267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3735 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3735  dihydrofolate reductase  100 
 
 
171 aa  362  1e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0124901  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03728  dihydrofolate reductase type I, trimethoprim resistance  60 
 
 
167 aa  219  2e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.794995  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1045  dihydrofolate reductase  54.12 
 
 
163 aa  199  1e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.46602  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4505  dihydrofolate reductase  52.05 
 
 
170 aa  189  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.13858  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0874  dihydrofolate reductase  52.07 
 
 
160 aa  182  3e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0789491  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2824  dihydrofolate reductase  52.07 
 
 
160 aa  181  6e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.545858 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001668  dihydrofolate reductase  51.19 
 
 
159 aa  175  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00805  hypothetical protein  50 
 
 
159 aa  174  6e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0366  dihydrofolate reductase type 3  49.18 
 
 
173 aa  174  6e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3214  dihydrofolate reductase  50.89 
 
 
160 aa  174  7e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.871101  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3449  dihydrofolate reductase  52.38 
 
 
160 aa  172  3e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3646  dihydrofolate reductase  49.7 
 
 
160 aa  171  3e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0778  dihydrofolate reductase  52.38 
 
 
160 aa  172  3e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.143949  normal  0.0713752 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3578  dihydrofolate reductase  52.38 
 
 
160 aa  172  3e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3084  dihydrofolate reductase  49.7 
 
 
160 aa  170  7e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0959  dihydrofolate reductase  50.3 
 
 
160 aa  169  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0900  dihydrofolate reductase  50.3 
 
 
160 aa  170  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.131279  normal  0.732147 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3120  dihydrofolate reductase  49.7 
 
 
160 aa  169  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2748  Dihydrofolate reductase  48.52 
 
 
162 aa  168  3e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2729  dihydrofolate reductase  50.92 
 
 
172 aa  168  3e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0802679  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3318  Dihydrofolate reductase  49.11 
 
 
160 aa  167  6e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1009  dihydrofolate reductase  48.52 
 
 
160 aa  167  9e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.415728  hitchhiker  2.43395e-05 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0597  dihydrofolate reductase  50.6 
 
 
159 aa  165  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.235828  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0857  dihydrofolate reductase  49.71 
 
 
160 aa  166  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.535024  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0972  dihydrofolate reductase  48.52 
 
 
160 aa  166  2e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.415398  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1041  dihydrofolate reductase  47.93 
 
 
160 aa  165  3e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0691593  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1074  dihydrofolate reductase  47.93 
 
 
160 aa  165  3e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0303057  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2922  dihydrofolate reductase  52.32 
 
 
160 aa  164  4e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  3.8363e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0573  dihydrofolate reductase  44.38 
 
 
175 aa  164  6e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0235  dihydrofolate reductase  43.45 
 
 
165 aa  163  9e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1582  Dihydrofolate reductase  42.26 
 
 
162 aa  162  2e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  2.74022e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0720  dihydrofolate reductase  50 
 
 
160 aa  161  3e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.919586 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0559  dihydrofolate reductase  49.4 
 
 
160 aa  162  3e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0984  dihydrofolate reductase  48.52 
 
 
160 aa  162  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.69665  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0098  dihydrofolate reductase  50 
 
 
159 aa  161  4e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.653551 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0096  dihydrofolate reductase  50 
 
 
159 aa  161  4e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2858  dihydrofolate reductase  51.19 
 
 
165 aa  161  4e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000404405  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1310  dihydrofolate reductase region  41.67 
 
 
161 aa  161  4e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  8.86123e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0093  dihydrofolate reductase  50 
 
 
159 aa  161  4e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0092  dihydrofolate reductase  50 
 
 
159 aa  161  4e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.197159 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0091  dihydrofolate reductase  50 
 
 
159 aa  161  4e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.895795 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3836  dihydrofolate reductase  47.93 
 
 
160 aa  161  5e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3641  dihydrofolate reductase  48.52 
 
 
160 aa  160  5e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3551  Dihydrofolate reductase  48.54 
 
 
196 aa  160  9e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0050  dihydrofolate reductase  48.54 
 
 
196 aa  160  9e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.450338 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0599  dihydrofolate reductase  50.88 
 
 
165 aa  160  1e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00051  hypothetical protein  49.4 
 
 
159 aa  160  1e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00052  dihydrofolate reductase  49.4 
 
 
159 aa  160  1e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0042  dihydrofolate reductase  49.4 
 
 
159 aa  160  1e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3607  dihydrofolate reductase  49.4 
 
 
159 aa  160  1e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00332333 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0054  dihydrofolate reductase  49.4 
 
