More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0004 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009376  Pars_0003  replication factor C large subunit  78.67 
 
 		 422 aa  708    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_2009  replication factor C large subunit  80.57 
 
 		 422 aa  699    Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0004  replication factor C large subunit  100 
 
 		 421 aa  849    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0657  replication factor C large subunit  80.57 
 
 		 423 aa  722    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.291269  hitchhiker  0.00784495 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0920  replication factor C large subunit  46.17 
 
 		 418 aa  375  1e-103  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0266  replication factor C large subunit  41.61 
 
 		 413 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1828  AAA ATPase central domain protein  36.05 
 
 		 405 aa  246  6.999999999999999e-64  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0627242  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2049  replication factor C large subunit  35.06 
 
 		 443 aa  245  8e-64  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0470  replication factor C large subunit  35.29 
 
 		 467 aa  224  3e-57  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.252286  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1361  replication factor C large subunit  35.89 
 
 		 474 aa  222  9e-57  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0507  AAA ATPase central domain protein  34.1 
 
 		 437 aa  222  9.999999999999999e-57  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1352  replication factor C large subunit  34.57 
 
 		 484 aa  218  1e-55  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0629  replication factor C large subunit  33.78 
 
 		 484 aa  211  2e-53  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2075  replication factor C large subunit  31.83 
 
 		 642 aa  211  3e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.314797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1324  replication factor C large subunit  33.24 
 
 		 482 aa  210  3e-53  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.414275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1333  replication factor C large subunit  32.71 
 
 		 492 aa  209  6e-53  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.513611  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0729  AAA ATPase central domain protein  31.3 
 
 		 514 aa  203  6e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1913  AAA ATPase central domain protein  31.9 
 
 		 497 aa  199  6e-50  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_3011  replication factor C large subunit  32.57 
 
 		 507 aa  195  1e-48  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.379588  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1810  replication factor C large subunit  34.54 
 
 		 500 aa  185  1.0000000000000001e-45  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2242  replication factor C large subunit  29.1 
 
 		 497 aa  179  1e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0831  replication factor C large subunit  30.5 
 
 		 454 aa  177  3e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.248634  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1751  replication factor C large subunit  31.88 
 
 		 451 aa  175  9.999999999999999e-43  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1757  replication factor C large subunit  30.79 
 
 		 497 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0412755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0498  replication factor C large subunit  30.32 
 
 		 476 aa  173  5e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1074  replication factor C large subunit  30.86 
 
 		 481 aa  170  6e-41  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.106166  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0916  replication factor C large subunit  29.95 
 
 		 483 aa  168  2e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.371942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0270  ATPase central domain-containing protein  30.98 
 
 		 385 aa  160  3e-38  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.022175 
 
 
-
 
NC_006680  CNK01320  purine nucleotide binding protein, putative  28.69 
 
 		 1001 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH00420  sister chromatid cohesion-related protein, putative  25.88 
 
 		 892 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_30204  predicted protein  23.96 
 
 		 498 aa  110  3e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.381291  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06303  Replication factor C like protein [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:P78622]  31.42 
 
 		 1092 aa  106  7e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_35815  predicted protein  25.07 
 
 		 764 aa  103  7e-21  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.756935 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43994  predicted protein  28.57 
 
 		 942 aa  101  2e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1668  replication factor C small subunit  31.17 
 
 		 320 aa  98.2  3e-19  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.348586  normal  0.014006 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0695  replication factor C small subunit  30.77 
 
 		 319 aa  93.2  9e-18  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1846  replication factor C small subunit  29.12 
 
 		 322 aa  92  2e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.432596 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0583  replication factor C small subunit  29.12 
 
 		 324 aa  90.5  5e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45690  predicted protein  25.61 
 
 		 1015 aa  87.8  3e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.136558  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0515  replication factor C small subunit  29.65 
 
 		 321 aa  87  5e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.647591  normal  0.738478 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06517  subunit of heteropentameric replication factor (Eurofung)  28.93 
 
 		 289 aa  86.3  9e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0656  replication factor C small subunit  31.17 
 
 		 329 aa  86.3  9e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0195839  hitchhiker  0.005923 
 
 
-
 
NC_006692  CNG02470  Activator 1 40 kDa subunit, putative  25.9 
 
 		 347 aa  84.7  0.000000000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_41967  predicted protein  26.64 
 
 		 235 aa  84.3  0.000000000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.296814  normal  0.0690197 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0002  replication factor C small subunit  30.13 
 
 		 329 aa  84  0.000000000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39313  DNA replication factor C  27.37 
 
 		 325 aa  82.4  0.00000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0188  Replication factor C  31.72 
 
 		 317 aa  82.8  0.00000000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00219478  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49374  predicted protein  25.67 
 
 		 349 aa  81.6  0.00000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.186193  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0267  replication factor C small subunit  28.62 
 
 		 325 aa  81.6  0.00000000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1424  replication factor C small subunit  26.52 
 
 		 315 aa  80.5  0.00000000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0411425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1248  replication factor C small subunit  29.36 
 
 		 322 aa  79.3  0.0000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2050  replication factor C small subunit  31.76 
 
