More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4126 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_4126  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
460 aa  933    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.201465  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3081  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  51.17 
 
 
496 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.703187  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.5 
 
 
473 aa  285  9e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.31 
 
 
465 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.1 
 
 
471 aa  282  1e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.1 
 
 
471 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.1 
 
 
471 aa  282  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.67 
 
 
462 aa  281  3e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  37.59 
 
 
465 aa  278  1e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.53 
 
 
482 aa  277  3e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.31 
 
 
471 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  38.58 
 
 
472 aa  265  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2743  outer membrane protein OprN precursor  38.36 
 
 
472 aa  265  2e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.89 
 
 
473 aa  239  8e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  32.77 
 
 
470 aa  212  1e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  33.97 
 
 
499 aa  209  7e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09500  outer membrane protein  32.68 
 
 
487 aa  209  8e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  31.04 
 
 
503 aa  205  1e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0890  outer membrane protein  32.83 
 
 
480 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.189882  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1154  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.31 
 
 
473 aa  200  5e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.182996  normal  0.122717 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.23 
 
 
497 aa  196  5.000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.83 
 
 
486 aa  196  1e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  32.08 
 
 
512 aa  194  2e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.84 
 
 
494 aa  194  3e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.1 
 
 
483 aa  193  5e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  30.59 
 
 
479 aa  193  6e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  30.23 
 
 
489 aa  191  2.9999999999999997e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7725  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.09 
 
 
499 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.9 
 
 
504 aa  189  1e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6012  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.3 
 
 
499 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.29 
 
 
493 aa  185  2.0000000000000003e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0165  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.73 
 
 
477 aa  184  3e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5768  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.86 
 
 
499 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.20317  normal  0.984778 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3597  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.44 
 
 
501 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.482695 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3932  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.9 
 
 
491 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6151  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.03 
 
 
502 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.808287  normal  0.205282 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6626  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.52 
 
 
508 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3360  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.59 
 
 
494 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.414328  hitchhiker  0.00000000121747 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1871  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.79 
 
 
485 aa  181  2.9999999999999997e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.54 
 
 
495 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.14 
 
 
495 aa  179  7e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.14 
 
 
495 aa  179  9e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  30 
 
 
520 aa  179  1e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5459  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.03 
 
 
493 aa  178  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.628466  normal  0.0370061 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.02 
 
 
489 aa  176  5e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5656  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.19 
 
 
501 aa  176  7e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162521  normal  0.0223313 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.37 
 
 
503 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.918566  hitchhiker  0.00837312 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4081  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.41 
 
 
517 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3623  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.37 
 
 
503 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.392647  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18790  putative outer membrane efflux protein  30.69 
 
 
491 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0851472 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  31.88 
 
 
479 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5539  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.1 
 
 
503 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541532  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  28.88 
 
 
479 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2483  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.55 
 
 
486 aa  173  5.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.183146  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4288  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.24 
 
 
467 aa  173  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.22095  normal  0.428638 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2426  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.45 
 
 
487 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.335348  normal  0.737188 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.14 
 
 
502 aa  172  9e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1006  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.17 
 
 
507 aa  172  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0211246  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.6 
 
 
496 aa  172  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.6 
 
 
496 aa  172  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  31.09 
 
 
520 aa  171  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1626  putative outer membrane efflux protein  31.88 
 
 
495 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.43 
 
 
489 aa  171  3e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.63 
 
 
490 aa  171  3e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2615  aromatic acid efflux system NodT family outer membrane lipoprotein  31.07 
 
 
510 aa  170  6e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  30.95 
 
 
512 aa  169  8e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  30.33 
 
 
504 aa  169  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.52 
 
 
485 aa  169  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6660  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.12 
 
 
498 aa  168  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.958876 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  28.39 
 
 
479 aa  168  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6180  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.12 
 
 
498 aa  168  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0879819  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.09 
 
 
495 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.09 
 
 
495 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.09 
 
 
495 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.624231 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  27.65 
 
 
504 aa  167  5e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.42 
 
 
457 aa  166  8e-40  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.91 
 
 
517 aa  166  9e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3191  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.01 
 
 
497 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.33 
 
 
495 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0870  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.09 
 
 
493 aa  165  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.01 
 
 
497 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.72 
 
 
509 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1703  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  27.91 
 
 
486 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.416377  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.72 
 
 
517 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.68 
 
 
486 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.35 
 
 
518 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1016  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.95 
 
 
512 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1301  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.94 
 
 
514 aa  164  4.0000000000000004e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.48 
 
 
546 aa  163  7e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.19 
 
 
495 aa  163  7e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.728729  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.95 
 
 
491 aa  162  1e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.94 
 
 
477 aa  162  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  27.43 
 
 
569 aa  161  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.02 
 
 
501 aa  162  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1001  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.07 
 
 
492 aa  161  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.53 
 
 
496 aa  161  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.95 
 
 
492 aa  162  2e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00459  outer membrane protein OprN  28.73 
 
 
497 aa  161  2e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.018305  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4010  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.41 
 
 
486 aa  161  2e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.940434  normal  0.118266 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5590  NodT family outer membrane lipoprotein  30.86 
 
 
485 aa  161  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>