More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_2091 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
BN001306  ANIA_09120  DNA-directed RNA polymerase Fragment (EC 2.7.7.6) [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV95]  38.31 
 
 
1252 aa  778    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.596222  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00321  DNA-directed RNA polymerase III, beta subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G02460)  36.22 
 
 
1225 aa  724    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0578929  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1204  DNA-directed RNA polymerase subunit B  54.74 
 
 
1124 aa  1238    Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.074104  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0607  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  54.73 
 
 
611 aa  662    Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0783  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  53.81 
 
 
608 aa  663    Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0299  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  51.66 
 
 
604 aa  647    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0352  DNA-directed RNA polymerase subunit B  53.64 
 
 
609 aa  669    Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2151  DNA-directed RNA polymerase subunit B  53.31 
 
 
609 aa  662    Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND03540  DNA-dependent RNA polymerase II RPB140, putative  36.88 
 
 
1193 aa  739    Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.85133  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00420  DNA-directed RNA polymerase, putative  37.92 
 
 
1129 aa  724    Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2160  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  52.15 
 
 
604 aa  657    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0554265  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3693  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  53.74 
 
 
604 aa  663    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.256816 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39835  predicted protein  37.55 
 
 
1146 aa  754    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.695228  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1311  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  55.06 
 
 
611 aa  664    Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0514  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  53.48 
 
 
608 aa  663    Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_54289  predicted protein  37.46 
 
 
1211 aa  719    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2321  DNA-directed RNA polymerase subunit B  93.26 
 
 
1127 aa  2157    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.388752  hitchhiker  0.000074653 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0106  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  53.48 
 
 
609 aa  653    Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.49863  normal  0.536815 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34146  DNA-dependent RNA polymerase II  38.19 
 
 
1232 aa  808    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.19062  normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_11441  predicted protein  39.32 
 
 
1212 aa  797    Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.41683  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0216  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  54.56 
 
 
611 aa  660    Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0672  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  54.55 
 
 
611 aa  664    Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_87381  DNA-directed RNA polymerase III  37.47 
 
 
1155 aa  739    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.200295  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0051  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  51.91 
 
 
606 aa  640    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0790  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  53.72 
 
 
611 aa  665    Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_13673  predicted protein  40.92 
 
 
1174 aa  856    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.320085  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1963  DNA-directed RNA polymerase subunit B  92.01 
 
 
1127 aa  2146    Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0028  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  55.91 
 
 
604 aa  691    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.274287  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0313  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  51.66 
 
 
604 aa  647    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0033  DNA-directed RNA polymerase subunit B  55.71 
 
 
1124 aa  1251    Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.0000339757  normal  0.0488457 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0347  DNA-directed RNA polymerase subunit B  46.93 
 
 
1115 aa  1029    Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  46.52 
 
 
1201 aa  1023    Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00610767  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2091  DNA-directed RNA polymerase subunit B  100 
 
 
1127 aa  2284    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0286  DNA-directed RNA polymerase subunit B  56.72 
 
 
1130 aa  1265    Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0449  DNA-directed RNA polymerase subunit B  65.36 
 
 
1131 aa  1533    Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.00000490732  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0703  DNA-directed RNA polymerase subunit B  91.66 
 
 
1127 aa  2147    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.347908  decreased coverage  0.0027158 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1933  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  53.15 
 
 
604 aa  664    Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1178  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  51.08 
 
 
604 aa  626  1e-178  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000367699  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1162  DNA-directed RNA polymerase subunit B'  50.47 
 
 
637 aa  618  1e-175  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.595392 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  46.98 
 
 
499 aa  440  9.999999999999999e-123  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0217  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  47.38 
 
 
499 aa  441  9.999999999999999e-123  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.408076  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0606  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  46.88 
 
 
499 aa  440  9.999999999999999e-123  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0791  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  45.19 
 
 
510 aa  436  1e-121  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1179  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  45.53 
 
 
542 aa  433  1e-120  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0671  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  45.36 
 
 
499 aa  432  1e-119  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0027  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  47.66 
 
 
496 aa  431  1e-119  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.483388  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3694  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  46.15 
 
 
531 aa  426  1e-117  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.507465 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03933  DNA-directed RNA polymerase I subunit beta (Rpa2), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G08300)  30.75 
 
 
1231 aa  421  1e-116  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_77977  DNA-directed RNA polymerase I  29.95 
 
