More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0088 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009376  Pars_0122  radical SAM domain-containing protein  79.96 
 
 
483 aa  793    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1167  radical SAM domain-containing protein  80.82 
 
 
469 aa  776    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.413437  normal  0.627812 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0088  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
477 aa  967    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0202426 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1318  ELP3 family histone acetyltransferase  61.49 
 
 
510 aa  578  1e-164  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.340377 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1460  histone acetyltransferase, ELP3 family  46.78 
 
 
473 aa  442  1e-123  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1085  histone acetyltransferase, ELP3 family  47.52 
 
 
514 aa  425  1e-117  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.707697  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1755  ELP3 family histone acetyltransferase  45.82 
 
 
547 aa  402  1e-111  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.668163  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0824  ELP3 family histone acetyltransferase  43.64 
 
 
541 aa  392  1e-108  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.318054  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1093  ELP3 family histone acetyltransferase  43.64 
 
 
541 aa  393  1e-108  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.108771  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0579  ELP3 family histone acetyltransferase  41.81 
 
 
527 aa  392  1e-107  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0279  ELP3 family histone acetyltransferase  42.37 
 
 
563 aa  391  1e-107  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0898  ELP3 family histone acetyltransferase  45.04 
 
 
512 aa  389  1e-107  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.589047  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1989  ELP3 family histone acetyltransferase  43.16 
 
 
548 aa  382  1e-105  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0889  ELP3 family histone acetyltransferase  42.8 
 
 
541 aa  384  1e-105  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2046  ELP3 family histone acetyltransferase  45.59 
 
 
530 aa  384  1e-105  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1832  ELP3 family histone acetyltransferase  43.01 
 
 
541 aa  384  1e-105  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0612  ELP3 family histone acetyltransferase  44.87 
 
 
459 aa  370  1e-101  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.125099  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1304  hypothetical protein  43.78 
 
 
520 aa  365  1e-100  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0586  ELP3 family histone acetyltransferase  44.78 
 
 
459 aa  365  1e-99  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000912711  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0872  histone acetyltransferase, ELP3 family  42.74 
 
 
556 aa  363  3e-99  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_551  radical SAM superfamily  44.23 
 
 
459 aa  355  8.999999999999999e-97  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0398241  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2706  histone acetyltransferase, ELP3 family  41.91 
 
 
553 aa  353  4e-96  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_42410  predicted protein  41.42 
 
 
558 aa  352  5.9999999999999994e-96  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_50848  predicted protein  41.81 
 
 
544 aa  351  1e-95  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.104715  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1956  ELP3 family histone acetyltransferase  44.44 
 
 
526 aa  350  2e-95  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.724461 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02294  histone acetyltransferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G06140)  41.63 
 
 
574 aa  348  9e-95  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_27329  predicted protein  42.77 
 
 
555 aa  348  1e-94  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.072078  hitchhiker  0.00552121 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2192  histone acetyltransferase, ELP3 family  41.49 
 
 
576 aa  347  4e-94  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1133  ELP3 family histone acetyltransferase  41.45 
 
 
522 aa  342  5.999999999999999e-93  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1480  histone acetyltransferase, ELP3 family  39.84 
 
 
585 aa  337  2.9999999999999997e-91  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.761791  normal 
 
 
-
 
NC_006680  CNK00950  Pol II transcription elongation factor, putative  41.75 
 
 
557 aa  333  4e-90  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.110026  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0952  histone acetyltransferase, ELP3 family  41.2 
 
 
526 aa  331  1e-89  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2930  histone acetyltransferase, ELP3 family  39.88 
 
 
554 aa  328  1.0000000000000001e-88  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.281817  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08040  histone acetyltransferase  33.4 
 
 
598 aa  294  2e-78  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.584733  hitchhiker  0.0000000843356 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0906  Histone acetyltransferase  31.07 
 
 
617 aa  278  1e-73  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.301086  normal  0.526584 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11040  histone acetyltransferase  34.94 
 
 
666 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.142131  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1061  Radical SAM domain protein  33.46 
 
 
343 aa  110  7.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.8315700000000001e-19 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2227  radical SAM domain-containing protein  31.38 
 
 
342 aa  107  5e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.775407  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2316  radical SAM family protein  32.47 
 
 
346 aa  105  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3202  Radical SAM domain protein  32.37 
 
 
342 aa  105  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00235958  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1689  radical SAM domain-containing protein  26.97 
 
 
357 aa  101  2e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0776794  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0774  ELP3 component of the RNA polymerase II complex  29.83 
 
 
362 aa  100  4e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000160735  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1640  radical SAM domain-containing protein  27.91 
 
 
317 aa  100  5e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3151  radical SAM domain-containing protein  29.96 
 
 
351 aa  99.4  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0207208  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1971  radical SAM domain-containing protein  26.97 
 
 
357 aa  99.8  1e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.144867  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1944  Radical SAM domain protein  30.71 
 
 
374 aa  98.6  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0450295  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1713  radical SAM domain-containing protein  33.33 
 
