More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3890 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3890  hypothetical protein  100 
 
 		 228 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2091  hypothetical protein  62.27 
 
 		 237 aa  278  4e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0092  hypothetical protein  56.76 
 
 		 237 aa  261  8e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4121  hypothetical protein  56.76 
 
 		 237 aa  261  8e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0093  hypothetical protein  56.76 
 
 		 237 aa  261  8e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2817  hypothetical protein  57.92 
 
 		 246 aa  260  1e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00663011  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0329  hypothetical protein  60.45 
 
 		 244 aa  257  9e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.535978  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31280  hypothetical protein  60.18 
 
 		 238 aa  254  6e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1611  hypothetical protein  56.56 
 
 		 224 aa  253  2.0000000000000002e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.642734  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3942  hypothetical protein  61.09 
 
 		 225 aa  253  2.0000000000000002e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38400  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase  56 
 
 		 233 aa  248  7e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5742  4-carboxy-4-hydroxy-2-oxoadipate aldolase/oxaloacetate decarboxylase  59.9 
 
 		 235 aa  245  3e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228064  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0337  hypothetical protein  55.16 
 
 		 227 aa  245  4e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3360  hypothetical protein  60.4 
 
 		 227 aa  245  4.9999999999999997e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2514  hypothetical protein  60.09 
 
 		 238 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2027  hypothetical protein  59.64 
 
 		 238 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3204  hypothetical protein  59.64 
 
 		 238 aa  241  9e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.699518  normal  0.0338051 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3207  hypothetical protein  53.74 
 
 		 234 aa  240  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2031  hypothetical protein  54.67 
 
 		 229 aa  239  2.9999999999999997e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701424  normal  0.731044 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1361  hypothetical protein  63.5 
 
 		 238 aa  237  9e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0694192 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2698  hypothetical protein  55.16 
 
 		 227 aa  236  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.275881  normal  0.549392 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5179  hypothetical protein  56.05 
 
 		 231 aa  235  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0986  hypothetical protein  53.81 
 
 		 231 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.199741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3633  hypothetical protein  51.12 
 
 		 231 aa  233  3e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.715784 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7569  hypothetical protein  55.14 
 
 		 227 aa  229  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0767982  normal  0.805189 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03235  hypothetical protein  57.4 
 
 		 219 aa  229  4e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4448  hypothetical protein  55.78 
 
 		 227 aa  228  7e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.100533  normal  0.0876341 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6038  hypothetical protein  55.14 
 
 		 227 aa  227  1e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0432117  normal  0.335015 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4321  hypothetical protein  51.4 
 
 		 227 aa  219  3e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.524668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4205  hypothetical protein  61.39 
 
 		 237 aa  215  5.9999999999999996e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.980622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6374  hypothetical protein  58.79 
 
 		 227 aa  207  8e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0543151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0876  hypothetical protein  55.16 
 
 		 231 aa  202  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.41177  normal  0.375435 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4375  hypothetical protein  53.57 
 
 		 230 aa  202  3e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1057  dimethylmenaquinone methyltransferase  45.09 
 
 		 230 aa  178  4.999999999999999e-44  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4544  Dimethylmenaquinone methyltransferase  41.51 
 
 		 224 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0521479 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6375  Dimethylmenaquinone methyltransferase  41.04 
 
 		 224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.830889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7652  demethylmenaquinone methyltransferase  38.86 
 
 		 224 aa  153  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0461  Dimethylmenaquinone methyltransferase  37.5 
 
 		 231 aa  152  5e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0823  Dimethylmenaquinone methyltransferase  33.17 
 
 		 229 aa  143  2e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0600  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.35 
 
 		 212 aa  141  8e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.200875  normal  0.605092 
 
 
-
 
NC_003296  RS03175  putative transferase protein  37.38 
 
 		 216 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.191246 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2677  Dimethylmenaquinone methyltransferase  37.95 
 
 		 216 aa  138  7e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.19975  normal  0.0722579 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3070  dimethylmenaquinone methyltransferase  36.63 
 
 		 211 aa  135  4e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0200  dimethylmenaquinone methyltransferase  38.42 
 
 		 208 aa  125  5e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.23529  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5772  dimethylmenaquinone methyltransferase  34.13 
 
 		 224 aa  123  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3988  dimethylmenaquinone methyltransferase  32.29 
 
 		 231 aa  122  5e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.34613  normal  0.0761518 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2380  Dimethylmenaquinone methyltransferase  34.43 
 
 		 225 aa  122  5e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3165  hypothetical protein  30.14 
 
 		 225 aa  122  6e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.25915  normal  0.552325 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4023  Dimethylmenaquinone methyltransferase  39.15 
 
 		 198 aa  122  6e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0575059 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4233  Dimethylmenaquinone methyltransferase  35.35 
 
 		 232 aa  121  8e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.95661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2302  Dimethylmenaquinone methyltransferase  34.43 
 
