More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4025 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_4025  alanine racemase  100 
 
 		 375 aa  770    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  46.51 
 
 		 358 aa  323  3e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2629  alanine racemase  45.48 
 
 		 364 aa  314  1.9999999999999998e-84  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.962151  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  46.51 
 
 		 358 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5524  alanine racemase  44.59 
 
 		 365 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  44.77 
 
 		 358 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0247  alanine racemase  43.24 
 
 		 362 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0201  alanine racemase  44.35 
 
 		 357 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00394182 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5321  alanine racemase  44.24 
 
 		 357 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.274538 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5269  alanine racemase  43.97 
 
 		 357 aa  302  8.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5179  alanine racemase  43.43 
 
 		 357 aa  299  4e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.266317 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2388  alanine racemase  44.63 
 
 		 367 aa  296  4e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0103  alanine racemase, catabolic  43.78 
 
 		 357 aa  294  1e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0237  alanine racemase  43.78 
 
 		 357 aa  295  1e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47960  alanine racemase  43.96 
 
 		 361 aa  294  1e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2882  alanine racemase  44.54 
 
 		 360 aa  292  6e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03074  alanine racemase  42.47 
 
 		 366 aa  282  6.000000000000001e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00596  alanine racemase  41.44 
 
 		 358 aa  277  2e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1999  alanine racemase  41.98 
 
 		 369 aa  276  3e-73  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.711487  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1923  alanine racemase  41.98 
 
 		 362 aa  276  4e-73  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.245815  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69990  alanine racemase  42.32 
 
 		 357 aa  276  4e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0383  alanine racemase  43.32 
 
 		 358 aa  275  8e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0172619  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6076  alanine racemase  42.32 
 
 		 368 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2783  alanine racemase  41.51 
 
 		 375 aa  273  4.0000000000000004e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000262761  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3629  alanine racemase  43.5 
 
 		 365 aa  270  2e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000800676 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00017  alanine racemase  42.94 
 
 		 366 aa  270  2e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002338  alanine racemase biosynthetic  41.37 
 
 		 361 aa  270  2e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00173731  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3995  alanine racemase  42.11 
 
 		 361 aa  270  4e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3916  alanine racemase  43.81 
 
 		 358 aa  269  5e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0928  alanine racemase  42.29 
 
 		 361 aa  269  5e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0740  alanine racemase  43.24 
 
 		 358 aa  269  5e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2100  alanine racemase  41.55 
 
 		 367 aa  265  8e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4448  alanine racemase  41.76 
 
 		 359 aa  264  2e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.418216  normal  0.575034 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0652  alanine racemase  40.7 
 
 		 364 aa  263  4e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3580  alanine racemase  41.99 
 
 		 358 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000398757  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0445  alanine racemase  41.73 
 
 		 355 aa  261  1e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  40 
 
 		 356 aa  261  2e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0693  alanine racemase  43.07 
 
 		 358 aa  261  2e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00658355  hitchhiker  0.000391995 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0804  hypothetical protein  39.19 
 
 		 357 aa  260  3e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4589  alanine racemase  41 
 
 		 359 aa  260  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4495  alanine racemase  41 
 
 		 359 aa  260  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.182607  normal  0.0659463 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3247  alanine racemase  43.54 
 
 		 358 aa  260  3e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012106  hitchhiker  0.0000136882 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4641  alanine racemase  41 
 
 		 359 aa  260  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.291614 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3345  alanine racemase  41.11 
 
 		 372 aa  260  3e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0714  alanine racemase  43.54 
 
 		 358 aa  260  3e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000257815  hitchhiker  0.000596589 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0708  alanine racemase  39.51 
 
 		 358 aa  259  4e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.919871  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3277  alanine racemase  42.17 
 
 		 358 aa  259  4e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.323363  unclonable  0.00000258476 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0775  hypothetical protein  38.92 
 
 		 357 aa  259  5.0000000000000005e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3057  alanine racemase  41.96 
 
 		 364 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0113499  normal  0.425267 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4590  alanine racemase  41 
 
 		 359 aa  259  6e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4504  alanine racemase  41 
 
 		 359 aa  259  6e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0759  alanine racemase  43.5 
 
