More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3778 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 329 aa  689    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  57.62 
 
 		 330 aa  404  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  48.63 
 
 		 344 aa  333  2e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  34.8 
 
 		 336 aa  216  5e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  34.8 
 
 		 334 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 334 aa  208  9e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  32.29 
 
 		 334 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 322 aa  208  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 334 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  33.54 
 
 		 331 aa  205  7e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  31.69 
 
 		 335 aa  205  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 306 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  33.96 
 
 		 325 aa  203  3e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  31.97 
 
 		 332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 299 aa  200  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 324 aa  181  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 328 aa  175  9e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  32.28 
 
 		 329 aa  175  9.999999999999999e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  33.59 
 
 		 326 aa  171  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  29.05 
 
 		 336 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.77 
 
 		 326 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  31.48 
 
 		 326 aa  164  2.0000000000000002e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 332 aa  160  3e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  29.63 
 
 		 340 aa  160  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  29.13 
 
 		 324 aa  159  5e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.99 
 
 		 327 aa  156  4e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  30.62 
 
 		 321 aa  154  1e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  31.12 
 
 		 336 aa  154  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  31.35 
 
 		 326 aa  153  5e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 348 aa  152  5.9999999999999996e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  30.04 
 
 		 351 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  29.45 
 
 		 330 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4747  AraC family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 320 aa  151  1e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169446 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 330 aa  150  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  32.12 
 
 		 347 aa  150  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  30.16 
 
 		 345 aa  150  4e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  31.85 
 
 		 324 aa  150  4e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  35.87 
 
 		 331 aa  149  6e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.56 
 
 		 327 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  32.88 
 
 		 320 aa  147  2.0000000000000003e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2659  AraC family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 333 aa  146  6e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3631  transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 		 327 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5349  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 325 aa  145  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1097  ThiJ/PfpI domain protein  28.79 
 
 		 350 aa  145  8.000000000000001e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0266562  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 285 aa  145  8.000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  33.6 
 
 		 320 aa  144  1e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1437  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 326 aa  144  2e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.424387 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  28.75 
 
 		 331 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  28.28 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3843  transcriptional regulator, AraC family  26.83 
 
 		 339 aa  144  2e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.295718  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 335 aa  144  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2364  transcriptional regulator, AraC family  30.9 
 
 		 322 aa  143  4e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000189765 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5134  transcriptional regulator  28.95 
 
 		 326 aa  143  4e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.479216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 335 aa  143  5e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1704  transcriptional regulator, AraC family  30.6 
 
 		 362 aa  142  6e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4748  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 326 aa  142  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.760248  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4834  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 326 aa  142  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0686  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 330 aa  140  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.334624 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.03 
 
 		 325 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5514  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 334 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.75242  normal  0.0584888 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  30 
 
 		 326 aa  140  3.9999999999999997e-32  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1680  transcriptional regulator, AraC family  28.53 
 
 		 319 aa  139  4.999999999999999e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00886314  normal  0.186042 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  30.94 
 
 		 313 aa  139  7.999999999999999e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.5 
 
 		 324 aa  139  8.999999999999999e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  32.74 
 
 		 347 aa  138  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  33.03 
 
 		 327 aa  138  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3109  AraC family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.59349 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 326 aa  137  2e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  29.61 
 
 		 347 aa  138  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8035  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 333 aa  137  3.0000000000000003e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.511507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3394  transcriptional regulator  28.87 
 
 		 320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.482598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3383  transcriptional regulator  28.87 
 
 		 320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.690138  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  32.74 
 
 		 347 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 322 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 337 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 343 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3445  transcriptional regulator  28.87 
 
 		 320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.68449 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2197  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 314 aa  136  4e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2641  AraC family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 338 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.17 
 
 		 293 aa  136  5e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 361 aa  136  5e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1856  transcriptional regulator, AraC family  32.76 
 
 		 320 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.922042  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  29.04 
 
 		 322 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2631  transcriptional regulator  28.86 
 
 		 347 aa  136  6.0000000000000005e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0133443  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2002  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 341 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.513633  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2612  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 341 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2695  transcriptional regulator, AraC family  30.34 
 
 		 344 aa  135  9e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.448661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5943  transcriptional regulator  32.03 
 
 		 338 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2532  AraC family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.607958 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3202  transcriptional regulator, AraC family  28.16 
 
 		 330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.125903  unclonable  0.000000000016632 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  29.32 
 
 		 332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  27.56 
 
 		 360 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4737  transcriptional activator FtrA  30.55 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.196215 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 322 aa  134  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 330 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0282  AraC family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 342 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1645  transcriptional regulator AraC family  25.99 
 
 		 327 aa  133  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 330 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>