210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3839 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3839  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  100 
 
 
430 aa  868    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0698  long-chain fatty acid transport protein  59.07 
 
 
419 aa  512  1e-144  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2600  long-chain fatty acid outer membrane transporter  42.09 
 
 
422 aa  348  8e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243825  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1506  long-chain fatty acid outer membrane transporter  43.86 
 
 
421 aa  348  1e-94  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0138985  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0385  long-chain fatty acid outer membrane transporter  43.61 
 
 
421 aa  347  3e-94  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1397  long-chain fatty acid outer membrane transporter  43.61 
 
 
421 aa  347  3e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2824  long-chain fatty acid outer membrane transporter  42.72 
 
 
427 aa  344  2e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05817  hypothetical protein  40.87 
 
 
414 aa  338  8e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3381  long-chain fatty acid outer membrane transporter  40.5 
 
 
440 aa  337  1.9999999999999998e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1441  long-chain fatty acid outer membrane transporter  41.36 
 
 
415 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2745  long-chain fatty acid outer membrane transporter  40.73 
 
 
435 aa  333  4e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00852795  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2580  long-chain fatty acid outer membrane transporter  40.73 
 
 
435 aa  333  4e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00696507  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2531  long-chain fatty acid outer membrane transporter  40.73 
 
 
435 aa  333  5e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.876174  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2634  long-chain fatty acid outer membrane transporter  40.73 
 
 
437 aa  332  5e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0127967  hitchhiker  0.00000000000285546 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2620  long-chain fatty acid outer membrane transporter  40.73 
 
 
437 aa  332  6e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0208452  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2884  long-chain fatty acid outer membrane transporter  39.41 
 
 
444 aa  331  1e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576882  normal  0.4259 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000183  long-chain fatty acid transport protein  40.37 
 
 
414 aa  330  3e-89  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0205909  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1338  long-chain fatty acid outer membrane transporter  39.77 
 
 
417 aa  329  5.0000000000000004e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3487  long-chain fatty acid outer membrane transporter  39.47 
 
 
446 aa  325  1e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1313  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  39.25 
 
 
446 aa  323  3e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1309  long-chain fatty acid outer membrane transporter  39.25 
 
 
446 aa  323  3e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.613202  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2640  long-chain fatty acid outer membrane transporter  39.25 
 
 
446 aa  323  3e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02268  long-chain fatty acid outer membrane transporter  39.25 
 
 
448 aa  323  4e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02229  hypothetical protein  39.25 
 
 
448 aa  323  4e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2503  long-chain fatty acid outer membrane transporter  39.25 
 
 
446 aa  323  5e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2495  long-chain fatty acid outer membrane transporter  39.02 
 
 
446 aa  321  9.999999999999999e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2724  long-chain fatty acid outer membrane transporter  38.8 
 
 
446 aa  322  9.999999999999999e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0374  long-chain fatty acid transport protein  40.23 
 
 
412 aa  310  5e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03125  hypothetical protein  37.16 
 
 
429 aa  285  1.0000000000000001e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03834  Long-chain fatty acid transport protein  37.47 
 
 
464 aa  285  1.0000000000000001e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000417169  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1548  outer membrane protein P1  40.95 
 
 
453 aa  283  3.0000000000000004e-75  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000809472  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0372  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  38.8 
 
 
448 aa  283  6.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3584  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  38.55 
 
 
448 aa  282  1e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3816  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  38.93 
 
 
450 aa  281  1e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0340  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  36.32 
 
 
450 aa  279  7e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000312339  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3757  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  37.71 
 
 
449 aa  277  2e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0902024 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0401  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  37.04 
 
 
449 aa  278  2e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000690815 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0389  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  37.04 
 
 
449 aa  277  2e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0415  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  37.04 
 
 
449 aa  277  3e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000169798 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0390  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  37.04 
 
 
449 aa  277  3e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0560  long-chain fatty acid transport protein  34.08 
 
 
432 aa  275  8e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00871251  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2270  outer membrane protein transport protein  35.07 
 
 
438 aa  271  2e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000125338  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0475  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  37.23 
 
 
451 aa  270  5e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1414  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  36.53 
 
 
443 aa  267  2e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000739159  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4546  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  36.43 
 
 
432 aa  261  2e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495383  normal  0.0136159 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002851  long-chain fatty acid transport protein  34.66 
 
 
442 aa  260  4e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4232  long-chain fatty acid transport protein  35.49 
 
