More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_1726 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010525  Tneu_1519  GTP-binding signal recognition particle  86.68 
 
 
433 aa  745    Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.262746  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1726  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  100 
 
 
431 aa  858    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.878395 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1769  GTP-binding signal recognition particle  86.21 
 
 
433 aa  743    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  hitchhiker  0.0023858 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0597  GTP-binding signal recognition particle  86.92 
 
 
433 aa  761    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  decreased coverage  0.000223356  hitchhiker  0.00000371893 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0296  GTP-binding signal recognition particle  52.9 
 
 
449 aa  449  1e-125  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  decreased coverage  0.00000583511  normal  0.0555503 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0502  GTP-binding signal recognition particle  48.03 
 
 
431 aa  398  9.999999999999999e-111  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0747031  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1950  GTP-binding signal recognition particle SRP54 G- domain protein  47.6 
 
 
447 aa  380  1e-104  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.910344  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1757  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  45.18 
 
 
446 aa  379  1e-104  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.941567  normal  0.290924 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0799  signal recognition particle protein Srp54  41.94 
 
 
450 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0865  signal recognition particle protein Srp54  41.94 
 
 
450 aa  355  1e-96  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0440978  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1119  signal recognition particle protein Srp54  41.71 
 
 
450 aa  354  2e-96  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.227466  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0918  signal recognition particle protein Srp54  40.41 
 
 
443 aa  349  5e-95  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0917  GTP-binding signal recognition particle SRP54 G- domain protein  42.59 
 
 
449 aa  345  1e-93  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.000000000000145882  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0369  signal recognition particle protein Srp54  42.45 
 
 
444 aa  344  1e-93  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1260  signal recognition particle protein Srp54  41.24 
 
 
450 aa  338  8e-92  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0025  signal recognition particle protein Srp54  41.47 
 
 
450 aa  334  2e-90  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.205386  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0141  signal recognition particle protein Srp54  38.21 
 
 
439 aa  330  2e-89  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1964  signal recognition particle protein Srp54  40.59 
 
 
443 aa  326  5e-88  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0531  GTP-binding signal recognition particle  43.33 
 
 
442 aa  320  3.9999999999999996e-86  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1474  signal recognition particle protein Srp54  40.33 
 
 
446 aa  319  5e-86  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.570422  decreased coverage  0.000118802 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1802  GTP-binding signal recognition particle SRP54 G- domain protein  37.99 
 
 
464 aa  317  2e-85  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1226  GTP-binding signal recognition particle SRP54 G- domain protein  38.95 
 
 
468 aa  315  9.999999999999999e-85  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3023  signal recognition particle protein Srp54  39.37 
 
 
437 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0496  GTP-binding signal recognition particle SRP54 G- domain protein  38.76 
 
 
464 aa  310  4e-83  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.50914 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0544  signal recognition particle protein Srp54  37.83 
 
 
440 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0717053  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1261  GTP-binding signal recognition particle SRP54 G- domain protein  39.18 
 
 
469 aa  307  2.0000000000000002e-82  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0260  GTP-binding signal recognition particle SRP54 G- domain protein  38.9 
 
 
463 aa  306  5.0000000000000004e-82  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1877  signal recognition particle protein Srp54  39.1 
 
 
441 aa  304  2.0000000000000002e-81  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.189511 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1351  signal recognition particle protein  39.29 
 
 
479 aa  296  4e-79  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0023431  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2888  signal recognition particle protein  38.3 
 
 
518 aa  296  7e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.403346 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3304  signal recognition particle protein  38.77 
 
 
492 aa  293  4e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1978  signal recognition particle protein  39.67 
 
 
469 aa  288  1e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0638  signal recognition particle protein  38.13 
 
 
444 aa  287  2e-76  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000602256  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1417  signal recognition particle protein  41.15 
 
 
445 aa  287  2.9999999999999996e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  unclonable  0.0000000188375  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0967  signal recognition particle protein  38.5 
 
 
443 aa  282  7.000000000000001e-75  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000109658  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1100  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  37.12 
 
 
512 aa  281  2e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1087  signal recognition particle protein  38.13 
 
 
446 aa  280  5e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000240128  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2141  signal recognition particle protein  36.43 
 
 
508 aa  278  2e-73  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1196  signal recognition particle protein  37.83 
 
 
449 aa  276  5e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0364721  normal  0.124331 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1713  signal recognition particle protein  37.83 
 
 
446 aa  276  6e-73  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000859311  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1227  signal recognition particle protein  38.17 
 
 
433 aa  275  8e-73  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000121808  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1228  signal recognition particle protein  38.64 
 
 
433 aa  275  8e-73  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000301134  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1387  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  37.21 
 
 
443 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.133728  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1178  signal recognition particle protein  37.84 
 
 
456 aa  275  2.0000000000000002e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.520274  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3859  signal recognition particle protein  36.85 
 
 
449 aa  273  5.000000000000001e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  2.8952e-61 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3887  signal recognition particle protein  36.85 
 
 
449 aa  273  5.000000000000001e-72  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000347799  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3893  signal recognition particle protein  36.85 
 
 
449 aa  273  5.000000000000001e-72  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3586  signal recognition particle protein  36.85 
 
 
449 aa  273  5.000000000000001e-72  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000116729  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3604  signal recognition particle protein  36.85 
 
