More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4013 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_4013  carbonate dehydratase  100 
 
 
218 aa  453  1e-127  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02854  carbonic anhydrase  69.44 
 
 
217 aa  317  1e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0118  carbonate dehydratase  52.94 
 
 
239 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.176541 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0288  carbonate dehydratase  50.74 
 
 
246 aa  242  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5255  carbonic anhydrase  50.74 
 
 
221 aa  241  6e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0114  carbonate dehydratase  52.94 
 
 
239 aa  238  4e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.900402  hitchhiker  0.000744084 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0100  carbonate dehydratase  52.94 
 
 
239 aa  237  8e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0115  carbonate dehydratase  52.94 
 
 
239 aa  237  8e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01060  carbonic anhydrase  51.23 
 
 
248 aa  232  3e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4475  carbonate dehydratase  51.47 
 
 
242 aa  229  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0176  carbonic anhydrase  50 
 
 
242 aa  227  9e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01240  carbonic anhydrase  49.51 
 
 
242 aa  225  3e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0082  carbonic anhydrase  49.26 
 
 
243 aa  224  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2827  carbonate dehydratase  47.71 
 
 
251 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0831803 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5605  carbonic anhydrase  49.02 
 
 
216 aa  218  5e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4610  carbonate dehydratase  46.83 
 
 
230 aa  217  1e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3054  Carbonate dehydratase  47.25 
 
 
258 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2945  Carbonate dehydratase  46.33 
 
 
235 aa  214  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5945  carbonate dehydratase  48.51 
 
 
223 aa  214  7e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.255507 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5701  carbonate dehydratase  48.51 
 
 
219 aa  214  8e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.182609 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1781  carbonate dehydratase  48.74 
 
 
211 aa  213  1.9999999999999998e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00326798 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1553  carbonate dehydratase  46.34 
 
 
225 aa  212  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0438519  normal  0.0234257 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2091  carbonic anhydrase  47.03 
 
 
211 aa  211  4.9999999999999996e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.515162  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2146  Carbonate dehydratase  46.57 
 
 
219 aa  210  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1173  Carbonate dehydratase  46.57 
 
 
211 aa  211  1e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.465895  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6589  carbonate dehydratase  47.55 
 
 
219 aa  209  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.022636  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0566  carbonate dehydratase  46.57 
 
 
211 aa  209  3e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0328456  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1176  carbonate dehydratase  46.6 
 
 
234 aa  208  6e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.532221  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4166  Carbonate dehydratase  47.76 
 
 
267 aa  207  7e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4126  Carbonate dehydratase  47.76 
 
 
267 aa  207  7e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1923  Carbonic anhydrase protein  47.52 
 
 
234 aa  207  1e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.764692  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1256  carbonate dehydratase  45.1 
 
 
211 aa  206  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471436  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5353  Carbonate dehydratase  45.1 
 
 
211 aa  206  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.599954 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0408  Carbonate dehydratase  45.96 
 
 
231 aa  204  7e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0665661 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4128  carbonate dehydratase  47.09 
 
 
219 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.190844 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4779  carbonate dehydratase  47.09 
 
 
219 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3388  carbonate dehydratase  47.09 
 
 
219 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.731684  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2731  carbonate dehydratase  46.04 
 
 
219 aa  203  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.657946  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3235  carbonate dehydratase  45.59 
 
 
220 aa  202  4e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4953  Carbonate dehydratase  47.26 
 
 
278 aa  201  7e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00293  carbonic anhydrase  46.08 
 
 
219 aa  200  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00297  hypothetical protein  46.08 
 
 
219 aa  200  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3286  carbonate dehydratase  46.08 
 
 
219 aa  200  9.999999999999999e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7283  carbonate dehydratase  45.67 
 
 
239 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.798915  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1447  carbonate dehydratase  45.89 
 
 
272 aa  200  9.999999999999999e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.131229 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2233  carbonate dehydratase  43.32 
 
 
229 aa  200  9.999999999999999e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0404  carbonic anhydrase  46.08 
 
 
219 aa  200  9.999999999999999e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0364  carbonic anhydrase  46.08 
 
 
219 aa  200  9.999999999999999e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.390414  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0412  carbonic anhydrase  46.08 
 
 
219 aa  200  9.999999999999999e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2816  carbonate dehydratase  46.12 
 
 
219 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1534  carbonate dehydratase  45.54 
 
