284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0003 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_0003  DNA replication and repair protein  100 
 
 
363 aa  745  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0241212  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  39.78 
 
 
364 aa  254  2e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  39.73 
 
 
364 aa  250  2e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  39.73 
 
 
364 aa  250  3e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  37.91 
 
 
365 aa  243  4e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  37.47 
 
 
370 aa  238  8e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  37.91 
 
 
368 aa  238  1e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  37.64 
 
 
365 aa  236  5e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.2 
 
 
376 aa  212  8e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  35.48 
 
 
375 aa  210  3e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  34.86 
 
 
373 aa  209  5e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  34.95 
 
 
375 aa  209  9e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  34.95 
 
 
375 aa  208  1e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.29 
 
 
382 aa  207  2e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  34.95 
 
 
375 aa  207  2e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  34.68 
 
 
375 aa  207  3e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  34.68 
 
 
375 aa  207  3e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.04808e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  34.68 
 
 
375 aa  207  3e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  34.68 
 
 
375 aa  206  4e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  34.68 
 
 
375 aa  206  4e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  34.68 
 
 
375 aa  206  4e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  34.32 
 
 
374 aa  203  4e-51  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  33.88 
 
 
361 aa  202  6e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  33.88 
 
 
361 aa  202  6e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  34.15 
 
 
374 aa  202  7e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.87 
 
 
372 aa  199  6e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  32.8 
 
 
374 aa  199  7e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  4.14234e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  33.51 
 
 
372 aa  195  1e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.06 
 
 
360 aa  195  1e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.41 
 
 
372 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.96 
 
 
372 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  33.87 
 
 
371 aa  190  4e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  31.79 
 
 
369 aa  189  7e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  33.95 
 
 
375 aa  188  1e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  32.35 
 
 
370 aa  187  3e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  32.35 
 
 
370 aa  187  3e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.33 
 
 
386 aa  184  2e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.32 
 
 
372 aa  183  5e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  32.69 
 
 
369 aa  179  6e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.33 
 
 
369 aa  179  1e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.29 
 
 
365 aa  178  1e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.32 
 
 
362 aa  177  3e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  1.15018e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.38 
 
 
363 aa  176  4e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  33.97 
 
 
366 aa  176  7e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.04 
 
 
371 aa  175  9e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1183  DNA replication and repair protein RecF  33.24 
 
 
373 aa  174  2e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00164356  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.97 
 
 
360 aa  172  1e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.65 
 
 
369 aa  171  3e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.14 
 
 
358 aa  170  3e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  29.11 
 
 
374 aa  169  7e-41  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  32 
 
 
373 aa  168  1e-40  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0498  hypothetical protein  30.17 
 
 
370 aa  167  3e-40  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  32.22 
 
 
370 aa  166  5e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  3.69508e-07  hitchhiker  1.45417e-07 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  33.24 
 
 
371 aa  166  6e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  32.81 
 
 
359 aa  166  6e-40  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  31.81 
 
 
362 aa  166  8e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.58 
 
 
370 aa  166  8e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0534  DNA replication and repair protein RecF  30.54 
 
 
367 aa  164  2e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.921957  hitchhiker  2.41058e-09 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  32.23 
 
 
392 aa  163  5e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.02 
 
 
360 aa  162  8e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0698954  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.81 
 
 
420 aa  162  8e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  1.1529e-05  hitchhiker  4.44236e-07 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  28.23 
 
 
371 aa  162  8e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3717  DNA replication and repair protein  29.12 
 
 
377 aa  161  1e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.329241 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00030  recF protein  31.82 
 
 
376 aa  161  2e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000612951  decreased coverage  1.32668e-05 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  31.48 
 
 
369 aa  160  4e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00030  recF protein  31.01 
 
 
378 aa  159  5e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.172429  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.66 
 
 
365 aa  159  6e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.95 
 
 
363 aa  158  1e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09773  putative DNA replication and repair protein  30.64 
 
 
359 aa  157  3e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.753312  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  30.86 
 
 
365 aa  157  3e-37  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5508  DNA replication and repair protein RecF  32.68 
 
 
368 aa  154  3e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5456  DNA replication and repair protein RecF  29.91 
 
 
360 aa  152  7e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  32.63 
 
 
371 aa  151  1e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0003  DNA repair and genetic recombination protein  29.34 
 
 
365 aa  150  3e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  30.28 
 
 
404 aa  150  3e-35  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3886  DNA replication and repair protein RecF  33.23 
 
 
365 aa  150  5e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127784  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2450  DNA replication and repair protein RecF  31.96 
 
 
366 aa  149  7e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  31.64 
 
 
377 aa  149  8e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  30.53 
 
 
398 aa  149  8e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5128  recombination protein F  30.98 
 
 
357 aa  147  2e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.010515  normal  0.212432 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4210  recombination protein F  30.98 
 
 
357 aa  147  2e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  8.37842e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0034  recombination protein F  30.79 
 
 
361 aa  147  2e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  9.27918e-06  normal  0.243305 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0003  recombination protein F  30.98 
 
 
357 aa  147  2e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0566679  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  30.35 
 
 
359 aa  147  2e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3913  recombination protein F  30.98 
 
 
357 aa  147  2e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00221081  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4065  recombination protein F  30.98 
 
 
357 aa  147  2e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0837895  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03583  recombination protein F  30.98 
 
 
357 aa  147  2e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.517201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.98 
 
 
357 aa  147  2e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.877523  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03527  hypothetical protein  30.98 
 
 
357 aa  147  2e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.367538  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0042  DNA replication and repair protein RecF  26.9 
 
 
358 aa  148  2e-34  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4225  recombination protein F  31.25 
 
 
357 aa  147  3e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.164466  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3031  DNA replication and repair protein RecF  32.14 
 
 
359 aa  147  4e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1123  recombination protein F  31.22 
 
 
380 aa  146  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.633638 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1094  recombination protein F  31.22 
 
 
380 aa  146  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  32.67 
 
 
386 aa  145  1e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  29.64 
 
 
390 aa  144  2e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0003  recombination protein F  30.77 
 
 
369 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0053  DNA replication and repair protein RecF  32.27 
 
 
347 aa  144  2e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00030  recombination protein F  31.04 
 
 
369 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00444  recombination protein F  29.09 
 
 
357 aa  143  5e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>