196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4158 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_4158  RimK-like ATP-grasp  100 
 
 		 488 aa  1016    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.530195  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2915  glutathione synthase  60.16 
 
 		 486 aa  587  1e-166  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.525295 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02216  glutathione synthase  53.59 
 
 		 495 aa  545  1e-154  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000592479  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1841  RimK domain-containing protein ATP-grasp  45.08 
 
 		 492 aa  439  9.999999999999999e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0608327 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1035  RimK domain-containing protein ATP-grasp  47.28 
 
 		 499 aa  441  9.999999999999999e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.494403  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39390  ribosomal protein S6 modification enzyme  44.79 
 
 		 495 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3347  hypothetical protein  44.69 
 
 		 495 aa  398  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1157  glutathione synthase  42.54 
 
 		 483 aa  386  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2617  hypothetical protein  42.09 
 
 		 524 aa  382  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.437395 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2526  hypothetical protein  41.87 
 
 		 496 aa  382  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2526  glutathione synthase/ribosomal protein S6 modification glutaminyl transferase  41.91 
 
 		 528 aa  379  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000161005  normal  0.270973 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2232  RimK domain protein ATP-grasp  43.07 
 
 		 494 aa  378  1e-103  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.360505 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1912  hypothetical protein  40.37 
 
 		 483 aa  378  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2956  ribosomal protein S6 modification protein-related protein  42.01 
 
 		 526 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0238931 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1291  RimK domain-containing protein ATP-grasp  42.68 
 
 		 483 aa  373  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.696817  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2716  RimK domain-containing protein ATP-grasp  42.01 
 
 		 526 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46880  glutathione synthase  40.56 
 
 		 529 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000272025 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4039  hypothetical protein  40.34 
 
 		 515 aa  364  2e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0756389  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0575  RimK domain protein ATP-grasp  39.71 
 
 		 490 aa  360  4e-98  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0103875  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5784  RimK domain protein ATP-grasp  40.24 
 
 		 486 aa  347  3e-94  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2089  RimK domain protein ATP-grasp  37.5 
 
 		 518 aa  339  9e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2466  hypothetical protein  37.5 
 
 		 518 aa  339  9e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0446  hypothetical protein  37.9 
 
 		 484 aa  338  9.999999999999999e-92  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0422  hypothetical protein  37.9 
 
 		 484 aa  338  9.999999999999999e-92  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1892  RimK domain-containing protein ATP-grasp  39.52 
 
 		 502 aa  336  5.999999999999999e-91  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.356939 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0957  RimK-like ATP-grasp  38.59 
 
 		 486 aa  332  1e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1458  RimK domain-containing protein ATP-grasp  36.17 
 
 		 502 aa  322  9.999999999999999e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0341602  normal  0.0124544 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0776  RimK domain-containing protein ATP-grasp  37.26 
 
 		 486 aa  321  1.9999999999999998e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.121233  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2764  hypothetical protein  37.53 
 
 		 489 aa  320  3e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.338805  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1453  glutathione synthase/ribosomal protein S6 modification enzyme (glutaminyl transferase)  38.57 
 
 		 490 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1722  glutathione synthase/ribosomal protein S6 modification enzyme (glutaminyl transferase)  37.12 
 
 		 499 aa  292  7e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1433  RimK domain-containing protein ATP-grasp  34.93 
 
 		 316 aa  171  3e-41  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.133242 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1421  RimK domain-containing protein ATP-grasp  33.33 
 
 		 316 aa  170  4e-41  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1695  RimK domain-containing protein ATP-grasp  35.42 
 
 		 335 aa  170  5e-41  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.803385  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0475  RimK domain-containing protein ATP-grasp  32.72 
 
 		 316 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.60167  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1201  RimK domain-containing protein ATP-grasp  37.26 
 
 		 255 aa  156  1e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1626  RimK domain-containing protein ATP-grasp  36 
 
 		 290 aa  155  1e-36  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0205048 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2098  SSU ribosomal protein S6P modification protein  24.89 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.247188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0449  S6 modification enzyme RimK  28.26 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1361  alpha-L-glutamate ligase  24.53 
 
 		 301 aa  69.3  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.934336  hitchhiker  0.0000103664 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0244  alpha-L-glutamate ligase  26.85 
 
 		 302 aa  67.8  0.0000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.12128  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3327  alpha-L-glutamate ligase  26.32 
 
 		 301 aa  67.4  0.0000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2032  SSU ribosomal protein S6P modification protein  26.12 
 
 		 301 aa  67  0.0000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000147156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2828  alpha-L-glutamate ligases, ribosomal protein S6 modification protein of RimK family protein  24.71 
 
 		 302 aa  67  0.0000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3664  alpha-L-glutamate ligase  25.55 
 
 		 301 aa  67  0.0000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.124246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2398  S6 modification enzyme RimK  25.99 
 
 		 307 aa  66.6  0.0000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06734  glutathione synthase  24.12 
 
 		 286 aa  65.1  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0769  SSU ribosomal protein S6P modification protein  22.39 
 
 		 471 aa  65.5  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.974202  normal  0.327706 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3945  alpha-L-glutamate ligase  25.88 
 
