More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_1119 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_1119  geranylgeranyl reductase  100 
 
 		 367 aa  726    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.920793 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0388  geranylgeranyl reductase  70.59 
 
 		 362 aa  504  9.999999999999999e-143  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.1431 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1739  geranylgeranyl reductase  72.27 
 
 		 358 aa  488  1e-137  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.539865  normal  0.0147858 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1355  geranylgeranyl reductase  70.03 
 
 		 358 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0520333 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  38.08 
 
 		 362 aa  200  3.9999999999999996e-50  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  35.33 
 
 		 375 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  28.03 
 
 		 370 aa  120  3e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  33.82 
 
 		 398 aa  120  3.9999999999999996e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  31.35 
 
 		 378 aa  119  9e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  31.83 
 
 		 398 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  30.94 
 
 		 389 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  27.86 
 
 		 425 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  29.88 
 
 		 424 aa  107  2e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  29.46 
 
 		 435 aa  107  4e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  27.72 
 
 		 434 aa  105  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  29.54 
 
 		 413 aa  103  4e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  30.21 
 
 		 382 aa  103  4e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1920  geranylgeranyl reductase  34.08 
 
 		 394 aa  103  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.571775 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2536  geranylgeranyl reductase  31.59 
 
 		 382 aa  103  5e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000189662 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0277  geranylgeranyl hydrogenase  34.08 
 
 		 394 aa  103  5e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1062  geranylgeranyl reductase  32.2 
 
 		 385 aa  102  8e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0630  geranylgeranyl reductase  30.23 
 
 		 373 aa  101  3e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.685888 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1603  geranylgeranyl reductase  28.57 
 
 		 374 aa  100  4e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4559  geranylgeranyl reductase  31.89 
 
 		 419 aa  98.2  2e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  29.84 
 
 		 387 aa  97.8  3e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0064  geranylgeranyl reductase  29.58 
 
 		 373 aa  95.9  1e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.535363  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  27.32 
 
 		 384 aa  95.5  1e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  28.95 
 
 		 445 aa  95.9  1e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  30.92 
 
 		 379 aa  95.1  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0133  geranylgeranyl reductase  28.57 
 
 		 368 aa  94  3e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  26.32 
 
 		 418 aa  94  4e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  27.79 
 
 		 423 aa  92.8  8e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  29.39 
 
 		 376 aa  92  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3777  geranylgeranyl reductase  28.22 
 
 		 368 aa  92.4  1e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.218559 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5969  geranylgeranyl reductase  31 
 
 		 409 aa  91.3  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.365894  normal  0.508891 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  27.51 
 
 		 393 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1018  geranylgeranyl reductase  32.56 
 
 		 394 aa  91.3  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.175097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  27.46 
 
 		 434 aa  90.9  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2299  geranylgeranyl reductase  30.63 
 
 		 374 aa  91.3  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.650791  normal  0.524944 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  27.51 
 
 		 393 aa  89.4  9e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3745  geranylgeranyl reductase  31.85 
 
 		 400 aa  89.4  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410516 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1330  geranylgeranyl reductase  26.42 
 
 		 376 aa  87.8  2e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1376  dehydrogenase, flavoprotein containing  27.09 
 
 		 384 aa  88.6  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000125722  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0023  geranylgeranyl reductase  28.97 
 
 		 379 aa  87.4  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.086385  normal  0.74185 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  30.18 
 
 		 430 aa  87.4  3e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  30.1 
 
 		 423 aa  87.4  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  25.71 
 
 		 376 aa  87  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2391  geranylgeranyl reductase  30.29 
 
 		 375 aa  86.7  6e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  27.51 
 
 		 403 aa  86.3  8e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0982  geranylgeranyl reductase  31.54 
 
 		 384 aa  85.9  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0176875  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2702  geranylgeranyl reductase  26.74 
 
 		 401 aa  85.5  0.000000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  29.64 
 
 		 430 aa  85.5  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  29.55 
 
 		 423 aa  85.5  0.000000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2826  geranylgeranyl reductase  30.65 
 
 		 443 aa  85.9  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0858816 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05771  NAD binding site  26.55 
 
 		 376 aa  84.7  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.161819  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1273  geranylgeranyl reductase  27.97 
 
 		 457 aa  85.1  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  28.02 
 
 		 384 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2189  geranylgeranyl reductase  31.99 
 
