More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_1583 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_1583  50S ribosomal protein L3P  100 
 
 		 338 aa  674    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1796  50S ribosomal protein L3P  88.17 
 
 		 342 aa  611  9.999999999999999e-175  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.483338  normal  0.601736 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2046  50S ribosomal protein L3P  86.94 
 
 		 338 aa  578  1e-164  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.998273 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0813  50S ribosomal protein L3P  85.8 
 
 		 338 aa  566  1e-160  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0317  50S ribosomal protein L3P  63.37 
 
 		 347 aa  441  9.999999999999999e-123  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0230  50S ribosomal protein L3P  54.03 
 
 		 334 aa  341  1e-92  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0091  50S ribosomal protein L3P  46.8 
 
 		 341 aa  296  3e-79  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000000432349  hitchhiker  0.00000658147 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0033  50S ribosomal protein L3P  48.1 
 
 		 334 aa  293  4e-78  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.555828  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0791  50S ribosomal protein L3P  47.93 
 
 		 334 aa  291  8e-78  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.106931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0857  50S ribosomal protein L3P  48.52 
 
 		 334 aa  290  2e-77  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.603922  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1127  50S ribosomal protein L3P  47.52 
 
 		 334 aa  289  4e-77  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1778  ribosomal protein L3  45.15 
 
 		 351 aa  287  1e-76  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.890936  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0807  50S ribosomal protein L3P  46.76 
 
 		 333 aa  282  6.000000000000001e-75  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1521  ribosomal protein L3  47.52 
 
 		 340 aa  276  3e-73  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0000186989  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0081  50S ribosomal protein L3P  45.88 
 
 		 333 aa  269  5e-71  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.123311 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0442  50S ribosomal protein L3P  44.08 
 
 		 337 aa  265  5.999999999999999e-70  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00631361  normal  0.320791 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1728  50S ribosomal protein L3P  45.67 
 
 		 335 aa  260  3e-68  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0532  50S ribosomal protein L3P  43.99 
 
 		 337 aa  256  4e-67  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.576221 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0001  50S ribosomal protein L3P  42.18 
 
 		 337 aa  255  7e-67  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0115454  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2253  50S ribosomal protein L3P  43.03 
 
 		 337 aa  253  3e-66  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  unclonable  0.0000000000233811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0110  50S ribosomal protein L3P  41 
 
 		 337 aa  246  6e-64  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2218  ribosomal protein L3  44.15 
 
 		 339 aa  237  3e-61  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1828  50S ribosomal protein L3P  43.66 
 
 		 338 aa  236  5.0000000000000005e-61  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.752407 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0564  50S ribosomal protein L3P  43.79 
 
 		 337 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.415651  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2449  50S ribosomal protein L3P  42.01 
 
 		 338 aa  233  5e-60  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0210  ribosomal protein L3  43.4 
 
 		 340 aa  232  6e-60  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2292  50S ribosomal protein L3P  40.71 
 
 		 338 aa  221  9.999999999999999e-57  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0809  50S ribosomal protein L3P  38.08 
 
 		 331 aa  216  5.9999999999999996e-55  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.5331 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_23838  Ribosomal protein L3, component of cytosolic 80S ribosome and 60S large subunit  34.99 
 
 		 386 aa  189  8e-47  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06202  60S ribosomal protein L3 [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV31]  34.25 
 
 		 392 aa  186  4e-46  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.123441  normal  0.683069 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_88844  60S large subunit ribosomal protein L3.e  34.88 
 
 		 389 aa  183  3e-45  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.0000473174 
 
 
-
 
NC_006680  CNK02240  large subunit ribosomal protein L3, putative  33.33 
 
 		 390 aa  179  8e-44  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_13361  predicted protein  32.16 
 
 		 389 aa  166  5.9999999999999996e-40  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0110  50S ribosomal protein L3  37.98 
 
 		 210 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000528056  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0110  50S ribosomal protein L3  37.98 
 
 		 210 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000986131  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0106  50S ribosomal protein L3  37.98 
 
 		 210 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.6707699999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0104  50S ribosomal protein L3  37.98 
 
 		 210 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000168091  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0122  50S ribosomal protein L3  37.98 
 
 		 210 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.0599700000000001e-61 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0226  ribosomal protein L3  41.54 
 
 		 216 aa  75.5  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0141  50S ribosomal protein L3  37.98 
 
 		 210 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000551418  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0110  50S ribosomal protein L3  37.98 
 
 		 210 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000246604  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0131  50S ribosomal protein L3  37.98 
 
 		 210 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000141135  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1907  50S ribosomal protein L3  36.43 
 
 		 208 aa  75.1  0.000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00000032853  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5195  50S ribosomal protein L3  37.21 
 
 		 210 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000842867  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0105  50S ribosomal protein L3  37.21 
 
 		 210 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000775669  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0104  50S ribosomal protein L3  35.66 
 
 		 210 aa  73.2  0.000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000119433  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0058  50S ribosomal protein L3  36.22 
 
 		 208 aa  72.8  0.000000000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00491271  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0111  50S ribosomal protein L3  35.38 
 
 		 211 aa  72.8  0.000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000151121  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0107  50S ribosomal protein L3  37.5 
 
