More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_1775 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010525  Tneu_1587  extracellular ligand-binding receptor  80.14 
 
 
426 aa  707    Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1775  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
433 aa  876    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    decreased coverage  0.0000000602209 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1701  extracellular ligand-binding receptor  81.34 
 
 
435 aa  718    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.58174 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0504  extracellular ligand-binding receptor  88.11 
 
 
416 aa  717    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.273135 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0592  extracellular ligand-binding receptor  50.65 
 
 
447 aa  373  1e-102  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.944632  hitchhiker  0.0000426056 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0446  extracellular ligand-binding receptor  50.52 
 
 
451 aa  372  1e-102  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1762  extracellular ligand-binding receptor  46.88 
 
 
449 aa  365  1e-99  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.304418  hitchhiker  0.000873526 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1583  extracellular ligand-binding receptor  42.51 
 
 
450 aa  303  3.0000000000000004e-81  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0295  extracellular ligand-binding receptor  32.86 
 
 
425 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.00215274  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1576  extracellular ligand-binding receptor  32.11 
 
 
427 aa  173  6.999999999999999e-42  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0597639  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1503  extracellular ligand-binding receptor  31.33 
 
 
482 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.128913  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1805  extracellular ligand-binding receptor  33.42 
 
 
463 aa  151  2e-35  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0825  extracellular ligand-binding receptor  32.09 
 
 
392 aa  149  7e-35  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0316  extracellular ligand-binding receptor  32.81 
 
 
392 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1490  Extracellular ligand-binding receptor  31.43 
 
 
397 aa  146  9e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2456  Extracellular ligand-binding receptor  26.26 
 
 
409 aa  123  7e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3654  extracellular ligand-binding receptor  28.11 
 
 
399 aa  107  6e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131877  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4469  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.01 
 
 
404 aa  101  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  28.17 
 
 
400 aa  99  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 
371 aa  97.4  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.77 
 
 
378 aa  96.7  8e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.91 
 
 
380 aa  95.9  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  26.91 
 
 
380 aa  95.9  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  27.96 
 
 
381 aa  95.9  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.91 
 
 
380 aa  95.9  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.91 
 
 
380 aa  95.9  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.91 
 
 
380 aa  95.9  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  26.91 
 
 
372 aa  96.3  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.36 
 
 
384 aa  96.3  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 
384 aa  95.5  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 
384 aa  95.5  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 
380 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.56 
 
 
376 aa  95.1  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  28.13 
 
 
376 aa  95.1  2e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 
391 aa  95.5  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
401 aa  95.5  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 
391 aa  95.5  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  26.24 
 
 
460 aa  94.7  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.56 
 
 
380 aa  94.7  3e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.56 
 
 
380 aa  94.7  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.56 
 
 
380 aa  94.7  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.56 
 
 
380 aa  94.4  4e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  26.56 
 
 
380 aa  94.4  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.56 
 
 
380 aa  94.4  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2733  Extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 
401 aa  93.2  7e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464024  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  25.98 
 
 
380 aa  93.2  8e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.56 
 
 
380 aa  93.2  8e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  25.54 
 
 
384 aa  93.2  8e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 
380 aa  92.4  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  25.8 
 
 
383 aa  92.8  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0556  histidine kinase  23.66 
 
 
826 aa  92.8  1e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.241536 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 
380 aa  91.7  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 
386 aa  92  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 
401 aa  91.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 
386 aa  91.3  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  27.42 
 
 
381 aa  90.9  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2659  extracellular ligand-binding receptor  24.04 
 
 
752 aa  90.5  5e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.15 
 
 
402 aa  89.7  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3206  Extracellular ligand-binding receptor  27.45 
 
 
440 aa  89.4  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3300  putative amino-acid transport signal peptide protein  26.17 
 
 
377 aa  89  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6148  extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 
384 aa  89.7  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5783  extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 
384 aa  89.7  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  26.3 
 
 
380 aa  89.7  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.2 
 
 
396 aa  89  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0716  Extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 
824 aa  89  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2915  Extracellular ligand-binding receptor  26.83 
 
 
440 aa  88.6  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.0000111325  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3170  Extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 
381 aa  88.2  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3495  Extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 
381 aa  87.4  4e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  24.86 
 
 
384 aa  87.4  4e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1418  extracellular ligand-binding receptor  27.52 
 
 
404 aa  87.8  4e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 
401 aa  87.8  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2945  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.35 
 
 
377 aa  87  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.994918 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.08 
 
 
380 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  27.15 
 
 
382 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3488  extracellular ligand-binding receptor  25.92 
 
 
383 aa  85.1  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.761675 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  28.94 
 
 
373 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3414  extracellular ligand-binding receptor  27.1 
 
 
378 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0938732  normal  0.686919 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5249  extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 
383 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.513235 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  27.73 
 
 
399 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3339  extracellular ligand-binding receptor  25.92 
 
 
383 aa  84  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0137407  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6110  extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 
369 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3416  extracellular ligand-binding receptor  25.91 
 
 
383 aa  84  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  26.24 
 
 
393 aa  84  0.000000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.05 
 
 
373 aa  83.6  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.116287 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5695  Extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
373 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4960  extracellular ligand-binding receptor  27.73 
 
 
392 aa  83.2  0.000000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00971777 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
383 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5309  extracellular ligand-binding receptor  27.41 
 
 
392 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.186665 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  28.09 
 
 
382 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3058  extracellular ligand-binding receptor  27.41 
 
 
392 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5105  extracellular ligand-binding receptor  26.5 
 
 
381 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140418  decreased coverage  0.00222912 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6859  extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 
382 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.278676  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4919  extracellular ligand-binding receptor  25.88 
 
 
376 aa  82  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2166  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
376 aa  81.6  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.0643115 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  26.92 
 
 
379 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.92 
 
 
379 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  26.92 
 
 
379 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2966  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.92 
 
 
375 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.91 
 
 
373 aa  80.9  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4669  extracellular ligand-binding receptor  27.1 
 
 
378 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.969731 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>