 
1167 aa  417  9.999999999999999e-116  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.481222 
 
 
-
 
NC_006691  CNF04080  DNA-directed RNA polymerase i polypeptide 2, putative  30.27 
 
 
1193 aa  417  9.999999999999999e-116  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0866247  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0515  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  44.12 
 
 
520 aa  418  9.999999999999999e-116  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0784  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  44.38 
 
 
521 aa  413  1e-114  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1163  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  42.11 
 
 
516 aa  414  1e-114  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.552918 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0107  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  44.02 
 
 
521 aa  412  1e-113  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.397905  normal  0.532786 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2159  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  44.15 
 
 
503 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.34527  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  43.42 
 
 
513 aa  404  1e-111  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0298  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  43.42 
 
 
513 aa  404  1e-111  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.992089  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0351  RNA polymerase beta subunit  42.07 
 
 
524 aa  405  1e-111  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2150  RNA polymerase beta subunit  42.44 
 
 
526 aa  403  9.999999999999999e-111  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119522  DNA-directed RNA polymerase I polypeptide 2  28.76 
 
 
1145 aa  400  9.999999999999999e-111  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.050944  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1934  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  42.88 
 
 
522 aa  398  1e-109  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9235  predicted protein  29.86 
 
 
1147 aa  397  1e-109  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0050  DNA-directed RNA polymerase subunit beta''  44.05 
 
 
518 aa  397  1e-109  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0244  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  28.19 
 
 
1217 aa  315  1.9999999999999998e-84  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0216  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.41 
 
 
1183 aa  298  3e-79  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.846031  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6057  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.48 
 
 
1141 aa  280  1e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.492439 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0821  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  26.54 
 
 
1125 aa  276  1.0000000000000001e-72  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.264809 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2707  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  28.67 
 
 
1227 aa  270  8.999999999999999e-71  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.608751  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0753  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  26.78 
 
 
1170 aa  270  1e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0580  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  26.64 
 
 
1170 aa  268  4e-70  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0311917 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl598  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  27.43 
 
 
1284 aa  231  5e-59  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2719  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  37.86 
 
 
1176 aa  231  5e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  36.5 
 
 
1246 aa  228  4e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0284  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  36.36 
 
 
1212 aa  226  2e-57  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000140323 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0414  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.87 
 
 
1115 aa  225  3e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0178041  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1492  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.87 
 
 
1202 aa  225  4e-57  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1981  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  36.86 
 
 
1196 aa  224  9.999999999999999e-57  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2724  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  36.5 
 
 
1250 aa  222  3e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.280863  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0578  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  25.36 
 
 
1240 aa  221  5e-56  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.219767  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2468  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.87 
 
 
1141 aa  221  6e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716537 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0974  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  36.17 
 
 
1070 aa  221  7.999999999999999e-56  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000799261  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1845  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  37.01 
 
 
1193 aa  220  8.999999999999998e-56  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0804  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  30.35 
 
 
1228 aa  220  1e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0442499  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0160  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  37.01 
 
 
1191 aa  220  1e-55  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0859  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  36.01 
 
 
1238 aa  220  1e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.111826  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0099  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.87 
 
 
1190 aa  220  2e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0103  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.87 
 
 
1185 aa  219  2.9999999999999998e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000686573  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1825  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  34.64 
 
 
1202 aa  219  2.9999999999999998e-55  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01090  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  36.01 
 
 
1090 aa  218  4e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000929297  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1532  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  35.87 
 
 
1126 aa  218  4e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0183  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  28.94 
 
 
1183 aa  218  5e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0702536  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0579  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.75 
 
 
1183 aa  216  1.9999999999999998e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0565  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  29.75 
 
 
1183 aa  216  1.9999999999999998e-54  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1375  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit/140 kD subunit  34.79 
 
 
1197 aa  216  1.9999999999999998e-54  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0481  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  29.92 
 
 
1152 aa  215  3.9999999999999995e-54  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2722  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.77 
 
 
1234 aa  215  3.9999999999999995e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.304828  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2408  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.77 
 
 
1234 aa  215  3.9999999999999995e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0154863  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0708  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  36.36 
 
 
1203 aa  213  2e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0186  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  34.55 
 
 
1174 aa  212  3e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.648806 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  35.87 
 
 
1145 aa  212  3e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000841151  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>