 		 213 aa  71.2  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0196  50S ribosomal protein L3  32.82 
 
 		 228 aa  70.9  0.00000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0113604  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0422  50S ribosomal protein L3  34.13 
 
 		 209 aa  70.5  0.00000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000195061  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1184  ribosomal protein L3  34.96 
 
 		 209 aa  70.1  0.00000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000270125  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0595  50S ribosomal protein L3P  35.94 
 
 		 247 aa  68.2  0.0000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.000000158145  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1524  50S ribosomal protein L3  32.54 
 
 		 209 aa  65.5  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.593746  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3435  50S ribosomal protein L3  34.09 
 
 		 218 aa  65.1  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2711  50S ribosomal protein L3  36.15 
 
 		 211 aa  65.1  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000399657  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23810  LSU ribosomal protein L3P  31.51 
 
 		 226 aa  64.3  0.000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0304  ribosomal protein L3  36.09 
 
 		 211 aa  64.3  0.000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.234109  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17160  50S ribosomal protein L3  31.85 
 
 		 216 aa  63.9  0.000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.283771  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1249  50S ribosomal protein L3  29.86 
 
 		 251 aa  63.5  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2975  50S ribosomal protein L3  32.59 
 
 		 216 aa  63.5  0.000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.454423  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3667  50S ribosomal protein L3  32.31 
 
 		 211 aa  63.2  0.000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000330884  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1745  50S ribosomal protein L3  33.86 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000981122  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl123  50S ribosomal protein L3  28.57 
 
 		 238 aa  62.8  0.000000009  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  9.499549999999999e-37  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3162  50S ribosomal protein L3  31.82 
 
 		 206 aa  62.4  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.596382 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1185  50S ribosomal protein L3  33.86 
 
 		 210 aa  62  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2333  50S ribosomal protein L3  32.54 
 
 		 212 aa  62  0.00000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000241734  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2065  50S ribosomal protein L3  32.52 
 
 		 209 aa  61.6  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000562685  normal  0.223373 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01170  50S ribosomal protein L3  30.53 
 
 		 211 aa  61.2  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000794381  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1067  50S ribosomal protein L3  33.33 
 
 		 211 aa  62  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000374639  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1615  ribosomal protein L3  25.4 
 
 		 205 aa  60.8  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2903  50S ribosomal protein L3  32.62 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000477342  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3758  50S ribosomal protein L3  33.33 
 
 		 219 aa  60.8  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.33789  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2687  50S ribosomal protein L3  32.59 
 
 		 216 aa  61.2  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.740328 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0587  ribosomal protein L3  34.65 
 
 		 219 aa  60.8  0.00000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.295272  normal  0.46094 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0426  50S ribosomal protein L3  32.03 
 
 		 212 aa  60.5  0.00000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000808775  hitchhiker  0.0000319768 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2774  ribosomal protein L3  31.97 
 
 		 210 aa  60.5  0.00000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.039291  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2646  50S ribosomal protein L3  36.15 
 
 		 216 aa  60.5  0.00000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0562  50S ribosomal protein L3  35.56 
 
 		 218 aa  60.5  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10617  predicted protein  33.6 
 
 		 229 aa  60.1  0.00000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.290577  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4026  50S ribosomal protein L3  33.86 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000729954 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2714  50S ribosomal protein L3  34.65 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000231855  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20870  LSU ribosomal protein L3P  33.59 
 
 		 219 aa  60.1  0.00000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.235842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2318  50S ribosomal protein L3  30.94 
 
 		 220 aa  60.1  0.00000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000223614  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2324  ribosomal protein L3  30.08 
 
 		 214 aa  60.1  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00000658885  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2399  50S ribosomal protein L3  33.86 
 
 		 209 aa  59.7  0.00000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000824684  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2169  50S ribosomal protein L3  31.5 
 
 		 214 aa  59.3  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000300239  normal  0.384776 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0758  50S ribosomal protein L3  29.71 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000233446  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0484  50S ribosomal protein L3  32.03 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000199127  normal  0.0280354 
 
 
 
NC_007633  MCAP_0696  50S ribosomal protein L3  28.57 
 
 		 223 aa  59.3  0.00000009  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.372092  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2460  50S ribosomal protein L3  34.13 
 
 		 209 aa  59.3  0.00000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0891685 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0306  50S ribosomal protein L3P  35.77 
 
 		 222 aa  59.3  0.00000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00207169 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2907  50S ribosomal protein L3  32.06 
 
 		 212 aa  58.9  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1867  50S ribosomal protein L3  30.77 
 
 		 207 aa  59.3  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0222976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4915  50S ribosomal protein L3  32.06 
 
 		 212 aa  58.5  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0274485  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0394  50S ribosomal protein L3  30.54 
 
 		 216 aa  57.8  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1305  50S ribosomal protein L3  31.58 
 
 		 218 aa  58.2  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.207115  normal  0.106977 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2277  50S ribosomal protein L3  30.22 
 
 		 220 aa  58.2  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0719  ribosomal protein L3  33.86 
 
 		 212 aa  58.5  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000525785  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0756  50S ribosomal protein L3  32.58 
 
 		 216 aa  58.5  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000385888  normal  0.0180173 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>