More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3819 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3819  major facilitator transporter  100 
 
 		 425 aa  855    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000056973  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00677  transporter, putative  71.22 
 
 		 405 aa  571  1.0000000000000001e-162  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00179637  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3989  major facilitator transporter  49.88 
 
 		 406 aa  396  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0137476  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0065  major facilitator transporter  52.06 
 
 		 406 aa  380  1e-104  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.596651  decreased coverage  0.0000000729069 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0063  major facilitator transporter  52.54 
 
 		 406 aa  381  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0580428  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0067  major facilitator transporter  52.3 
 
 		 406 aa  380  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.700351  unclonable  0.0000000000855622 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0062  major facilitator transporter  50.49 
 
 		 406 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.7183  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0067  major facilitator transporter  50.97 
 
 		 406 aa  371  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.37883  hitchhiker  0.00294151 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0066  major facilitator superfamily MFS_1  50.74 
 
 		 406 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.574631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0962  major facilitator transporter  47.97 
 
 		 415 aa  363  2e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4287  major facilitator transporter  50.49 
 
 		 406 aa  363  2e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000504378  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3964  transporter, putative  46.67 
 
 		 407 aa  351  2e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000523123  normal  0.125467 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0981  hypothetical protein  27.91 
 
 		 415 aa  140  4.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3505  major facilitator transporter  25.42 
 
 		 412 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1438  major facilitator transporter  26.04 
 
 		 415 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1824  major facilitator transporter  28.65 
 
 		 415 aa  124  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.582867  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1261  major facilitator transporter  25.74 
 
 		 406 aa  122  9.999999999999999e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2963  major facilitator superfamily MFS_1  26.47 
 
 		 421 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000121972  normal  0.284618 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1433  transporter, MFS superfamily  24.21 
 
 		 420 aa  103  6e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.811642  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2341  major facilitator superfamily MFS_1  24.07 
 
 		 390 aa  81.3  0.00000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0005  major facilitator transporter  24.38 
 
 		 421 aa  81.3  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0753564  normal  0.228788 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4044  L-fucose transporter  26.01 
 
 		 420 aa  77.8  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0644  L-fucose transporter  24.16 
 
 		 409 aa  75.5  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.510185  normal  0.606188 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4021  L-fucose transporter  25.37 
 
 		 417 aa  75.5  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4128  L-fucose transporter  21.38 
 
 		 431 aa  74.3  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5715  L-fucose transporter  26.23 
 
 		 417 aa  73.9  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.988636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0130  major facilitator transporter  24.92 
 
 		 398 aa  73.6  0.000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.453953  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0887  L-fucose transporter  25.12 
 
 		 438 aa  73.2  0.000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3106  L-fucose transporter  25.12 
 
 		 438 aa  73.2  0.000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.101933  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0911  L-fucose transporter  25.12 
 
 		 438 aa  73.2  0.000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2945  L-fucose transporter  25.12 
 
 		 438 aa  73.2  0.000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.824406  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2942  L-fucose transporter  24.88 
 
 		 438 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.643765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4065  L-fucose transporter  25.12 
 
 		 438 aa  70.9  0.00000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0107  major facilitator superfamily MFS_1  25.06 
 
 		 390 aa  69.7  0.00000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.781532  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1232  major facilitator transporter  24.72 
 
 		 421 aa  68.9  0.0000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.462548 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02756  L-fucose:H+ symporter permease  23.85 
 
 		 411 aa  68.9  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3300  L-fucose transporter  23.24 
 
 		 438 aa  68.2  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3137  L-fucose transporter  23.24 
 
 		 438 aa  68.2  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.436667 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4329  major facilitator superfamily MFS_1  22.52 
 
 		 420 aa  68.2  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.699497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3372  EmrB/QacA family drug resistance transporter  28.72 
 
 		 476 aa  68.2  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000356155  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3200  L-fucose transporter  23.24 
 
 		 438 aa  68.2  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3185  L-fucose transporter  23.24 
 
 		 438 aa  68.2  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.780035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1173  MFS short chain dicaboxylate:H+ symporter DcaK  23.6 
 
 		 421 aa  67.4  0.0000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.603793  normal  0.341481 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2750  L-fucose transporter  23.26 
 
 		 431 aa  67.4  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2076  major facilitator superfamily MFS_1  24.34 
 
 		 419 aa  67.4  0.0000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0068  transporter, putative  25.31 
 
 		 391 aa  67.4  0.0000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3120  L-fucose transporter  23.24 
 
 		 438 aa  67  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.38497  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2286  glucose/galactose transporter  22.34 
 