 
317 aa  95.9  2e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1404  radical SAM protein, putative histone acetyltransferase  34.38 
 
 
345 aa  94  6e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000266579  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0688  Radical SAM domain protein  26.17 
 
 
336 aa  93.2  8e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1160  Radical SAM domain protein  26.02 
 
 
341 aa  93.2  9e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.276403  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2238  Radical SAM domain protein  27.27 
 
 
354 aa  91.3  3e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1501  radical SAM domain-containing protein  30.8 
 
 
341 aa  91.7  3e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.166226  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3477  putative radical SAM protein  29.13 
 
 
313 aa  90.9  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.143192  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0930  radical SAM family protein  29.46 
 
 
338 aa  89.7  9e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000118017  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1719  radical SAM domain-containing protein  22.3 
 
 
354 aa  89  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.219309  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2540  radical SAM domain-containing protein  32.1 
 
 
340 aa  88.2  3e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.093156 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2819  conserved hypothetical radical SAM protein  32.97 
 
 
372 aa  87  7e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1872  hypothetical protein  29.28 
 
 
319 aa  86.3  0.000000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.22126  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1562  Radical SAM domain protein  28.62 
 
 
401 aa  86.3  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1777  radical SAM domain-containing protein  27.14 
 
 
352 aa  86.3  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.112435  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0875  radical SAM domain-containing protein  28.29 
 
 
359 aa  85.9  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1179  radical SAM domain-containing protein  29.31 
 
 
314 aa  84.7  0.000000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0515  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.9 
 
 
309 aa  83.6  0.000000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.84475  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0787  radical SAM domain-containing protein  23.92 
 
 
317 aa  83.6  0.000000000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2183  putative radical SAM protein  33.7 
 
 
351 aa  81.3  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0739  radical SAM family protein  28.42 
 
 
332 aa  80.9  0.00000000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.974352  normal  0.805342 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0804  putative radical SAM protein  27.57 
 
 
334 aa  79.7  0.0000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.768446  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2187  hypothetical protein  31.41 
 
 
316 aa  78.6  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  unclonable  0.000000345504 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2966  Radical SAM domain protein  38.06 
 
 
344 aa  79  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0294152  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0260  conserved hypothetical radical SAM protein  29.03 
 
 
307 aa  79  0.0000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1950  hypothetical protein  29.83 
 
 
316 aa  78.6  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0660  Radical SAM domain protein  29.55 
 
 
359 aa  78.2  0.0000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.142353  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1179  radical SAM family protein  26.78 
 
 
332 aa  78.2  0.0000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.808864  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0182  Radical SAM domain protein  26.69 
 
 
401 aa  78.2  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.534223  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0082  radical SAM family protein  26.78 
 
 
332 aa  77.8  0.0000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0175  hypothetical protein  26.75 
 
 
317 aa  77  0.0000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.46847  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2882  radical SAM family protein  29.12 
 
 
311 aa  76.3  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2563  radical SAM family protein  29.12 
 
 
311 aa  76.3  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0038  conserved hypothetical radical SAM protein  29.71 
 
 
318 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3655  putative radical SAM protein  34.92 
 
 
328 aa  75.1  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0760029 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004465  hypothetical protein  31.4 
 
 
319 aa  75.1  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1293  putative radical SAM protein  26.6 
 
 
341 aa  74.3  0.000000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0664  hypothetical protein  34.92 
 
 
318 aa  74.3  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.08613e-26 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0306  hypothetical protein  35.2 
 
 
309 aa  73.9  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.216797  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0261  Radical SAM domain protein  30.22 
 
 
564 aa  73.6  0.000000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0347  putative radical SAM protein  29.8 
 
 
293 aa  73.2  0.000000000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0964  putative radical SAM protein  31.84 
 
 
311 aa  73.2  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2080  hypothetical protein  29.19 
 
 
316 aa  72.8  0.00000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1033  putative radical SAM protein  32.89 
 
 
330 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.247016  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0300  hypothetical protein  35.2 
 
 
309 aa  72.4  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.558235  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2936  hypothetical protein  28.82 
 
 
319 aa  72.4  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.971153  hitchhiker  0.00000000000000717489 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3163  hypothetical protein  29.22 
 
 
310 aa  72.4  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.096251  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4343  putative radical SAM protein  32.86 
 
 
312 aa  72  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.122173 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00929  Fe-S oxidoreductase  30.06 
 
 
314 aa  71.6  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4117  hypothetical protein  28.4 
 
 
334 aa  70.9  0.00000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3559  radical SAM protein, TIGR01212 family  30.15 
 
 
309 aa  70.1  0.00000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2870  putative radical SAM protein  36.8 
 
 
309 aa  70.5  0.00000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00453128  normal  0.0632795 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1850  hypothetical protein  28.49 
 
 
317 aa  70.1  0.00000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.013981  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1320  hypothetical protein  27.07 
 
 
317 aa  70.1  0.00000000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0651  conserved hypothetical radical SAM protein  34.13 
 
 
318 aa  70.1  0.00000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>