217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_R0042 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_R0042  tRNA-Leu  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0267581  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0029  tRNA-Leu  94.25 
 
 
87 bp  133  6.999999999999999e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000250179  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0004  tRNA-Leu  93.1 
 
 
87 bp  125  2e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000420455  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0035  tRNA-Leu  91.95 
 
 
87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.687906  normal  0.671499 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0037  tRNA-Leu  91.95 
 
 
87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0575884 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0041  tRNA-Leu  90.8 
 
 
87 bp  109  1e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0102263 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0020  tRNA-Leu  89.66 
 
 
87 bp  101  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000402122  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0063  tRNA-Leu  89.66 
 
 
87 bp  101  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000700338  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3261  tRNA-Leu  90.8 
 
 
85 bp  93.7  6e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.733644  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3263  tRNA-Leu  90.8 
 
 
85 bp  93.7  6e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3266  tRNA-Leu  90.8 
 
 
85 bp  93.7  6e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0074  tRNA-Leu  89.66 
 
 
86 bp  93.7  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000384706  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4236  tRNA-Leu  89.66 
 
 
86 bp  93.7  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.770819999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2057  tRNA-Leu  89.66 
 
 
86 bp  93.7  6e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000000934529  hitchhiker  0.00059391 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0694  tRNA-Leu  87.36 
 
 
87 bp  85.7  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.108922  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0838  tRNA-Leu  87.36 
 
 
87 bp  85.7  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.30479e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0057  tRNA-Leu  88.51 
 
 
86 bp  85.7  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321209  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0033  tRNA-Leu  87.36 
 
 
87 bp  85.7  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336913  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0048  tRNA-Leu  97.83 
 
 
87 bp  83.8  0.000000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.326057  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0243  tRNA-Leu  97.83 
 
 
86 bp  83.8  0.000000000000006  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0049  tRNA-Leu  97.83 
 
 
87 bp  83.8  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna121  tRNA-Leu  88.64 
 
 
87 bp  79.8  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000362621  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0049  tRNA-Leu  87.5 
 
 
88 bp  79.8  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna005  tRNA-Leu  88.64 
 
 
87 bp  79.8  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.240407  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna003  tRNA-Leu  88.64 
 
 
87 bp  79.8  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00119641  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0044  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000971142  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t035  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t036  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t043  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0023  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0065  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239453  normal  0.915141 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0061  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000343038  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0031  tRNA-Leu  87.36 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.011451  normal  0.263113 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0076  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0377043  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0059  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.295265  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0072  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0193588  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0045  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000122945  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0084  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101131  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0085  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000347265  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0092  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000118641  hitchhiker  0.00000124407 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0084  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000189086  normal  0.285336 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0085  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00198738  normal  0.283647 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0098  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00669623  hitchhiker  0.0018362 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0069  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0181808  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0067  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000113297  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0081  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000027716  normal  0.0498089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0082  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000302516  normal  0.0498089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0089  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000116077  normal  0.0210623 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0063  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000302371  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0066  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000102831  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0071  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000142441  normal  0.199865 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0077  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0377043  normal 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t01  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0045  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000264513  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0056  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000431173  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0057  tRNA-Leu  86.21 
 
 
87 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000366309  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  95.65 
 
 
89 bp  75.8  0.000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0019  tRNA-Leu  95.65 
 
 
87 bp  75.8  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.131414  normal  0.290312 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3171t  tRNA-Leu  95.65 
 
 
84 bp  75.8  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0569623  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05682  tRNA-Leu  95.65 
 
 
84 bp  75.8  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t071  tRNA-Leu  86.59 
 
 
87 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000662467  normal  0.0211471 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0027  tRNA-Leu  95.65 
 
 
89 bp  75.8  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3174t  tRNA-Leu  95.65 
 
 
84 bp  75.8  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000836085  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02743  tRNA-Leu  95.65 
 
 
84 bp  75.8  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1979  tRNA-Leu  95.65 
 
 
89 bp  75.8  0.000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tLeu02  tRNA-Leu  95.65 
 
 
90 bp  75.8  0.000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t066  tRNA-Leu  86.05 
 
 
87 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000841762  hitchhiker  0.00000000876974 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05676  tRNA-Leu  95.65 
 
 
84 bp  75.8  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t065  tRNA-Leu  86.05 
 
 
87 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000716736  hitchhiker  0.00000000861256 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1544  tRNA-Leu  95.65 
 
 
86 bp  75.8  0.000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1756  tRNA-Leu  95.65 
 
 
89 bp  75.8  0.000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0058  tRNA-Leu  87.5 
 
 
86 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.29408  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0052  tRNA-Leu  87.5 
 
 
86 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0462143  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0054  tRNA-Leu  87.5 
 
 
86 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0462143  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0086  tRNA-Leu  87.5 
 
 
86 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0060  tRNA-Leu  87.5 
 
 
86 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000996161  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0089  tRNA-Leu  87.5 
 
 
86 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0072  tRNA-Leu  87.5 
 
 
86 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.021945  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0089  tRNA-Leu  87.5 
 
 
86 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0189785  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0093  tRNA-Leu  87.5 
 
 
86 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  normal  0.396382 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  85.06 
 
 
87 bp  69.9  0.00000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0937559  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0022  tRNA-Leu  85.06 
 
 
87 bp  69.9  0.00000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000237873  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0036  tRNA-Leu  85.06 
 
 
87 bp  69.9  0.00000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.798802  normal  0.436937 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0039  tRNA-Leu  87.36 
 
 
85 bp  69.9  0.00000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.974953 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0046  tRNA-Leu  87.36 
 
 
85 bp  69.9  0.00000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.470229  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0029  tRNA-Leu  85.06 
 
 
87 bp  69.9  0.00000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0544306  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0029  tRNA-Leu  87.36 
 
 
85 bp  69.9  0.00000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000950615 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0028  tRNA-Leu  87.36 
 
 
85 bp  69.9  0.00000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.222202 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0046  tRNA-Leu  93.48 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000111621  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0049  tRNA-Leu  93.48 
 
 
86 bp  67.9  0.0000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000237414  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5037  tRNA-Leu  93.48 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000374172  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0102  tRNA-Leu  93.48 
 
 
86 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00398757  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0104  tRNA-Leu  93.48 
 
 
86 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00197165  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0062  tRNA-Leu  93.48 
 
 
86 bp  67.9  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.185406  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0057  tRNA-Leu  93.48 
 
 
86 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.428944  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0066  tRNA-Leu  93.48 
 
 
86 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000463268  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0051  tRNA-Leu  93.48 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000584609  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1178  tRNA-Leu  93.48 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000100662  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4669  tRNA-Leu  93.48 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.9786200000000003e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1301  tRNA-Leu  93.48 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000334703  hitchhiker  0.000000433032 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>