66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3988 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_4057  AbgT putative transporter  72.49 
 
 		 539 aa  751    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.106368  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2198  AbgT putative transporter  66.1 
 
 		 534 aa  671    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4247  AbgT putative transporter  72.08 
 
 		 540 aa  736    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0404  hypothetical protein  73.04 
 
 		 534 aa  721    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000189157  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002729  multidrug efflux pump component MtrF  71.27 
 
 		 528 aa  721    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.189489  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03248  hypothetical protein  72.85 
 
 		 522 aa  707    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0094  AbgT putative transporter  73.92 
 
 		 511 aa  718    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4208  AbgT putative transporter  72.26 
 
 		 540 aa  738    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3654  AbgT putative transporter  72.34 
 
 		 537 aa  769    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3559  putative efflux pump component MtrF  71.67 
 
 		 535 aa  758    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0156  AbgT putative transporter  73.2 
 
 		 538 aa  746    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.632237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4042  AbgT putative transporter  71.67 
 
 		 535 aa  726    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4058  AbgT putative transporter  72.24 
 
 		 539 aa  738    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000746135  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3926  AbgT putative transporter  71.67 
 
 		 535 aa  725    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4381  AbgT putative transporter  72.26 
 
 		 540 aa  740    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3833  AbgT putative transporter  71.48 
 
 		 535 aa  730    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1388  putative ion transporter  71.13 
 
 		 530 aa  726    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.158074  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3988  AbgT putative transporter  100 
 
 		 532 aa  1065    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.025023  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0134  AbgT putative transporter  73.43 
 
 		 538 aa  761    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.722786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00653  putative p-aminobenzoyl-glutamate transport protein (AbgT family)  84.8 
 
 		 525 aa  848    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0028  AbgT putative transporter  52.92 
 
 		 512 aa  509  1e-143  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.790153  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2328  efflux pump component MtrF  46.5 
 
 		 516 aa  444  1e-123  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.25696  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0064  AbgT putative transporter  44.55 
 
 		 518 aa  437  1e-121  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000877421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0389  hypothetical protein  43.07 
 
 		 519 aa  429  1e-119  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01141  hypothetical protein  42.96 
 
 		 519 aa  421  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004283  putative p-aminobenzoyl-glutamate transporter  43.1 
 
 		 519 aa  418  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0739  putative ion transporter  42.48 
 
 		 519 aa  413  1e-114  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0018  AbgT putative transporter  40.73 
 
 		 511 aa  414  1e-114  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3673  AbgT putative transporter  42.72 
 
 		 518 aa  394  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1944  AbgT putative transporter  41.48 
 
 		 519 aa  393  1e-108  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.432903  decreased coverage  0.00626673 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3120  AbgT putative transporter  41.37 
 
 		 520 aa  391  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3449  transporter  41.68 
 
 		 512 aa  387  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3423  transporter  42.55 
 
 		 515 aa  387  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.898769 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0537  AbgT putative transporter  42.45 
 
 		 529 aa  377  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.121882  normal  0.78057 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0160  transporter, putative  41.65 
 
 		 519 aa  373  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1352  AbgT putative transporter  42.16 
 
 		 519 aa  375  1e-102  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000127247  normal  0.0238452 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0147  AbgT putative transporter  40.8 
 
 		 519 aa  367  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0146  AbgT putative transporter  40.72 
 
 		 519 aa  360  3e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0151  AbgT putative transporter  40.72 
 
 		 519 aa  360  3e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0146  AbgT putative transporter  40.6 
 
 		 519 aa  359  5e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2500  AbgT putative transporter  37.62 
 
 		 512 aa  357  2.9999999999999997e-97  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.393167  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2550  AbgT putative transporter  37.62 
 
 		 512 aa  357  2.9999999999999997e-97  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5237  AbgT putative transporter  37.86 
 
 		 514 aa  356  5e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1983  putative aminobenzoyl-glutamate transporter  38.4 
 
 		 510 aa  334  2e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.328307 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1786  putative aminobenzoyl-glutamate transporter  38.4 
 
 		 510 aa  334  2e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2289  putative aminobenzoyl-glutamate transporter  38.4 
 
 		 508 aa  334  2e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1548  putative aminobenzoyl-glutamate transporter  38.4 
 
 		 508 aa  334  2e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0029  AbgT putative transporter  40.39 
 
 		 506 aa  333  4e-90  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.13432  normal  0.390829 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01313  predicted cryptic aminobenzoyl-glutamate transporter  38.2 
 
 		 508 aa  333  6e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1452  putative aminobenzoyl-glutamate transporter  38.2 
 
 		 508 aa  333  6e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01323  hypothetical protein  38.2 
 
 		 508 aa  333  6e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2308  AbgT transporter family  38.2 
 
 		 508 aa  333  6e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.950001  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4202  putative aminobenzoyl-glutamate transporter  36.11 
 
 		 508 aa  330  4e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.609868  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0518  putative aminobenzoyl-glutamate transporter  35.47 
 
 		 507 aa  325  9e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0167  AbgT putative transporter  33.9 
 
 		 520 aa  320  5e-86  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.583779  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21460  putative p-aminobenzoyl-glutamate transporter  37.7 
 
 		 585 aa  320  5e-86  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.302884 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0400  putative aminobenzoyl-glutamate transporter  36.67 
 
 		 505 aa  312  6.999999999999999e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.703061  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1508  AbgT putative transporter  37.97 
 
 		 523 aa  309  9e-83  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.693891  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2611  AbgT putative transporter  35.83 
 
 		 552 aa  298  2e-79  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0800  putative efflux pump component MtrF  34.56 
 
 		 509 aa  292  1e-77  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0748  AbgT putative transporter  35.85 
 
 		 518 aa  291  2e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.534677  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0678  AbgT family protein  35.66 
 
 		 518 aa  288  1e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1579  aminobenzoyl-glutamate transport protein  40.26 
 
 		 305 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1577  putative efflux pump component MtrF  37.5 
 
 		 263 aa  141  3e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3467  hypothetical protein  33.72 
 
 		 240 aa  50.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0456304 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1143  C4-dicarboxylate anaerobic carrier  32.29 
 
 		 484 aa  48.9  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.171784  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>