 		 358 aa  259  7e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000059584  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1335  alanine racemase  41.03 
 
 		 356 aa  259  7e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000853808  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01165  alanine racemase  40.76 
 
 		 356 aa  259  8e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0105464  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1959  alanine racemase  41.03 
 
 		 356 aa  258  8e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.148876  normal  0.720893 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2435  alanine racemase  40.76 
 
 		 356 aa  259  8e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0660359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1293  alanine racemase  40.76 
 
 		 356 aa  259  8e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000195233  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01175  hypothetical protein  40.76 
 
 		 356 aa  259  8e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0067944  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4605  alanine racemase  40.12 
 
 		 359 aa  259  8e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0191  alanine racemase  40.93 
 
 		 358 aa  258  1e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2458  alanine racemase  40.49 
 
 		 356 aa  257  2e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000612069  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03925  alanine racemase  39.82 
 
 		 359 aa  256  3e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.190319  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3940  alanine racemase  39.82 
 
 		 359 aa  256  3e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3975  alanine racemase  39.82 
 
 		 359 aa  256  3e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.379875 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4293  alanine racemase  39.82 
 
 		 359 aa  256  3e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4514  alanine racemase  39.82 
 
 		 359 aa  256  3e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03885  hypothetical protein  39.82 
 
 		 359 aa  256  3e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.182053  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1677  alanine racemase  40.76 
 
 		 356 aa  256  4e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000165096  normal  0.866269 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5555  alanine racemase  39.82 
 
 		 359 aa  256  4e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4542  alanine racemase  39.82 
 
 		 359 aa  256  4e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4206  alanine racemase  42.6 
 
 		 358 aa  256  5e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0248673  decreased coverage  0.000000273108 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0763  alanine racemase  43.07 
 
 		 358 aa  255  9e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.347962  unclonable  0.0000000000881438 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0257  alanine racemase  41 
 
 		 359 aa  252  6e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533775  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3499  alanine racemase  39.53 
 
 		 360 aa  252  6e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0522  alanine racemase  40 
 
 		 363 aa  252  6e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000197654  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0939  alanine racemase  38.94 
 
 		 359 aa  253  6e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0754  alanine racemase  40.29 
 
 		 359 aa  251  1e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000492133  normal  0.112637 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2000  alanine racemase  40.22 
 
 		 356 aa  250  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0221784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1940  alanine racemase  40.22 
 
 		 356 aa  251  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.277232  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1082  alanine racemase  38.24 
 
 		 364 aa  250  2e-65  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00790418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0747  alanine racemase  42.3 
 
 		 358 aa  250  2e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00105431  hitchhiker  0.000194512 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0717  alanine racemase  42.3 
 
 		 358 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00955236  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3854  alanine racemase  40 
 
 		 359 aa  250  3e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00269497  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3637  alanine racemase  42.3 
 
 		 358 aa  250  3e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000125734  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0738  alanine racemase  42.3 
 
 		 358 aa  250  3e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0231981  decreased coverage  0.0000000000814721 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3764  alanine racemase  40 
 
 		 359 aa  249  5e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000118138  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2115  alanine racemase  40.05 
 
 		 357 aa  249  7e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000357535  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1516  alanine racemase  40.22 
 
 		 356 aa  249  7e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0732192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0932  alanine racemase, biosynthetic  37.97 
 
 		 364 aa  248  1e-64  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1944  alanine racemase  39.95 
 
 		 356 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0640294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1331  alanine racemase  39.95 
 
 		 356 aa  248  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000221405  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2745  alanine racemase  40.27 
 
 		 357 aa  248  2e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000484932 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1331  alanine racemase  40.11 
 
 		 357 aa  246  4e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2007  alanine racemase  39.3 
 
 		 356 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.954073  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3234  alanine racemase  39.04 
 
 		 356 aa  246  6e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1575  alanine racemase  39.04 
 
 		 356 aa  246  6e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.378479  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1350  alanine racemase  39.04 
 
 		 356 aa  246  6e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.313664  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2458  alanine racemase  39.04 
 
 		 356 aa  246  6e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181694  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2514  alanine racemase  39.04 
 
 		 356 aa  246  6e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2078  alanine racemase  39.04 
 
 		 356 aa  246  6e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.295306  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>