More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4277 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_4277  amidohydrolase  100 
 
 
431 aa  882  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04041  Xaa-Pro dipeptidase family enzyme  66.2 
 
 
430 aa  584  1e-165  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0087  amidohydrolase  59.72 
 
 
423 aa  500  1e-140  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0161193  normal  0.19517 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2334  amidohydrolase  59.51 
 
 
455 aa  496  1e-139  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.202717 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1062  amidohydrolase  56.4 
 
 
426 aa  457  1e-127  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.574986 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2719  amidohydrolase  53.47 
 
 
440 aa  442  1e-123  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13368  Xaa-Pro dipeptidase family enzyme  52.42 
 
 
426 aa  434  1e-120  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.256749  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2224  amidohydrolase  43.52 
 
 
459 aa  340  3e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.331693  normal  0.75215 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0913  amidohydrolase  42.69 
 
 
438 aa  339  7e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887966  normal  0.946432 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0626  amidohydrolase  42.2 
 
 
433 aa  331  2e-89  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.151482 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3741  amidohydrolase  43 
 
 
444 aa  325  7e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0801  amidohydrolase  42.99 
 
 
437 aa  321  2e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2992  amidohydrolase  43.77 
 
 
433 aa  319  5e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3036  amidohydrolase  44.74 
 
 
407 aa  318  1e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1348  putative Xaa-Pro dipeptidase  40.84 
 
 
434 aa  306  5e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2825  amidohydrolase  40.93 
 
 
433 aa  301  1e-80  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.886429  normal  0.061566 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0681  amidohydrolase  40.42 
 
 
432 aa  300  4e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.312549  normal  0.59002 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1826  Pro-Hyp dipeptidase  39.16 
 
 
426 aa  296  6e-79  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3982  amidohydrolase  40.98 
 
 
445 aa  294  2e-78  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0434  putative secreted hydrolase  37.71 
 
 
430 aa  276  5e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4215  amidohydrolase  38.57 
 
 
412 aa  261  1e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.33185  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2093  amidohydrolase  37.59 
 
 
431 aa  258  1e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.885062  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2368  amidohydrolase  38.52 
 
 
441 aa  257  3e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4292  amidohydrolase  40.2 
 
 
402 aa  257  3e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.756284 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2437  amidohydrolase  37.62 
 
 
411 aa  256  4e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.885711 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3749  amidohydrolase  37.65 
 
 
408 aa  255  8e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.468026  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3761  amidohydrolase  37.65 
 
 
408 aa  255  8e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.225154  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3822  amidohydrolase  37.65 
 
 
408 aa  255  8e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28333  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0533  amidohydrolase  38.57 
 
 
444 aa  254  2e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200592  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1967  amidohydrolase  37.94 
 
 
405 aa  254  2e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3368  amidohydrolase  37.53 
 
 
414 aa  246  5e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.929128  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3308  amidohydrolase  38.66 
 
 
419 aa  246  6e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692035  normal  0.417277 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1408  amidohydrolase  38.86 
 
 
402 aa  243  4e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.321357  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4188  amidohydrolase  37.47 
 
 
421 aa  240  3e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2466  amidohydrolase  37.35 
 
 
424 aa  239  5e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.357249  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2978  amidohydrolase  36.1 
 
 
429 aa  239  9e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4855  amidohydrolase  38.77 
 
 
403 aa  233  3e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.165345  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2716  amidohydrolase  38.4 
 
 
407 aa  233  4e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3237  amidohydrolase  39.58 
 
 
404 aa  232  9e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.136124  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3788  amidohydrolase  36.28 
 
 
417 aa  231  1e-59  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.463322  normal  0.142834 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3728  amidohydrolase  36.28 
 
 
417 aa  231  1e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3715  amidohydrolase  36.28 
 
 
417 aa  231  1e-59  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.355417  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4304  amidohydrolase  35.19 
 
 
470 aa  228  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1413  amidohydrolase  37.86 
 
 
423 aa  228  2e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2823  amidohydrolase  32.78 
 
 
422 aa  219  1e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.750141  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2318  amidohydrolase  34.75 
 
 
428 aa  219  1e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.246502  normal  0.0431533 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2115  amidohydrolase  34.11 
 
 
426 aa  218  2e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4565  amidohydrolase  35.85 
 
 
423 aa  216  8e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.244661  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0935  amidohydrolase  35.05 
 
