helicase c2  32.34 
 
 
641 aa  323  1e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0997  helicase c2  33.38 
 
 
643 aa  323  1e-86  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.179863 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2302  ATP-dependent helicase, DinG family protein  32.05 
 
 
662 aa  322  2e-86  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.783815  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1824  helicase c2  33.43 
 
 
664 aa  322  2e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.678424  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1727  helicase c2  33.19 
 
 
641 aa  319  1e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1934  helicase c2  33.43 
 
 
640 aa  319  2e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101214  normal  0.540234 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.8 
 
 
909 aa  319  2e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1805  helicase c2  34.01 
 
 
659 aa  317  6e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2172  helicase c2  33.85 
 
 
659 aa  317  7e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1412  helicase c2  32.34 
 
 
658 aa  316  1e-84  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.102914  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1859  helicase c2  34.01 
 
 
674 aa  313  8e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.347581  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2196  helicase c2  32.81 
 
 
641 aa  312  2e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00456377 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01597  ATP-dependent helicase  35.56 
 
 
675 aa  311  3e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2097  helicase c2  33.71 
 
 
644 aa  311  4e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0479006  normal  0.269462 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2147  helicase c2  34.84 
 
 
641 aa  308  3e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0303331  hitchhiker  0.00135971 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2517  ATP-dependent helicase, DEXD family  34.84 
 
 
641 aa  308  3e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.764826  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.72 
 
 
921 aa  307  5e-82  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3093  helicase c2  34.2 
 
 
681 aa  307  5e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.649657 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1269  helicase c2  31.24 
 
 
636 aa  305  3e-81  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2524  helicase c2  31.33 
 
 
755 aa  303  8e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00188741  decreased coverage  2.63353e-10 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1612  putative ATP-dependent helicase  31.7 
 
 
751 aa  303  9e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00100383  normal  0.548735 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1132  hypothetical protein  30.01 
 
 
681 aa  301  4e-80  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1897  hypothetical protein  29.97 
 
 
652 aa  298  3e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1886  hypothetical protein  29.83 
 
 
652 aa  296  1e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1779  helicase c2:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  32.37 
 
 
641 aa  294  5e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2316  helicase c2  31.3 
 
 
670 aa  293  1e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1295  helicase c2  33.38 
 
 
664 aa  291  4e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2094  helicase c2  36.06 
 
 
673 aa  288  3e-76  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.239782  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28440  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  31.38 
 
 
986 aa  285  3e-75  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.32018  normal  0.0233138 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0995  helicase c2  33.56 
 
 
681 aa  283  9e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.900844  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1863  helicase c2  30.94 
 
 
668 aa  283  1e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.879395 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0648  helicase c2  30.63 
 
 
668 aa  282  2e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4486  helicase c2  31.62 
 
 
714 aa  282  2e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.24845  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3841  helicase c2  33.62 
 
 
665 aa  273  7e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.478709  normal  0.0359375 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3855  helicase c2  33.81 
 
 
665 aa  273  8e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.210682  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3929  helicase c2  33.81 
 
 
665 aa  273  8e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0336304  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2178  helicase c2  30.97 
 
 
685 aa  271  3e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1446  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.65 
 
 
703 aa  271  3e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.07544e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2527  helicase c2  30.78 
 
 
653 aa  269  2e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0816709  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2483  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.52 
 
 
690 aa  267  6e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00204554 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29270  DNA helicase, Rad3  32.68 
 
 
684 aa  267  6e-70  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.318454 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2272  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.32 
 
 
712 aa  265  2e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1566  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.69 
 
 
692 aa  265  2e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  6.20367e-05 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17400  DNA helicase, Rad3  32.13 
 
 
765 aa  265  3e-69  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0589917  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3086  ATP-dependent DNA helicase DinG  29.76 
 
 
692 aa  265  3e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175143  hitchhiker  4.11022e-05 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1249  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.96 
 
 
691 aa  265  4e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000153763 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1359  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.09 
 
 
978 aa  264  5e-69  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.838712  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2429  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.18 
 
 
691 aa  264  5e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003963  ATP-dependent helicase DinG/Rad3  30.35 
 
 
691 aa  263  9e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>