 		 326 aa  79.3  0.0000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0919  replication factor C  28.83 
 
 		 348 aa  78.2  0.0000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_2008  replication factor C small subunit  31.44 
 
 		 328 aa  78.6  0.0000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0005  replication factor C small subunit  30.57 
 
 		 326 aa  78.2  0.0000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3161  AAA ATPase central domain protein  30.53 
 
 		 445 aa  78.6  0.0000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0994  replication factor C small subunit  28.7 
 
 		 323 aa  78.2  0.0000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.265102  normal  0.191705 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0750  ATPase central domain-containing protein  27.34 
 
 		 318 aa  77.8  0.0000000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0979  AAA ATPase central domain protein  30.99 
 
 		 425 aa  77.4  0.0000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.158485 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1582  replication factor C small subunit  27.56 
 
 		 334 aa  77.4  0.0000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0484  replication factor C small subunit  25.81 
 
 		 315 aa  77  0.0000000000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.362585  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1210  replication factor C small subunit  25.81 
 
 		 315 aa  76.6  0.0000000000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1040  recombination factor protein RarA  30 
 
 		 429 aa  76.6  0.0000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.405947  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1827  Replication factor C  31.86 
 
 		 330 aa  75.9  0.000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0384  replication factor C small subunit  29.46 
 
 		 327 aa  75.5  0.000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.817409  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12030  recombination factor protein RarA  29.35 
 
 		 450 aa  74.7  0.000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.51  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1412  replication factor C small subunit  25.45 
 
 		 315 aa  73.6  0.000000000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0815  AAA ATPase central domain protein  25.91 
 
 		 395 aa  73.6  0.000000000006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0027  Replication factor C  27.59 
 
 		 330 aa  73.6  0.000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08064  subunit of heteropentameric Replication factor (Eurofung)  28.35 
 
 		 398 aa  72.4  0.00000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1927  replication factor C small subunit  26.38 
 
 		 326 aa  72.8  0.00000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0240  replication factor C  29.02 
 
 		 316 aa  72  0.00000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2103  replication factor C small subunit  27.35 
 
 		 326 aa  72.4  0.00000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1785  recombination factor protein RarA  27.19 
 
 		 447 aa  71.6  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.295244  hitchhiker  0.00333986 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl403  recombination factor protein RarA  25.11 
 
 		 410 aa  70.9  0.00000000004  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006683  CNN00630  DNA replication factor, putative  26.34 
 
 		 373 aa  70.9  0.00000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.853584  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0991  recombination factor protein RarA  26.88 
 
 		 429 aa  70.9  0.00000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000017106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_119614  replication factor C subunit 5 (36kDa), probable  25.88 
 
 		 332 aa  70.9  0.00000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1718  recombination factor protein RarA  26.45 
 
 		 424 aa  70.5  0.00000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000735591  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1685  recombination factor protein RarA  26.45 
 
 		 424 aa  70.5  0.00000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000466548  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_60537  DNA replication factor C  27.35 
 
 		 322 aa  70.1  0.00000000006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0632786  normal  0.140839 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0041  recombination factor protein RarA  27.17 
 
 		 459 aa  70.5  0.00000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.481618  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06694  Chromosome transmission fidelity protein 18 [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P0C1D3]  39.09 
 
 		 993 aa  70.1  0.00000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0563098 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39197  predicted protein  23.08 
 
 		 334 aa  69.7  0.00000000009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.023839  normal  0.0377209 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3111  recombination factor protein RarA  27.27 
 
 		 428 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.016045  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_11922  predicted protein  26.09 
 
 		 338 aa  69.7  0.0000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05070  Recombination protein MgsA  28 
 
 		 435 aa  68.9  0.0000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.395442  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05617  DNA replication ATPase (Eurofung)  25.2 
 
 		 528 aa  68.9  0.0000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00143305  normal  0.0551147 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2509  recombination factor protein RarA  28.82 
 
 		 435 aa  68.9  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0107971  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1126  replication factor C small subunit  25.45 
 
 		 322 aa  68.9  0.0000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.609813  normal  0.991344 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1910  Replication factor C  26.67 
 
 		 341 aa  67.8  0.0000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1125  AAA ATPase central domain protein  25.51 
 
 		 408 aa  68.2  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00180693  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0767  recombination factor protein RarA  29.15 
 
 		 437 aa  67.8  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.369206  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0767  recombination factor protein RarA  29.15 
 
 		 437 aa  67.8  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.764171  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0736  AAA ATPase central domain-containing protein  27.23 
 
 		 432 aa  67.8  0.0000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.776612  normal  0.708845 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1935  recombination factor protein RarA  24.9 
 
 		 422 aa  67  0.0000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0363606  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1672  recombination factor protein RarA  28.33 
 
 		 447 aa  67.4  0.0000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.339813 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_35082  predicted protein  29.66 
 
 		 342 aa  67  0.0000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.216032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0824  recombination factor protein RarA  28.11 
 
 		 392 aa  66.6  0.0000000007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00630594  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1190  recombination factor protein RarA  25.3 
 
 		 423 aa  66.6  0.0000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0120628  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>