 
428 aa  212  9e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.755972  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0432  amidohydrolase  33.65 
 
 
421 aa  207  3e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2515  amidohydrolase  35.37 
 
 
426 aa  202  1e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2646  amidohydrolase  35.17 
 
 
407 aa  197  2e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1238  amidohydrolase  32.18 
 
 
444 aa  198  2e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0871897  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5037  amidohydrolase  38.32 
 
 
432 aa  197  4e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2089  amidohydrolase  34.58 
 
 
416 aa  196  6e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.608536  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0333  amidohydrolase  33.33 
 
 
407 aa  195  1e-48  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2771  amidohydrolase  33.7 
 
 
413 aa  195  2e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0479  amidohydrolase  32.73 
 
 
401 aa  192  7e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2377  amidohydrolase  32.56 
 
 
421 aa  191  2e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.134161  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1130  amidohydrolase  31.9 
 
 
425 aa  191  3e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.524947  normal  0.474819 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1867  amidohydrolase  35.35 
 
 
480 aa  188  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.445197  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2354  amidohydrolase  31.35 
 
 
420 aa  187  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3973  amidohydrolase  31.14 
 
 
409 aa  184  2e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4994  amidohydrolase  30.38 
 
 
413 aa  182  9e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.939807 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0159  amidohydrolase  31.54 
 
 
415 aa  181  3e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1037  amidohydrolase  32.71 
 
 
405 aa  181  3e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.976155 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2646  amidohydrolase  33.89 
 
 
391 aa  178  2e-43  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4503  amidohydrolase  30.1 
 
 
408 aa  176  8e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327271  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3137  amidohydrolase  32.7 
 
 
411 aa  176  8e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3872  amidohydrolase  32.2 
 
 
419 aa  173  5e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2801  prolidase, putative  31.08 
 
 
419 aa  172  8e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00617614  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06184  prolidase  30.51 
 
 
420 aa  172  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3741  amidohydrolase  30.27 
 
 
413 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0189588 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2450  amidohydrolase  31.71 
 
 
478 aa  172  1e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3782  amidohydrolase  30.27 
 
 
413 aa  172  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0062486  decreased coverage  0.00131434 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4676  amidohydrolase  30.9 
 
 
414 aa  171  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0192807  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3028  putative prolidase (Xaa-Pro dipeptidase)  33.42 
 
 
436 aa  170  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0496396  normal  0.0296694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2932  amidohydrolase  30.59 
 
 
431 aa  170  4e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1549  amidohydrolase  33.51 
 
 
413 aa  170  5e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.64121  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1717  amidohydrolase  32.19 
 
 
407 aa  169  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00030  conserved hypothetical protein  30.17 
 
 
443 aa  169  1e-40  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.215737 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2529  amidohydrolase  30.36 
 
 
419 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.403539  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3965  amidohydrolase  29.88 
 
 
411 aa  168  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2193  hypothetical protein  31.49 
 
 
412 aa  168  2e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4208  amidohydrolase  31.64 
 
 
391 aa  167  3e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.309856  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1420  putative prolidase  30.29 
 
 
411 aa  166  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0151921  normal  0.142512 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4081  amidohydrolase  33.69 
 
 
425 aa  166  8e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.709022 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2609  amidohydrolase  31.7 
 
 
396 aa  166  8e-40  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2362  amidohydrolase  30.58 
 
 
413 aa  165  1e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0890  amidohydrolase  31.82 
 
 
412 aa  166  1e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.559583  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01184  conserved hypothetical protein  30.11 
 
 
445 aa  165  1e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0420  amidohydrolase  30.53 
 
 
418 aa  165  1e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2711  amidohydrolase  30.17 
 
 
400 aa  164  2e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.959959  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4194  amidohydrolase  31.25 
 
 
406 aa  165  2e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.268221  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0436  amidohydrolase  30.14 
 
 
417 aa  165  2e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.753436  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1219  amidohydrolase  31.55 
 
 
390 aa  164  3e-39  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.82253  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2221  hypothetical protein  30.52 
 
 
412 aa  164  4e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0545  amidohydrolase  30.23 
 
 
415 aa  163  5e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0268  putative Xaa-Pro dipeptidase  29.69 
 
 
451 aa  163  6e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.309565  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3838  amidohydrolase  28.74 
 
 
411 aa  161  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>