More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0020 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_0020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  100 
 
 
297 aa  608  1e-173  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000112867  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.69 
 
 
296 aa  251  1e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.55 
 
 
295 aa  243  3e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.14 
 
 
298 aa  243  3e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.34 
 
 
294 aa  241  7.999999999999999e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.44 
 
 
306 aa  241  9e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.54 
 
 
295 aa  236  3e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  42.05 
 
 
294 aa  233  3e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.73 
 
 
294 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.270994  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.05 
 
 
294 aa  191  1e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.8 
 
 
309 aa  179  4.999999999999999e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.69 
 
 
308 aa  167  2e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.25 
 
 
309 aa  167  2e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.04 
 
 
299 aa  157  2e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.932671  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.45 
 
 
296 aa  157  3e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.93 
 
 
298 aa  150  2e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.87 
 
 
320 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.91 
 
 
314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  34.56 
 
 
302 aa  143  4e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.64 
 
 
328 aa  139  4.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  0.000000612217 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.16 
 
 
321 aa  139  4.999999999999999e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.37 
 
 
286 aa  139  7e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.980999  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.31 
 
 
301 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000631185 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.09 
 
 
302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.219396  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
306 aa  132  5e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.88 
 
 
321 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270425 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.16 
 
 
308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.4 
 
 
291 aa  125  7e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4521  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.32 
 
 
512 aa  124  2e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.074322  normal  0.90269 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0072  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.1 
 
 
303 aa  123  3e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.02 
 
 
302 aa  122  6e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1324  hypothetical protein  32.81 
 
 
302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000450557  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.77 
 
 
326 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0016  3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase  28.77 
 
 
340 aa  120  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0638  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.51 
 
 
306 aa  120  3e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.8 
 
 
309 aa  120  3.9999999999999996e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.43 
 
 
318 aa  119  6e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.21 
 
 
321 aa  119  7.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0110  NADH dehydrogenase  34.94 
 
 
321 aa  117  3e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120981 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  31.79 
 
 
334 aa  116  5e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.95 
 
 
318 aa  116  6e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
318 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  31.46 
 
 
334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  28.69 
 
 
320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.61 
 
 
353 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.89 
 
 
310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.97 
 
 
450 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.892104 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.72 
 
 
417 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306348  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4953  NADH dehydrogenase  33.33 
 
 
318 aa  113  4.0000000000000004e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.97 
 
 
319 aa  113  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4795  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.38 
 
 
417 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.682348 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0087  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase protein  30.1 
 
 
334 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.11 
 
 
326 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.31 
 
 
345 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.19 
 
 
439 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32.78 
 
 
329 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  31.25 
 
 
316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  27.62 
 
 
316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  30.99 
 
 
336 aa  111  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  31.09 
 
 
317 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  31.84 
 
 
318 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.23 
 
 
287 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016396  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  30.99 
 
 
328 aa  109  4.0000000000000004e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  31.14 
 
 
328 aa  109  5e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.14 
 
 
328 aa  109  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  30.36 
 
 
328 aa  109  6e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.88 
 
 
349 aa  109  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  29.1 
 
 
317 aa  109  6e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  32.9 
 
 
320 aa  108  7.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02430  conserved hypothetical protein  30.56 
 
 
375 aa  108  1e-22  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000237678  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.53 
 
 
323 aa  108  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1933  hypothetical protein  33.79 
 
 
423 aa  107  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.497125  normal  0.363936 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3538  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  31.14 
 
 
326 aa  105  6e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.13 
 
 
321 aa  105  7e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  28.52 
 
 
338 aa  105  7e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.52 
 
 
338 aa  105  7e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0224  hypothetical protein  32.73 
 
 
322 aa  104  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.362913  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1713  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.28 
 
 
229 aa  105  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.67 
 
 
296 aa  104  2e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.527248  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0199  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.51 
 
 
435 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.506284 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08611  hypothetical protein  25.25 
 
 
299 aa  104  2e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0698127  hitchhiker  0.000145998 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
328 aa  103  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.81 
 
 
320 aa  103  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.5 
 
 
320 aa  103  3e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.665439  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  28.51 
 
 
320 aa  103  4e-21  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  31.23 
 
 
307 aa  102  6e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  31.14 
 
 
328 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0386  NADH-ubiquinone oxidoreductase family protein  26.42 
 
 
340 aa  101  1e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0152  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  32.27 
 
 
335 aa  101  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.274944 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1068  NmrA family protein  27.54 
 
 
311 aa  99.8  4e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.746478  normal  0.218784 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  30.95 
 
 
319 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4817  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.95 
 
 
440 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.896318 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.16 
 
 
340 aa  99.8  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.95 
 
 
440 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.529147 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.95 
 
 
440 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2944  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  32.31 
 
 
319 aa  99.4  7e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.557805 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.36 
 
 
327 aa  99.4  7e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0593  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.1 
 
 
316 aa  99.4  7e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.490453  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.4 
 
 
381 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.86 
 
 
319 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>