More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4069 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
135 aa  273  8e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.33 
 
 
134 aa  136  7.999999999999999e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.33 
 
 
134 aa  135  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  53.33 
 
 
134 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.07 
 
 
134 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.07 
 
 
134 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.07 
 
 
134 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.33 
 
 
134 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.33 
 
 
134 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.33 
 
 
134 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.59 
 
 
134 aa  134  5e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.37 
 
 
134 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.33 
 
 
134 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.85 
 
 
134 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.85 
 
 
134 aa  131  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.63 
 
 
134 aa  130  5e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.11 
 
 
134 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  49.24 
 
 
133 aa  123  7e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.85 
 
 
133 aa  120  6e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  49.22 
 
 
132 aa  116  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  45.8 
 
 
135 aa  114  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.74 
 
 
136 aa  113  7.999999999999999e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.08 
 
 
135 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  44.26 
 
 
135 aa  105  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0871  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.48 
 
 
135 aa  104  4e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  43.09 
 
 
136 aa  103  8e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  42.75 
 
 
134 aa  100  5e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  42.22 
 
 
134 aa  100  9e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.85 
 
 
136 aa  100  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.74 
 
 
134 aa  98.2  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  39.69 
 
 
134 aa  97.8  5e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  41.48 
 
 
134 aa  97.4  6e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  39.26 
 
 
134 aa  94.7  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  37.31 
 
 
136 aa  93.6  7e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.61 
 
 
140 aa  91.7  3e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.364458  normal  0.851984 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00792  TonB system transport protein ExbD2  69.35 
 
 
64 aa  90.1  8e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000845054  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0455  biopolymer transport protein (ExbD2)  36.15 
 
 
134 aa  90.1  9e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0057258  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001859  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.86 
 
 
116 aa  89.7  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2485  phospholipid/glycerol acyltransferase  43.94 
 
 
141 aa  88.6  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000540401  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0162  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.27 
 
 
134 aa  85.9  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.85 
 
 
136 aa  84.3  4e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  34.17 
 
 
143 aa  83.6  9e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.3 
 
 
142 aa  81.6  0.000000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0438  biopolymer ExbD/TolR family transporter  32.81 
 
 
137 aa  80.5  0.000000000000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.744335  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.1 
 
 
133 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.34 
 
 
133 aa  77.4  0.00000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2484  putative TonB system transport protein ExbD2  37.31 
 
 
137 aa  77.4  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000778685  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.67 
 
 
139 aa  73.6  0.0000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.34 
 
 
141 aa  69.7  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.48 
 
 
134 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  32.2 
 
 
135 aa  66.6  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1522  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.07 
 
 
122 aa  65.1  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1239  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.01 
 
 
148 aa  62.8  0.000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.371549  normal  0.35298 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.1 
 
 
142 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.88 
 
 
137 aa  62.8  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0150  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.58 
 
 
149 aa  62  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000194485  hitchhiker  0.00605756 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.61 
 
 
135 aa  61.6  0.000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140985 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1442  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.68 
 
 
140 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  27.35 
 
 
136 aa  60.5  0.000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1698  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.61 
 
 
250 aa  59.7  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  28.1 
 
 
142 aa  59.7  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2998  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.68 
 
 
140 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.07 
 
 
135 aa  58.9  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.37 
 
 
138 aa  58.2  0.00000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  34.38 
 
 
154 aa  58.2  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.26 
 
 
140 aa  58.5  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.87 
 
 
140 aa  57.8  0.00000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.2 
 
 
134 aa  57.4  0.00000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
143 aa  57  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.39 
 
 
140 aa  57  0.00000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0546  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.08 
 
 
152 aa  56.2  0.0000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00922706  normal  0.113975 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4694  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.35 
 
 
141 aa  56.2  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.98 
 
 
145 aa  56.2  0.0000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  27.87 
 
 
134 aa  56.2  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  25.98 
 
 
145 aa  56.2  0.0000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2363  protein TolR  29.17 
 
 
139 aa  56.6  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372464 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.87 
 
 
134 aa  56.2  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4176  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.73 
 
 
142 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0268987  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5006  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.67 
 
 
140 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.108407 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.48 
 
 
166 aa  55.8  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.95 
 
 
141 aa  55.1  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  28.57 
 
 
143 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2179  hypothetical protein  23.33 
 
 
146 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  23.33 
 
 
146 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.91 
 
 
136 aa  54.7  0.0000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1715  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.33 
 
 
140 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2569  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.36 
 
 
134 aa  54.7  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6363  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.33 
 
 
140 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0283531  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1730  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.33 
 
 
140 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.245052  normal  0.398781 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.6 
 
 
131 aa  54.3  0.0000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.376121  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.12 
 
 
141 aa  54.3  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.532124  normal  0.142279 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  25.83 
 
 
138 aa  53.9  0.0000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  25.38 
 
 
139 aa  53.9  0.0000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.44 
 
 
141 aa  53.1  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0581  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.27 
 
 
140 aa  53.5  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000412701  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1719  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.46 
 
 
184 aa  53.1  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00014535  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2237  biopolymer ExbD/TolR family transporter  25.81 
 
 
134 aa  52.8  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271991  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.62 
 
 
137 aa  52.8  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.14 
 
 
132 aa  52.8  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.76 
 
 
155 aa  52.4  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.8914  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>