 
159 aa  160  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0052  dihydrofolate reductase  49.4 
 
 
159 aa  159  2e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.264396  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0096  dihydrofolate reductase  43.45 
 
 
161 aa  158  3e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.987213  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2090  dihydrofolate reductase  43.45 
 
 
161 aa  158  3e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.475399  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0052  dihydrofolate reductase  48.54 
 
 
196 aa  158  3e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2886  Dihydrofolate reductase  43.2 
 
 
166 aa  156  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2571  dihydrofolate reductase  46.47 
 
 
195 aa  156  1e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.115778  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3741  dihydrofolate reductase  44.64 
 
 
169 aa  156  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.674026  hitchhiker  0.000322893 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4209  dihydrofolate reductase  44.05 
 
 
176 aa  156  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1963  dihydrofolate reductase  44.12 
 
 
183 aa  155  2e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0664  Dihydrofolate reductase  43.79 
 
 
163 aa  155  3e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.618324  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2659  dihydrofolate reductase  42.6 
 
 
166 aa  154  6e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.691401 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2431  dihydrofolate reductase  41.67 
 
 
171 aa  153  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4737  dihydrofolate reductase  42.26 
 
 
170 aa  152  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.153856 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0899  Dihydrofolate reductase  44.44 
 
 
177 aa  151  5e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0437  dihydrofolate reductase  43.21 
 
 
170 aa  150  6e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2781  Dihydrofolate reductase  41.42 
 
 
166 aa  150  7e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.258533 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0189  dihydrofolate reductase  46.47 
 
 
161 aa  150  7e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0423  dihydrofolate reductase  43.2 
 
 
166 aa  150  1e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0200309 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1421  Dihydrofolate reductase  39.88 
 
 
161 aa  149  2e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.491047 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0443  dihydrofolate reductase  45.83 
 
 
168 aa  149  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1640  dihydrofolate reductase  39.26 
 
 
162 aa  149  2e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00601598  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1058  dihydrofolate reductase  43.27 
 
 
167 aa  148  4e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0914  dihydrofolate reductase  43.27 
 
 
167 aa  148  4e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5361  dihydrofolate reductase  42.33 
 
 
170 aa  146  1e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5005  dihydrofolate reductase  43.04 
 
 
171 aa  146  1e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5132  dihydrofolate reductase  41.72 
 
 
171 aa  146  1e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.632435  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2588  Dihydrofolate reductase  40.48 
 
 
164 aa  145  2e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5184  dihydrofolate reductase  39.88 
 
 
171 aa  145  2e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.128106  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2220  dihydrofolate reductase  38.04 
 
 
162 aa  144  4e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.151366  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0333  dihydrofolate reductase  41.72 
 
 
171 aa  145  4e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3104  dihydrofolate reductase  37.42 
 
 
162 aa  144  5e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.172131  hitchhiker  1.00648e-11 
 
 
-
 
NC_004310  BR1398  dihydrofolate reductase  41.67 
 
 
172 aa  143  1e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48110  Dihydrofolate reductase  41.72 
 
 
171 aa  142  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000576537  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2264  dihydrofolate reductase  36.81 
 
 
162 aa  142  2e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.24191e-31 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1354  dihydrofolate reductase  41.67 
 
 
172 aa  142  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.340933  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2021  dihydrofolate reductase  36.81 
 
 
162 aa  142  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2021  dihydrofolate reductase  36.81 
 
 
162 aa  142  2e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.981299  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2349  dihydrofolate reductase  36.81 
 
 
162 aa  142  2e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.30652e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2083  dihydrofolate reductase  36.81 
 
 
162 aa  142  2e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.25981  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2237  dihydrofolate reductase  36.81 
 
 
162 aa  142  2e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.044685  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2811  Dihydrofolate reductase  44.64 
 
 
292 aa  142  2e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  6.27481e-07  hitchhiker  3.05943e-05 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1855  Dihydrofolate reductase  40.59 
 
 
171 aa  142  2e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.513687  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04580  dihydrofolate reductase  46.53 
 
 
168 aa  142  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2062  dihydrofolate reductase  36.81 
 
 
162 aa  142  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000278641  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6452  Dihydrofolate reductase  39.29 
 
 
164 aa  142  3e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.816768  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1051  Dihydrofolate reductase  43.03 
 
 
163 aa  141  5e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1793  dihydrofolate reductase  42.33 
 
 
174 aa  140  6e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.928797  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0096  Dihydrofolate reductase  39.64 
 
 
161 aa  139  1e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2267  dihydrofolate reductase  36.81 
 
 
162 aa  140  1e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00982117  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>