275 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4015 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_4015  RNA-binding region RNP-1  100 
 
 
151 aa  307  2.9999999999999997e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000301969  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03577  RNA-binding protein  49.31 
 
 
154 aa  142  2e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000014599  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0637  RNP-1 like RNA-binding protein  45.39 
 
 
160 aa  127  5.0000000000000004e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0338  RNA-binding protein  44.81 
 
 
160 aa  122  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0140  RNP-1-like RNA-binding protein  42.11 
 
 
152 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0664394 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0181  RNP-1-like RNA-binding protein  44.22 
 
 
154 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000814275  normal  0.581259 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0180  RNP-1 like RNA-binding protein  43.54 
 
 
154 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000725181  normal  0.749946 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0175  RNP-1 like RNA-binding protein  43.54 
 
 
154 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000046912  hitchhiker  0.00946838 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2883  putative RNA binding protein  43.88 
 
 
161 aa  114  3e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000182039  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0208  RNA-binding protein  43.24 
 
 
154 aa  115  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0166  RNP-1 like RNA-binding protein  47.48 
 
 
151 aa  115  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000221523  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0233  RNA-binding protein  50.88 
 
 
149 aa  113  8.999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000540695  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4708  RNP-1 like RNA-binding protein  40.94 
 
 
156 aa  113  8.999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000908664  normal  0.0456447 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4336  RNP-1-like RNA-binding protein  41.33 
 
 
155 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000106713  hitchhiker  0.0000013394 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00255  RNA binding protein  48.61 
 
 
226 aa  112  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0195  RNA-binding protein  43.14 
 
 
151 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237988  normal  0.0118199 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0178  RNP-1 like RNA-binding protein  44.59 
 
 
154 aa  112  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000203464  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4074  RNP-1 like RNA-binding protein  44.59 
 
 
154 aa  112  3e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000591995  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0182  RNP-1 like RNA-binding protein  44.59 
 
 
154 aa  112  3e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000432928  hitchhiker  0.00837192 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4176  RNP-1 like RNA-binding protein  44.59 
 
 
154 aa  111  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000433028  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3508  RNP-1 like RNA-binding protein  43.92 
 
 
153 aa  110  8.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482673  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  64.1 
 
 
147 aa  107  7.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000340315  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2340  RNA-binding protein  42.86 
 
 
152 aa  105  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000791168  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
86 aa  82  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  49.38 
 
 
88 aa  82.4  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  50.65 
 
 
89 aa  80.1  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  48.75 
 
 
88 aa  79  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  45.57 
 
 
87 aa  79.3  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  50 
 
 
88 aa  77.4  0.00000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  47.44 
 
 
92 aa  77.4  0.00000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000557638  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  45.68 
 
 
88 aa  77.4  0.00000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  46.25 
 
 
89 aa  76.6  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  46.25 
 
 
90 aa  76.3  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  47.44 
 
 
87 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  43.9 
 
 
146 aa  74.7  0.0000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  46.05 
 
 
90 aa  74.3  0.0000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  44.87 
 
 
91 aa  73.6  0.0000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  43.75 
 
 
88 aa  73.6  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1761  RNP-1 like RNA-binding protein  44.44 
 
 
96 aa  71.2  0.000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000000106406  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  46.25 
 
 
88 aa  71.2  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  40.51 
 
 
81 aa  70.5  0.000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  42.31 
 
 
85 aa  69.3  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  40.74 
 
 
116 aa  68.2  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  40.74 
 
 
90 aa  68.6  0.00000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  45.07 
 
 
85 aa  68.9  0.00000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  40 
 
 
87 aa  67  0.00000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0093  RNP-1 like RNA-binding protein  41.1 
 
 
90 aa  67  0.00000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  41.77 
 
 
143 aa  67  0.00000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1867  RNP1-like RNA-binding protein  41.56 
 
 
89 aa  66.6  0.0000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000148151  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4331  RNP-1 like RNA-binding protein  41.03 
 
 
83 aa  65.9  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.3829e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0321  hypothetical protein  38.75 
 
 
91 aa  65.9  0.0000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  41.1 
 
 
99 aa  65.9  0.0000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  38.96 
 
 
90 aa  65.9  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  42.31 
 
 
90 aa  65.1  0.0000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_39629  predicted protein  44.16 
 
 
86 aa  65.5  0.0000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  46.05 
 
 
122 aa  64.7  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  40.79 
 
 
90 aa  64.7  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  39.73 
 
 
90 aa  64.7  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1603  RNP-1 like RNA-binding protein  37.66 
 
 
103 aa  64.3  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.799719 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  42.31 
 
 
88 aa  64.3  0.0000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  44.74 
 
 
140 aa  64.7  0.0000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  40 
 
 
115 aa  63.9  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3309  RNP-1 like RNA-binding protein  35.9 
 
 
82 aa  63.9  0.0000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788689  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  39.51 
 
 
89 aa  63.9  0.0000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1009  glycine-rich RNA binding protein  37.93 
 
 
128 aa  63.9  0.0000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000973374  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1139  RNA binding protein  37.93 
 
 
129 aa  63.9  0.0000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00000522116  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  44.74 
 
 
176 aa  63.2  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  43.42 
 
 
155 aa  63.2  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  41.46 
 
 
99 aa  62.8  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  42.11 
 
 
134 aa  63.2  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  43.42 
 
 
132 aa  62.4  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  46.05 
 
 
123 aa  62.8  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  43.37 
 
 
97 aa  62.8  0.000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  43.42 
 
 
149 aa  62.8  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0356  RNA recognition motif-containing protein  42.31 
 
 
103 aa  62.8  0.000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0992503  normal  0.0823842 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  43.42 
 
 
148 aa  62.4  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  43.42 
 
 
152 aa  62  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  43.42 
 
 
150 aa  62  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  41.56 
 
 
101 aa  62  0.000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3485  RNP-1 like RNA-binding protein  44.74 
 
 
121 aa  61.6  0.000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  43.42 
 
 
151 aa  61.6  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1573  RNA recognition motif-containing protein  42.31 
 
 
112 aa  61.2  0.000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  42.5 
 
 
162 aa  61.2  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  43.04 
 
 
103 aa  61.2  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  40.74 
 
 
96 aa  61.2  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.239557 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  37.04 
 
 
90 aa  60.8  0.000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  37.04 
 
 
90 aa  60.8  0.000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  40.74 
 
 
97 aa  60.8  0.000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  41.77 
 
 
111 aa  60.5  0.000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  42.11 
 
 
102 aa  60.5  0.000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_8269  predicted protein  42.86 
 
 
77 aa  60.5  0.000000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  42.11 
 
 
102 aa  60.5  0.000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  40.79 
 
 
82 aa  60.5  0.000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0974  RNA-binding region RNP-1  42.86 
 
 
103 aa  60.5  0.000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.02422  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1984  RNA-binding region RNP-1  40.74 
 
 
109 aa  60.1  0.000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  39.51 
 
 
114 aa  60.1  0.000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  42.86 
 
 
107 aa  60.5  0.000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  41.77 
 
 
101 aa  59.7  0.00000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1345  RNP-1 like RNA-binding protein  40.26 
 
 
104 aa  59.7  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  41.56 
 
 
102 aa  59.7  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>