148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4127 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_4127  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 181 aa  372  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1790  transcriptional regulator of TetR family protein  55.29 
 
 		 176 aa  191  5e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.127999 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3845  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 197 aa  154  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4676  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 190 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7851  transcriptional regulator, TetR family  41.24 
 
 		 165 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0681  transcriptional regulator, TetR family  40.12 
 
 		 167 aa  130  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0989844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0061  TetR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 187 aa  130  6.999999999999999e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3932  TetR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 179 aa  127  7.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.324595  normal  0.0870807 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6780  TetR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 196 aa  114  5e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.188016 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1980  TetR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 187 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3547  regulatory protein, TetR  33.71 
 
 		 187 aa  111  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.473445  normal  0.21056 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0059  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 186 aa  108  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0884  transcriptional regulator, TetR family  32.04 
 
 		 193 aa  105  3e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0708225  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1133  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 193 aa  104  5e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4040  TetR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 191 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4262  transcriptional regulator, TetR family  35.67 
 
 		 196 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5390  TetR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 189 aa  102  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3482  TetR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 191 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.342598  normal  0.760921 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7671  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 188 aa  101  7e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.403599  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0839  transcriptional regulator, TetR family  32.16 
 
 		 196 aa  100  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5603  TetR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 188 aa  100  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1344  transcriptional regulator, TetR family  31.46 
 
 		 205 aa  100  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.592645 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6065  TetR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 188 aa  99  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340517  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1949  hypothetical protein  32.16 
 
 		 186 aa  98.6  4e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5956  TetR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 188 aa  98.6  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.49488 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5714  TetR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 188 aa  98.6  4e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.297365 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6861  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 187 aa  97.4  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1938  hypothetical protein  32.75 
 
 		 186 aa  96.7  2e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6619  TetR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 188 aa  95.5  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.634361  normal  0.119433 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2099  transcriptional regulator, TetR family  32.75 
 
 		 216 aa  95.1  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4293  TetR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 188 aa  94.7  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0268101  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5772  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 188 aa  94.7  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6137  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 188 aa  94.7  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.8739 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4896  TetR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 187 aa  93.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3267  TetR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 187 aa  93.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.22208 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2880  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 192 aa  92.4  3e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.226546 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6911  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 187 aa  92  5e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4433  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 187 aa  92  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4267  transcriptional regulator, TetR family  36.99 
 
 		 189 aa  91.7  6e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0527  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 198 aa  91.7  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.18684  normal  0.990571 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2194  TetR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 188 aa  90.5  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.881672  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2372  transcriptional regulator, TetR family  30.06 
 
 		 193 aa  90.1  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.74201  normal  0.115149 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2163  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 201 aa  90.1  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0855716  normal  0.614843 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0811  transcriptional regulator, TetR family  32.75 
 
 		 193 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07011  transcriptional regulator  31.21 
 
 		 189 aa  89.4  3e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4909  TetR/AcrR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 201 aa  88.2  6e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.194586  decreased coverage  0.000378041 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4313  TetR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 600 aa  87.4  9e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0424  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 188 aa  87  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.652822  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1966  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 188 aa  86.7  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.273818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0587  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 198 aa  85.1  5e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1734  transcriptional regulator, TetR family  32 
 
 		 191 aa  84  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.390922 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2297  TetR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 195 aa  83.6  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.299638  hitchhiker  0.00738055 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1777  regulatory protein TetR  32.57 
 
 		 195 aa  83.6  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.731609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2113  transcriptional regulator, TetR family  32.57 
 
 		 194 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.508898 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0148  transcriptional regulator  29.49 
 
 		 179 aa  81.6  0.000000000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1903  transcriptional regulator, TetR family  32.56 
 
 		 192 aa  80.9  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0461172  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1689  transcriptional regulator, TetR family  27.68 
 
 		 195 aa  80.1  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3422  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 187 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4291  TetR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 189 aa  78.2  0.00000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3456  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 		 196 aa  76.6  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.659534  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4188  TetR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 211 aa  75.9  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4967  transcriptional regulator, TetR family  26.95 
 
 		 185 aa  71.2  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110994  normal  0.179343 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4458  transcriptional regulator, TetR family  24.28 
 
 		 195 aa  65.1  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013167  Cyan8802_4614  transcriptional regulator, TetR family  24.18 
 
 		 191 aa  59.7  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0834  transcriptional regulator  25.2 
 
 		 189 aa  59.3  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0575081  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5999  transcriptional regulator, TetR family  27.87 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4685  transcriptional regulator, TetR family  21.97 
 
 		 189 aa  53.9  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.26494  hitchhiker  0.000674431 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0809  transcriptional regulator, TetR family  27.22 
 
 		 214 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 193 aa  49.7  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1967  TetR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 202 aa  49.3  0.00003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1603  transcriptional regulator, TetR family  24.21 
 
 		 213 aa  48.5  0.00005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2592  transcriptional regulator, TetR family  28.68 
 
 		 205 aa  47  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000712719  hitchhiker  0.00165626 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4743  TetR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 212 aa  46.2  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1173  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 189 aa  47  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1527  TetR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 212 aa  45.8  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 202 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5288  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 186 aa  45.4  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1320  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 199 aa  45.4  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0571  TetR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 200 aa  45.4  0.0004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.530829  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2742  transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 		 207 aa  45.4  0.0004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1014  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 212 aa  45.4  0.0005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1060  transcriptional regulator, TetR family  25.3 
 
 		 186 aa  45.1  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0130577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6489  transcriptional regulator, TetR family  24.39 
 
 		 215 aa  44.7  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16270  transcriptional regulator  32.08 
 
 		 287 aa  44.3  0.0008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2304  transcriptional regulator, TetR family  26.34 
 
 		 201 aa  44.3  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3937  transcriptional regulator, TetR family  24.49 
 
 		 187 aa  43.5  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00797355  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1453  transcriptional regulator, TetR family  23.04 
 
 		 183 aa  43.5  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 190 aa  43.9  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1408  TetR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 200 aa  43.1  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1255  TetR family transcriptional regulator  24.02 
 
 		 200 aa  43.1  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0483  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 225 aa  43.1  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0208  TetR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 191 aa  43.5  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4683  transcriptional regulator, TetR family  34.72 
 
 		 385 aa  43.1  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0809  regulatory protein, TetR  40.35 
 
 		 200 aa  43.5  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732229  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5169  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 196 aa  43.1  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.767063 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0527  TetR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 200 aa  43.1  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.474473  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0121  TetR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 200 aa  43.1  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1058  TetR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 200 aa  43.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7104  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 206 aa  43.1  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1636  TetR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 200 aa  43.1  0.002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>