More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0002 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
372 aa  759  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.59068e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  54.84 
 
 
372 aa  452  1e-126  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  55.11 
 
 
372 aa  454  1e-126  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  56.18 
 
 
372 aa  453  1e-126  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  57.26 
 
 
372 aa  454  1e-126  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  57.1 
 
 
373 aa  446  1e-124  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  54.96 
 
 
373 aa  427  1e-118  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00126039  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  52.42 
 
 
372 aa  417  1e-115  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  1.38199e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  41.1 
 
 
376 aa  305  1e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.94 
 
 
375 aa  301  1e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.94 
 
 
375 aa  300  2e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.94 
 
 
375 aa  300  3e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  41.53 
 
 
376 aa  296  4e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  40 
 
 
372 aa  281  1e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  40 
 
 
373 aa  280  4e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  39.84 
 
 
372 aa  274  2e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  40 
 
 
373 aa  273  3e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  39.79 
 
 
373 aa  273  4e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.42 
 
 
373 aa  273  5e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  40.16 
 
 
373 aa  272  8e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  40.53 
 
 
370 aa  271  1e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.4 
 
 
372 aa  270  3e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  2.75643e-08  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  39.14 
 
 
371 aa  268  8e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.67 
 
 
373 aa  268  9e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  9.29484e-07 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.15 
 
 
373 aa  268  2e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.24 
 
 
372 aa  267  3e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.3 
 
 
372 aa  266  3e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  40.53 
 
 
371 aa  266  6e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  37.6 
 
 
372 aa  265  1e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1343  DNA polymerase III subunit beta  37.33 
 
 
372 aa  264  2e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.5 
 
 
372 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0012  DNA polymerase III subunit beta  37.33 
 
 
372 aa  263  4e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.39 
 
 
365 aa  263  4e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  37.17 
 
 
372 aa  263  5e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  3.50231e-06 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  36.8 
 
 
372 aa  262  6e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.32 
 
 
366 aa  262  7e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  4.66477e-06  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  38.98 
 
 
366 aa  262  8e-69  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.24 
 
 
372 aa  259  7e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.97 
 
 
372 aa  258  9e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.04 
 
 
372 aa  256  4e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.27 
 
 
366 aa  256  4e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  4.72427e-06  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.47 
 
 
366 aa  256  6e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  5.44098e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  39.04 
 
 
385 aa  256  6e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.27 
 
 
366 aa  255  7e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  5.77304e-08  unclonable  2.3362e-11 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  40.27 
 
 
366 aa  255  7e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  6.42144e-08  hitchhiker  1.34313e-09 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.8 
 
 
372 aa  254  1e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.474691  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.3 
 
 
367 aa  254  2e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.43 
 
 
372 aa  254  2e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  38.3 
 
 
372 aa  253  4e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 
366 aa  252  7e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  7.33559e-07  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  40 
 
 
366 aa  251  1e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.97 
 
 
372 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.47 
 
 
366 aa  251  2e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  4.90932e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.68 
 
 
365 aa  251  2e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  5.90568e-08  unclonable  5.12174e-12 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.3 
 
 
366 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  6.37071e-08  unclonable  3.26658e-12 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.3 
 
 
366 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.03765e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.3 
 
 
366 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  6.34429e-07  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.3 
 
 
366 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  8.48773e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  37.97 
 
 
397 aa  250  3e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  38.03 
 
 
372 aa  249  8e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.7 
 
 
397 aa  248  1e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1429  DNA polymerase III subunit beta  39.74 
 
 
375 aa  247  2e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.314703  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2834  DNA polymerase III subunit beta  36.27 
 
 
372 aa  247  3e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.93 
 
 
366 aa  247  3e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.00886e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.11 
 
 
367 aa  247  3e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  4.85336e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.1 
 
 
366 aa  247  3e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.48 
 
 
374 aa  246  5e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.84 
 
 
366 aa  246  5e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.67756e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  37.63 
 
 
366 aa  246  5e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  38.87 
 
 
366 aa  246  6e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.3 
 
 
366 aa  246  7e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.36085e-07  unclonable  9.17615e-09 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.27 
 
 
366 aa  245  1e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.58001e-07  unclonable  3.41195e-06 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  36.9 
 
 
412 aa  244  1e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  36.97 
 
 
372 aa  243  3e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1437  DNA polymerase III subunit beta  36.77 
 
 
374 aa  243  5e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  40.11 
 
 
366 aa  242  6e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  1.12219e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.17 
 
 
366 aa  241  1e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0811992  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  38.77 
 
 
366 aa  241  2e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.18658e-07  unclonable  1.21971e-10 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.17 
 
 
366 aa  241  2e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0011847  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.8 
 
 
373 aa  240  3e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0966551  normal  0.572668 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.43 
 
 
367 aa  237  2e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  1.46926e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.97 
 
 
367 aa  237  3e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  3.48538e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  34.29 
 
 
374 aa  237  3e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  38.34 
 
 
366 aa  236  4e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.46 
 
 
367 aa  234  1e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  9.05958e-08  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3715  DNA polymerase III, beta subunit  39.73 
 
 
367 aa  234  2e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.348294  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  37.8 
 
 
367 aa  234  3e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0137  DNA polymerase III subunit beta  38.3 
 
 
366 aa  233  4e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  1.08126e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.58 
 
 
381 aa  232  1e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  3.0299e-05 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.46 
 
 
367 aa  231  1e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0162  DNA polymerase III subunit beta  35.81 
 
 
372 aa  231  2e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281652  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.57 
 
 
368 aa  231  2e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0430732  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  38.07 
 
 
366 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  38.07 
 
 
366 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  38.07 
 
 
366 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.7 
 
 
367 aa  230  3e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  38.07 
 
 
366 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.81 
 
 
368 aa  229  4e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.7 
 
 
367 aa  230  4e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  38.07 
 
 
366 aa  229  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>