 
217 aa  199  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.223898  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37950  carbonate dehydratase  45.85 
 
 
220 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000711609  normal  0.0248788 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3267  Carbonate dehydratase  45.59 
 
 
219 aa  197  7.999999999999999e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2617  carbonate dehydratase  45.45 
 
 
230 aa  197  9e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0962521  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0370  carbonic anhydrase  45.1 
 
 
219 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2571  Carbonate dehydratase  41.18 
 
 
236 aa  196  3e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2165  carbonic anhydrase  45.32 
 
 
224 aa  196  3e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1199  carbonic anhydrases  45.1 
 
 
234 aa  196  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0612  carbonate dehydratase  45.79 
 
 
227 aa  194  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3463  carbonic anhydrases  44.72 
 
 
219 aa  193  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2465  carbonic anhydrase  43.63 
 
 
219 aa  192  3e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.412017  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0384  carbonic anhydrases  43.63 
 
 
219 aa  192  3e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1244  carbonic anhydrases  43.63 
 
 
219 aa  192  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.858637  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3322  carbonic anhydrases  43.63 
 
 
219 aa  192  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3371  carbonate dehydratase  45.15 
 
 
219 aa  192  4e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3093  carbonate dehydratase  44.66 
 
 
219 aa  191  6e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.327963  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3426  carbonic anhydrases  44.22 
 
 
219 aa  191  7e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3608  Carbonate dehydratase  45.81 
 
 
284 aa  190  2e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.418746  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1895  hypothetical protein  41.12 
 
 
356 aa  181  6e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3284  Carbonate dehydratase  42.21 
 
 
227 aa  180  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2660  Carbonate dehydratase  41.26 
 
 
213 aa  178  5.999999999999999e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000276342  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0748  Carbonate dehydratase  40.78 
 
 
207 aa  177  1e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.942941  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4860  Carbonate dehydratase  45.41 
 
 
202 aa  172  2.9999999999999996e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0883553 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5185  carbonic anhydrase  37.67 
 
 
225 aa  166  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.239383 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00785  carbonic anhydrase  47.8 
 
 
182 aa  165  5e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0203446  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1765  Carbonate dehydratase  39 
 
 
207 aa  162  4.0000000000000004e-39  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0012  carbonate dehydratase  38.12 
 
 
210 aa  159  4e-38  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1505  carbonic anhydrase  39.11 
 
 
210 aa  159  4e-38  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1736  carbonic anhydrase  39.81 
 
 
222 aa  155  3e-37  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.680655  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13920  Carbonate dehydratase  38 
 
 
200 aa  155  5.0000000000000005e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000593664  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0288  carbonic anhydrase  37.25 
 
 
211 aa  153  2e-36  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.104413  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0262  carbonic anhydrase  37.25 
 
 
211 aa  153  2e-36  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0235  carbonic anhydrase  37.25 
 
 
211 aa  153  2e-36  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2116  carbonate dehydratase  37.2 
 
 
213 aa  150  2e-35  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0391  Carbonate dehydratase  35.38 
 
 
218 aa  149  4e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.377586 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1703  carbonate dehydratase  39.41 
 
 
228 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.326564  normal  0.109582 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0666  carbonate dehydratase  40.8 
 
 
237 aa  145  3e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.780913 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0336  carbonate dehydratase  36.23 
 
 
214 aa  146  3e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.256297  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1507  Carbonate dehydratase  40 
 
 
216 aa  145  4.0000000000000006e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00649241  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0432  Carbonate dehydratase  40.3 
 
 
225 aa  144  8.000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0441  carbonate dehydratase  40.3 
 
 
225 aa  144  8.000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.295258  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3756  carbonate dehydratase  37.44 
 
 
230 aa  144  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.622574 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0162  carbonate dehydratase  40 
 
 
225 aa  139  1.9999999999999998e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2901  Carbonate dehydratase  35.75 
 
 
787 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0652695 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1380  carbonate dehydratase  35.44 
 
 
214 aa  138  7.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.173014  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1114  carbonate dehydratase  37.75 
 
 
230 aa  138  7.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1988  carbonic anhydrase  32.7 
 
 
214 aa  137  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1268  Carbonate dehydratase  41.81 
 
 
211 aa  135  4e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.7207  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2037  Carbonate dehydratase  36.76 
 
 
233 aa  134  9e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0555  Carbonate dehydratase  32.51 
 
 
210 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000138152  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>