 		 301 aa  65.1  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3763  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  25.88 
 
 		 301 aa  65.1  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.86581 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2289  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  25.33 
 
 		 300 aa  65.1  0.000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3819  alpha-L-glutamate ligase  25.88 
 
 		 301 aa  65.1  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0505  alpha-L-glutamate ligase  25.88 
 
 		 301 aa  65.1  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02302  ribosomal protein S6 modification protein  27.07 
 
 		 305 aa  63.9  0.000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000825  ribosomal protein S6 glutaminyl transferase  24.12 
 
 		 301 aa  63.5  0.000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000778733  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1687  S6 modification enzyme RimK  27.96 
 
 		 310 aa  63.2  0.00000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0545  alpha-L-glutamate ligase  25 
 
 		 301 aa  63.2  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1299  ribosomal protein S6 modification protein  24.89 
 
 		 301 aa  63.2  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.186898  normal  0.0117357 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0546  ribosomal protein S6 modification protein  25 
 
 		 301 aa  62  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2310  ribosomal protein S6 modification protein  24.78 
 
 		 301 aa  62.4  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0619  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  26.32 
 
 		 302 aa  62.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  0.913535 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3666  alpha-L-glutamate ligase  23.6 
 
 		 301 aa  62  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000125802  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0546  alpha-L-glutamate ligase  25 
 
 		 301 aa  62.4  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3484  alpha-L-glutamate ligase  25 
 
 		 301 aa  62.4  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2061  S6 modification enzyme RimK  24.78 
 
 		 301 aa  61.6  0.00000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000579629  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0604  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  25.88 
 
 		 302 aa  61.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1137  lysine biosynthesis enzyme LysX  26.96 
 
 		 283 aa  61.2  0.00000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0237722  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5941  ribosomal protein S6 modification protein  24.29 
 
 		 301 aa  61.2  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68660  ribosomal protein S6 modification protein  24.29 
 
 		 301 aa  61.2  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2779  alpha-L-glutamate ligase  24.36 
 
 		 302 aa  60.8  0.00000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000513891  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3341  ribosomal protein S6 modification protein  25.61 
 
 		 471 aa  60.8  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00716  ribosomal protein S6 modification protein  23.93 
 
 		 301 aa  60.8  0.00000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2388  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  25.33 
 
 		 300 aa  60.5  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1871  ribosomal protein S6 modification protein  22.99 
 
 		 301 aa  60.5  0.00000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1745  SSU ribosomal protein S6P modification protein  24.43 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000225359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1825  SSU ribosomal protein S6P modification protein  24.43 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000123784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2274  SSU ribosomal protein S6P modification protein  24.43 
 
 		 299 aa  60.1  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000086692  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3661  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  24.56 
 
 		 301 aa  59.7  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2270  ribosomal protein S6 modification protein  23.98 
 
 		 299 aa  59.7  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1240  SSU ribosomal protein S6P modification protein  23.25 
 
 		 302 aa  59.7  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272934  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4122  alpha-L-glutamate ligase  22.71 
 
 		 459 aa  59.7  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000650409  hitchhiker  0.00401578 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1967  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  23.98 
 
 		 301 aa  59.7  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000256532  hitchhiker  0.00043621 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1999  ribosomal protein S6 modification protein, putative  22.97 
 
 		 309 aa  59.7  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000304708  normal  0.227031 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3160  ribosomal protein S6 modification protein  24.12 
 
 		 301 aa  59.3  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02460  ribosomal protein S6 modification protein  23.91 
 
 		 290 aa  59.7  0.0000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.76969  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2496  alpha-L-glutamate ligase  23.98 
 
 		 301 aa  59.7  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000126065  normal  0.0109329 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2391  alpha-L-glutamate ligase  23.98 
 
 		 301 aa  59.7  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000134298  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2101  alpha-L-glutamate ligase  23.81 
 
 		 458 aa  59.7  0.0000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00703256  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1643  alpha-L-glutamate ligase  24.24 
 
 		 300 aa  59.3  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0124301 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2143  alpha-L-glutamate ligase  23.98 
 
 		 301 aa  59.3  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000119851  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23180  SSU ribosomal protein S6P modification protein  24.78 
 
 		 411 aa  59.7  0.0000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2380  alpha-L-glutamate ligase  23.98 
 
 		 301 aa  59.7  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000191941  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1690  ribosomal protein S6 modification protein  23.58 
 
 		 303 aa  58.9  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1549  S6 modification enzyme RimK  22.66 
 
 		 301 aa  58.5  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2418  alpha-L-glutamate ligases, RimK family protein  23.79 
 
 		 298 aa  58.5  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3966  alpha-L-glutamate ligase  22.71 
 
 		 456 aa  59.3  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000098482  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1956  ribosomal protein S6 modification protein  23.58 
 
 		 303 aa  58.2  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.52107  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0760  ribosomal protein S6 modification protein  24.89 
 
 		 301 aa  58.2  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00088888  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0136  alpha-L-glutamate ligase  27.78 
 
 		 265 aa  57.8  0.0000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0877646  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0145  alpha-L-glutamate ligase  25.71 
 
 		 264 aa  57.4  0.0000006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.563722  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>