 		 225 aa  120  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5904  dimethylmenaquinone methyltransferase  33.33 
 
 		 237 aa  118  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.314397 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3549  dimethylmenaquinone methyltransferase  37.25 
 
 		 208 aa  118  7e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0526582 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2713  hypothetical protein  29.84 
 
 		 225 aa  118  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4138  hypothetical protein  31.88 
 
 		 224 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4096  Dimethylmenaquinone methyltransferase  39.87 
 
 		 232 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.189235 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3983  Dimethylmenaquinone methyltransferase  39.87 
 
 		 232 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1131  Dimethylmenaquinone methyltransferase  34.24 
 
 		 450 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3330  Dimethylmenaquinone methyltransferase  32.76 
 
 		 187 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00629512  hitchhiker  0.00927327 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4781  dimethylmenaquinone methyltransferase  34.29 
 
 		 220 aa  113  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593242  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4277  dimethylmenaquinone methyltransferase  34.81 
 
 		 228 aa  113  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.126556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2726  dimethylmenaquinone methyltransferase  31.09 
 
 		 233 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.305233  normal  0.0255457 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0718  dimethylmenaquinone methyltransferase  33.12 
 
 		 232 aa  112  4.0000000000000004e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.287716 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5797  dimethylmenaquinone methyltransferase  32.06 
 
 		 225 aa  112  6e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121139 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7077  hypothetical protein  33.16 
 
 		 224 aa  112  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.373269  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4872  dimethylmenaquinone methyltransferase  33.84 
 
 		 232 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5464  dimethylmenaquinone methyltransferase  33.84 
 
 		 232 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5398  dimethylmenaquinone methyltransferase  33.84 
 
 		 232 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00314819 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8321  hypothetical protein  29.95 
 
 		 224 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.242879  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5585  Dimethylmenaquinone methyltransferase  29.21 
 
 		 229 aa  110  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0246654  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8625  Dimethylmenaquinone methyltransferase  36.13 
 
 		 236 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.422142  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1382  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.05 
 
 		 231 aa  108  9.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013596  Sros_9409  dimethylmenaquinone methyltransferase  31.98 
 
 		 204 aa  108  9.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2315  hypothetical protein  36.84 
 
 		 222 aa  107  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.612121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4706  dimethylmenaquinone methyltransferase  32.83 
 
 		 232 aa  107  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4429  hypothetical protein  32.69 
 
 		 224 aa  105  5e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.414912  normal  0.436944 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6784  hypothetical protein  30.69 
 
 		 213 aa  105  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2021  dimethylmenaquinone methyltransferase  35.93 
 
 		 207 aa  105  6e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6118  hypothetical protein  34.94 
 
 		 222 aa  105  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5620  hypothetical protein  32.31 
 
 		 224 aa  104  9e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.446281  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4165  Dimethylmenaquinone methyltransferase  35.84 
 
 		 196 aa  103  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000000777049  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4616  dimethylmenaquinone methyltransferase  32.83 
 
 		 232 aa  104  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.610744  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1367  hypothetical protein  31.41 
 
 		 212 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.797673 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0095  Dimethylmenaquinone methyltransferase  32.11 
 
 		 209 aa  103  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5802  Dimethylmenaquinone methyltransferase  33.67 
 
 		 229 aa  102  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.965352  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4928  Dimethylmenaquinone methyltransferase  30.43 
 
 		 219 aa  102  6e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.17069  normal  0.0179831 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3664  hypothetical protein  31.78 
 
 		 248 aa  101  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2988  hypothetical protein  29.9 
 
 		 212 aa  101  9e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5004  Dimethylmenaquinone methyltransferase  35.29 
 
 		 219 aa  101  1e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.205814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5818  Dimethylmenaquinone methyltransferase  32.53 
 
 		 205 aa  100  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.95078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0889  Dimethylmenaquinone methyltransferase  33.55 
 
 		 223 aa  99.4  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6359  hypothetical protein  33.53 
 
 		 223 aa  99.4  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6027  dimethylmenaquinone methyltransferase  33.68 
 
 		 232 aa  99.4  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.644055  normal  0.152759 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0744  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  35.91 
 
 		 429 aa  99  5e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.225207  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1928  dimethylmenaquinone methyltransferase  31.67 
 
 		 205 aa  99  5e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.787476  hitchhiker  0.00228762 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3908  dimethylmenaquinone methyltransferase  33.33 
 
 		 203 aa  98.6  8e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4868  hypothetical protein  29.91 
 
 		 247 aa  98.2  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336729  normal  0.158749 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0516  bifunctional hexulose-6-phosphate synthase/ribonuclease regulator  32.63 
 
 		 438 aa  97.1  2e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.35671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3170  demethylmenaquinone methyltransferase  32.82 
 
 		 203 aa  95.9  5e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.685896  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3023  hypothetical protein  29.3 
 
 		 275 aa  95.9  5e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>