 		 423 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2298  glucose/galactose transporter  22.34 
 
 		 423 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00747197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2087  glucose/galactose transporter  22.34 
 
 		 423 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4572  hypothetical protein  22.34 
 
 		 423 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0065  major facilitator family transporter  25.06 
 
 		 388 aa  66.6  0.0000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4441  multidrug resistance protein B  28.11 
 
 		 478 aa  65.9  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000526976  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1994  L-fucose transporter  21.63 
 
 		 432 aa  65.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.486095 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0415  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  28.11 
 
 		 479 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00273768  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4851  EmrB/QacA family drug resistance transporter  28.11 
 
 		 478 aa  65.9  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.16573  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4540  EmrB/QacA family drug resistance transporter  29.03 
 
 		 480 aa  65.1  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4605  EmrB/QacA family drug resistance transporter  28.11 
 
 		 478 aa  65.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000135395  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4459  multidrug resistance protein B  28.11 
 
 		 478 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0324211  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4961  EmrB/QacA family drug resistance transporter  28.11 
 
 		 478 aa  65.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0262919  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2040  glucose/galactose transporter  22.34 
 
 		 423 aa  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.441952  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4821  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  28.11 
 
 		 479 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4827  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  28.3 
 
 		 469 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1494  L-fucose transporter  24.75 
 
 		 414 aa  64.7  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.289824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1317  glucose/galactose transporter  23.47 
 
 		 435 aa  64.7  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0562  glucose/galactose transporter  25.25 
 
 		 413 aa  64.7  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2211  glucose/galactose transporter  22.03 
 
 		 424 aa  64.3  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17788  hitchhiker  0.00147708 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2123  major facilitator superfamily MFS_1  23.6 
 
 		 395 aa  64.3  0.000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.226237  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0306  major facilitator transporter  25.37 
 
 		 409 aa  63.9  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.338859  normal  0.158126 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2428  L-fucose permease  22.05 
 
 		 433 aa  62.8  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3292  glucose/galactose transporter  24.88 
 
 		 428 aa  62.4  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1434  major facilitator transporter  24.43 
 
 		 432 aa  62.8  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2947  major facilitator superfamily MFS_1  24.17 
 
 		 432 aa  63.2  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1540  L-fucose permease  23.57 
 
 		 457 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.284647  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5644  L-fucose transporter  23.79 
 
 		 417 aa  62.4  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.183274  normal  0.735779 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6289  L-fucose transporter  23.57 
 
 		 457 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.642767 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6949  L-fucose transporter  23.57 
 
 		 457 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4204  major facilitator superfamily MFS_1  25.97 
 
 		 422 aa  61.6  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0685  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  21.66 
 
 		 386 aa  62  0.00000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0211006  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6905  L-fucose permease  23.59 
 
 		 457 aa  62  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.499924 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3437  L-fucose transporter  24.09 
 
 		 412 aa  62  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.697396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0563  major facilitator transporter  21.67 
 
 		 425 aa  62  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03308  tetracycline-efflux transporter  31.87 
 
 		 434 aa  61.6  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0389216  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1259  L-fucose transporter  22.47 
 
 		 417 aa  61.2  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3878  major facilitator transporter  24.19 
 
 		 428 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.957409 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1266  L-fucose-proton symporter  22.9 
 
 		 403 aa  61.2  0.00000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2027  glucose/galactose transporter  21.53 
 
 		 415 aa  60.8  0.00000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3077  major facilitator transporter  33.59 
 
 		 456 aa  60.5  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.374174  normal  0.0107759 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4099  major facilitator transporter  25.11 
 
 		 428 aa  60.5  0.00000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.594069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3344  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.03 
 
 		 411 aa  60.5  0.00000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0616341 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0818  major facilitator transporter  28.83 
 
 		 429 aa  60.5  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1407  major facilitator transporter  24.17 
 
 		 447 aa  60.1  0.00000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2132  glucose/galactose transporter  22.53 
 
 		 423 aa  60.5  0.00000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1929  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  25.07 
 
 		 422 aa  60.5  0.00000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00455399  hitchhiker  0.000000256479 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2692  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.03 
 
 		 411 aa  60.1  0.00000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2208  glucose/galactose transporter  22.53 
 
 		 423 aa  60.1  0.00000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4578  major facilitator family transporter  25.11 
 
 		 428 aa  59.7  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1311  major facilitator transporter  25.11 
 
 		 428 aa  59.7  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00188583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3761  glucose/galactose transporter  21.85 
 
 		 410 aa  59.7  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.807951 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3932  major facilitator superfamily MFS_1  23.62 
 
 		 415 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.643989 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>