 
437 aa  259  7e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2269  outer membrane protein transport protein  36.01 
 
 
415 aa  256  5e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00153589  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3824  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  36.45 
 
 
428 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0397  long-chain fatty acid transport protein  35.11 
 
 
445 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000252847 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2609  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  35.89 
 
 
439 aa  251  2e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000112018  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0561  long-chain fatty acid transport protein  35.65 
 
 
428 aa  250  4e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0492643  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0339  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  35.6 
 
 
452 aa  248  1e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000148311  normal  0.499418 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3468  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  35.01 
 
 
451 aa  248  1e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000521115  normal  0.254623 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03124  hypothetical protein  36.06 
 
 
420 aa  246  8e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1462  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.07 
 
 
431 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00212901  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2178  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.89 
 
 
440 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000636439  normal  0.0847993 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1450  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.08 
 
 
428 aa  243  5e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000153151  unclonable  0.0000000000946875 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2687  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  35.18 
 
 
427 aa  243  7e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000955558  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1618  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  35.23 
 
 
440 aa  242  1e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000079524  decreased coverage  0.00000000170841 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1397  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.63 
 
 
431 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00928382  unclonable  0.0000000000243576 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2791  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  32.97 
 
 
438 aa  240  4e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000898305  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2866  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.55 
 
 
433 aa  239  5e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0131226  normal  0.727995 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3634  long-chain fatty acid transport protein  35.03 
 
 
428 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000535062  hitchhiker  0.00000860939 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1587  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  32.75 
 
 
438 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000318349  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000778  long-chain fatty acid transport protein  33.41 
 
 
432 aa  239  9e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002852  long-chain fatty acid transport protein  34.72 
 
 
419 aa  238  2e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2470  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.48 
 
 
445 aa  237  4e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000167182  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3037  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.28 
 
 
441 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000400429  normal  0.0267167 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2436  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.49 
 
 
438 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000365967  hitchhiker  0.00491561 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3099  long-chain fatty acid transport protein, putative  32.01 
 
 
440 aa  232  1e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2771  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.48 
 
 
434 aa  226  6e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000776056  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4030  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.17 
 
 
426 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0150189  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3059  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.78 
 
 
442 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.292585  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1245  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.65 
 
 
421 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1689  aromatic hydrocarbon degradation protein  30.73 
 
 
421 aa  206  7e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918972  normal  0.897129 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2706  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.04 
 
 
400 aa  204  3e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.327378  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1287  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.5 
 
 
421 aa  202  6e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102696  normal  0.683767 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1767  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.98 
 
 
424 aa  193  5e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0166103  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2482  aromatic hydrocarbon degradation protein  32.67 
 
 
423 aa  192  9e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1655  aromatic hydrocarbon degradation protein  28.74 
 
 
423 aa  192  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0166252  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3669  aromatic hydrocarbon degradation protein  29.93 
 
 
427 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832534  normal  0.097076 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2596  long chain fatty acid transport protein  35.54 
 
 
405 aa  191  2e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0488563  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1720  outer membrane protein  28.9 
 
 
424 aa  189  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182152  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0350  aromatic hydrocarbon degradation protein  32.1 
 
 
401 aa  188  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000805243 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2658  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  32.1 
 
 
450 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000308676  normal  0.803813 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3004  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.56 
 
 
450 aa  184  3e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.853487  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1313  aromatic hydrocarbon degradation protein  32.05 
 
 
429 aa  176  6e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47540  putative outer membrane protein precursor  27.99 
 
 
424 aa  176  7e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.638983 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1548  aromatic hydrocarbon degradation protein  29.47 
 
 
442 aa  173  3.9999999999999995e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000033121  hitchhiker  0.00764259 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0500  aromatic hydrocarbon degradation protein  30.43 
 
 
420 aa  173  5e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3092  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.5 
 
 
450 aa  172  1e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.148936 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2013  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  30.26 
 
 
432 aa  171  2e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4441  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  35.19 
 
 
437 aa  169  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00526852 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2113  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.21 
 
 
364 aa  169  1e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.628404  normal  0.519362 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1758  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  32.97 
 
 
430 aa  166  5e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.407775  normal  0.7461 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03551  outer membrane protein  28.89 
 
 
446 aa  166  6.9999999999999995e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4102  outer membrane protein  27.74 
 
 
429 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.630925  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1773  hypothetical protein  31.34 
 
 
478 aa  159  8e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1379  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.46 
 
 
450 aa  159  9e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.918562  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>