230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_1043 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  100 
 
 		 319 aa  637    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  63.38 
 
 		 314 aa  436  1e-121  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  66.77 
 
 		 315 aa  427  1e-118  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  60.51 
 
 		 327 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  35.03 
 
 		 317 aa  149  5e-35  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  32.42 
 
 		 338 aa  117  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  32.24 
 
 		 335 aa  111  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  30.77 
 
 		 330 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  32.19 
 
 		 351 aa  108  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  31.97 
 
 		 336 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  31.39 
 
 		 337 aa  107  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  28.27 
 
 		 332 aa  107  4e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  30.43 
 
 		 330 aa  106  6e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  30.43 
 
 		 330 aa  105  7e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  31.49 
 
 		 334 aa  105  8e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  31.97 
 
 		 336 aa  105  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  30.43 
 
 		 330 aa  105  9e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  30.33 
 
 		 371 aa  102  9e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  31.89 
 
 		 329 aa  100  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0621  beta-lactamase domain-containing protein  29.94 
 
 		 317 aa  100  2e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  28.48 
 
 		 349 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  28.66 
 
 		 340 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  29.38 
 
 		 348 aa  99.8  6e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  27.47 
 
 		 347 aa  98.2  1e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  32.25 
 
 		 365 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  29.58 
 
 		 337 aa  98.2  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  30.09 
 
 		 356 aa  97.1  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  27.81 
 
 		 349 aa  96.7  5e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  30.89 
 
 		 352 aa  96.3  6e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  30.6 
 
 		 352 aa  95.9  7e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  30.89 
 
 		 352 aa  95.9  8e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  30.59 
 
 		 348 aa  95.9  8e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  27.61 
 
 		 338 aa  95.9  9e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  28.8 
 
 		 351 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  29.14 
 
 		 351 aa  95.1  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  31.49 
 
 		 345 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  32.38 
 
 		 337 aa  94.4  3e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.9 
 
 		 1017 aa  93.2  5e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  29.75 
 
 		 348 aa  92.8  6e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  30 
 
 		 328 aa  92.4  8e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  30.19 
 
 		 347 aa  92.4  9e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  29.68 
 
 		 366 aa  92  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  29.94 
 
 		 362 aa  91.3  2e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  29.68 
 
 		 366 aa  91.3  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  25.47 
 
 		 321 aa  90.9  2e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  29.26 
 
 		 346 aa  91.7  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  29.02 
 
 		 354 aa  90.9  3e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  30.03 
 
 		 344 aa  90.5  4e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  30.23 
 
 		 371 aa  90.5  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  29.35 
 
 		 390 aa  89.7  5e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  27.59 
 
 		 328 aa  87.8  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  27.69 
 
 		 313 aa  87.8  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  26.71 
 
 		 328 aa  87.4  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  26.85 
 
 		 328 aa  87  4e-16  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  28.48 
 
 		 344 aa  86.7  5e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  29.26 
 
 		 332 aa  85.9  9e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  29.28 
 
 		 368 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  28.66 
 
 		 358 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  28.1 
 
 		 383 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  29.66 
 
 		 335 aa  84  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  28.12 
 
 		 340 aa  84  0.000000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  25.67 
 
 		 355 aa  83.2  0.000000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1852  putative mRNA 3-end processing factor  29.67 
 
 		 337 aa  83.6  0.000000000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.681251  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  28.34 
 
 		 332 aa  83.2  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  25.31 
 
 		 330 aa  83.2  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  27.79 
 
 		 383 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  29.14 
 
 		 328 aa  82.4  0.00000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  28.43 
 
 		 382 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  29.81 
 
 		 375 aa  79.7  0.00000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  29.62 
 
 		 383 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  28.62 
 
 		 348 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  29.28 
 
 		 357 aa  79  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  27.01 
 
 		 348 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  25.93 
 
 		 383 aa  74.7  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1169  conserved hypothetical protein  26.93 
 
 		 328 aa  73.6  0.000000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.561924  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1132  hypothetical protein  28.25 
 
 		 328 aa  73.6  0.000000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00888  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  27.83 
 
 		 335 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2687  beta-lactamase domain protein  24.12 
 
 		 591 aa  72.4  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_28482  predicted protein  29.9 
 
 		 602 aa  70.1  0.00000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.962764  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0446  beta-lactamase domain-containing protein  30.73 
 
 		 428 aa  70.1  0.00000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.279355  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  27.64 
 
 		 350 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  24.1 
 
 		 342 aa  69.3  0.00000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  28.53 
 
 		 338 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  28.21 
 
 		 338 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1938  beta-lactamase domain protein  27.36 
 
 		 821 aa  67.8  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.199019  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_89936  predicted protein  36.28 
 
 		 793 aa  67.8  0.0000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.731556  normal  0.295472 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  24.92 
 
 		 327 aa  67  0.0000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  28.06 
 
 		 340 aa  66.6  0.0000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_006693  CNH02710  hypothetical protein  33.33 
 
 		 773 aa  63.9  0.000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  27.53 
 
 		 338 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1047  beta-lactamase domain-containing protein  24.48 
 
 		 426 aa  63.5  0.000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  26.5 
 
 		 338 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4880  Beta-lactamase-like  27.53 
 
 		 555 aa  63.2  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.419128  hitchhiker  0.0000027158 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  27.51 
 
 		 344 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0930  RNA-metabolising metallo-beta-lactamase  24.36 
 
 		 410 aa  62.8  0.000000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2308  hypothetical protein  27.74 
 
 		 339 aa  61.2  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.146289  normal  0.484856 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0019  beta-lactamase-like protein  29.53 
 
 		 813 aa  61.6  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0197  beta-lactamase domain-containing protein  24.1 
 
 		 422 aa  61.6  0.00000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.904798  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0626  beta-lactamase domain-containing protein  23.98 
 
 		 422 aa  60.1  0.00000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1292  beta-lactamase domain-containing protein  24.1 
 
 		 422 aa  60.1  0.00000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.358627  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>