 
449 aa  273  5.000000000000001e-72  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000432061  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0770  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  37.38 
 
 
446 aa  273  5.000000000000001e-72  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000241723  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0777  signal recognition particle protein  36.85 
 
 
441 aa  273  6e-72  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1299  signal recognition particle protein  36.85 
 
 
449 aa  272  7e-72  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000157828  unclonable  2.8199000000000005e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3944  signal recognition particle protein  36.85 
 
 
449 aa  272  7e-72  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000995401  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3668  signal recognition particle protein  36.62 
 
 
449 aa  271  1e-71  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000016406  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3696  signal recognition particle protein  36.62 
 
 
449 aa  271  2e-71  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000361017  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3983  signal recognition particle protein  36.62 
 
 
449 aa  271  2e-71  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000408298  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2497  signal recognition particle protein  37.32 
 
 
449 aa  270  4e-71  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000243009  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1538  signal recognition particle protein  40.14 
 
 
436 aa  270  4e-71  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000016303  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1804  signal recognition particle protein  36.97 
 
 
512 aa  269  5.9999999999999995e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0197886  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1450  signal recognition particle protein  37.59 
 
 
443 aa  268  1e-70  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1611  signal recognition particle protein  37.36 
 
 
522 aa  268  1e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.000856469  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3761  signal recognition particle protein  37.83 
 
 
453 aa  268  1e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000277324  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0319  signal recognition particle protein  36.32 
 
 
439 aa  268  1e-70  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.000000288102  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4358  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  36.07 
 
 
490 aa  268  2e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000366323  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2026  signal recognition particle protein  35.8 
 
 
493 aa  267  2e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000241588  hitchhiker  0.00894206 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0296  signal recognition particle protein  37.76 
 
 
435 aa  268  2e-70  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130095  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1418  signal recognition particle protein  37.88 
 
 
447 aa  267  2.9999999999999995e-70  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000224408  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_73416  Signal recognition particle 54 kDa protein  33.48 
 
 
561 aa  266  4e-70  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.0128602 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1563  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  35.28 
 
 
551 aa  266  5e-70  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.333794  normal  0.0756555 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05710  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  39.62 
 
 
470 aa  266  5.999999999999999e-70  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000640801  normal  0.0289565 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1155  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  37.38 
 
 
481 aa  266  5.999999999999999e-70  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000491114  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0803  signal recognition particle protein  35.61 
 
 
455 aa  265  1e-69  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000079449  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1368  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  36.45 
 
 
447 aa  265  1e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000018858  normal  0.195447 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0966  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  36.38 
 
 
447 aa  265  1e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000570112  normal 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26018  IISP family transporter: Signal recognition particle 54 kDa protein (SRP54)  34.43 
 
 
513 aa  265  1e-69  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07290  signal recognition particle protein  37.96 
 
 
444 aa  265  1e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.3957e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1806  signal recognition particle protein  38.85 
 
 
435 aa  265  1e-69  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000012194  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2535  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  36.6 
 
 
483 aa  264  2e-69  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00293209  normal  0.012093 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2477  signal recognition particle protein  36.9 
 
 
458 aa  263  3e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2373  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  37.56 
 
 
447 aa  263  3e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.377557 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2856  signal recognition particle protein  36.9 
 
 
458 aa  263  3e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0785  Signal recognition particle GTPase  36.22 
 
 
476 aa  263  3e-69  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  0.000000000113263  unclonable  1.02574e-27 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0376  signal recognition particle protein  36.01 
 
 
455 aa  263  3e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00751942 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2836  signal recognition particle protein  35.92 
 
 
447 aa  263  4e-69  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.533211  decreased coverage  0.000777787 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09710  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  35.03 
 
 
515 aa  262  6.999999999999999e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.955104 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0645  signal recognition particle protein  37.56 
 
 
434 aa  262  6.999999999999999e-69  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.196271  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0655  signal recognition particle protein  38.41 
 
 
452 aa  262  8e-69  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.0000000216081  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1296  signal recognition particle protein  35.14 
 
 
455 aa  262  8e-69  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000399025  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1321  signal recognition particle protein  35.14 
 
 
455 aa  262  8e-69  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465855  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39979  IISP family transporter: signal recognition particle protein (SRP54)  36.57 
 
 
498 aa  261  1e-68  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2671  signal recognition particle protein  35.51 
 
 
450 aa  261  2e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.00000192246  unclonable  0.0000000276763 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3675  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  36.82 
 
 
455 aa  261  2e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.460625  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0518  signal recognition particle protein  36.82 
 
 
455 aa  261  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.034328  normal  0.698536 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0493  signal recognition particle protein  36.82 
 
 
455 aa  261  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10100  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  37.76 
 
 
478 aa  260  3e-68  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000697976 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2793  signal recognition particle protein  36.82 
 
 
455 aa  260  3e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.634581  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3220  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  36.47 
 
 
457 aa  260  4e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.604679  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1525  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  37.2 
 
 
449 aa  259  4e-68  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000514832  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0982  signal recognition particle protein Ffh  35.78 
 
 
521 aa  259  5.0000000000000005e-68  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2056  signal recognition particle protein  35.76 
 
 
446 aa  259  9e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000690531  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>