 		 383 aa  84  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0023  geranylgeranyl reductase  29.28 
 
 		 379 aa  83.6  0.000000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0136897  hitchhiker  0.00371909 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3230  geranylgeranyl reductase  27.62 
 
 		 431 aa  83.6  0.000000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6208  monooxygenase FAD-binding protein  32.89 
 
 		 403 aa  83.2  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00171157  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0660  geranylgeranyl reductase  32.07 
 
 		 406 aa  83.2  0.000000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0877902 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0508  geranylgeranyl reductase  29.74 
 
 		 376 aa  82.8  0.000000000000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2633  geranylgeranyl reductase  27.04 
 
 		 421 aa  80.9  0.00000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6095  geranylgeranyl reductase  27.72 
 
 		 440 aa  80.9  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0614228 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05761  NAD binding site  24.74 
 
 		 377 aa  80.1  0.00000000000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.680324  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1294  geranylgeranyl reductase  28.08 
 
 		 420 aa  79.3  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.730528  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1711  geranylgeranyl reductase  31.46 
 
 		 365 aa  79.3  0.0000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  27.55 
 
 		 431 aa  79.3  0.0000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05461  NAD binding site  23.83 
 
 		 377 aa  78.2  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2063  geranylgeranyl reductase  32.67 
 
 		 399 aa  77.8  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.104109 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1161  geranylgeranyl reductase  32.66 
 
 		 429 aa  77.8  0.0000000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3528  geranylgeranyl reductase  30.33 
 
 		 394 aa  77.8  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.673829 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1852  NAD binding site  26.3 
 
 		 376 aa  77.4  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3712  geranylgeranyl reductase  33.02 
 
 		 402 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.407055  hitchhiker  0.000489008 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  29.23 
 
 		 426 aa  77  0.0000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3990  geranylgeranyl reductase  32.48 
 
 		 400 aa  77  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.407707  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2717  geranylgeranyl reductase  28.97 
 
 		 443 aa  76.3  0.0000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0808  geranylgeranyl reductase  32.38 
 
 		 406 aa  76.3  0.0000000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.967973  hitchhiker  0.000310699 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3751  geranylgeranyl reductase  28.53 
 
 		 406 aa  76.3  0.0000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0101048  hitchhiker  0.000524672 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1604  geranylgeranyl reductase  29.17 
 
 		 391 aa  75.5  0.000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0862  geranylgeranyl reductase  35.69 
 
 		 387 aa  75.1  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05841  NAD binding site  24.92 
 
 		 377 aa  74.7  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.188024  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1199  geranylgeranyl reductase  29.51 
 
 		 423 aa  74.3  0.000000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4038  geranylgeranyl reductase  28.1 
 
 		 406 aa  73.9  0.000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.670598  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0167  geranylgeranyl reductase  32.11 
 
 		 393 aa  73.6  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3265  geranylgeranyl reductase  29.18 
 
 		 406 aa  73.6  0.000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0200135 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1602  geranylgeranyl reductase  30.43 
 
 		 405 aa  73.2  0.000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.157827  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3131  geranylgeranyl reductase  28.31 
 
 		 444 aa  73.6  0.000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0631  geranylgeranyl reductase  27.43 
 
 		 402 aa  71.6  0.00000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1497  geranylgeranyl reductase  27.45 
 
 		 418 aa  71.6  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0311  hypothetical protein  30.29 
 
 		 409 aa  72  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1308  geranylgeranyl reductase  26.7 
 
 		 406 aa  71.6  0.00000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1823  geranylgeranyl reductase  28.25 
 
 		 406 aa  71.2  0.00000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.626977  normal  0.601961 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1664  geranylgeranyl reductase  29.3 
 
 		 407 aa  70.5  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0327  geranylgeranyl reductase  31.07 
 
 		 373 aa  70.5  0.00000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.252383  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0830  geranylgeranyl reductase  29.3 
 
 		 415 aa  70.5  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0035  geranylgeranyl reductase  28.48 
 
 		 380 aa  70.1  0.00000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.916237  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07370  geranylgeranyl reductase family protein  28.11 
 
 		 431 aa  70.1  0.00000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0284516 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1807  geranylgeranyl reductase  26.63 
 
 		 393 aa  69.7  0.00000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.622254  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>