More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3707 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02629  (p)ppGpp synthetase I/GTP pyrophosphokinase  56.58 
 
 
744 aa  839    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000829976  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3146  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  60 
 
 
736 aa  855    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000043894  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0904  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  56.58 
 
 
744 aa  839    Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.00000000000660798  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3353  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  58.34 
 
 
735 aa  871    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000634706  hitchhiker  0.000162185 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1656  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  48.96 
 
 
746 aa  710    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.764333  normal  0.672411 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4115  GTP pyrophosphokinase  55.16 
 
 
737 aa  849    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03528  GTP pyrophosphokinase  55.27 
 
 
739 aa  816    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3455  GTP pyrophosphokinase  60.38 
 
 
735 aa  862    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1694  GTP pyrophosphokinase  50.22 
 
 
744 aa  696    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3089  GDP/GTP pyrophosphokinase  56.58 
 
 
744 aa  840    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000014869  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3178  GDP/GTP pyrophosphokinase  56.58 
 
 
744 aa  840    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00141228  normal  0.185279 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3389  GDP/GTP pyrophosphokinase  56.45 
 
 
744 aa  848    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000633248  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3695  RelA/SpoT protein  49.93 
 
 
747 aa  696    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.120676  hitchhiker  0.00160014 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0849  GDP/GTP pyrophosphokinase  56.23 
 
 
746 aa  829    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.0000221192  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1182  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  56.15 
 
 
735 aa  831    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000045957  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1217  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  48.75 
 
 
746 aa  705    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.212214  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4217  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  50.37 
 
 
747 aa  701    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.630753  normal  0.166967 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3276  GDP/GTP pyrophosphokinase  56.45 
 
 
744 aa  839    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00140611  normal  0.0304818 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1253  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  47.58 
 
 
749 aa  650    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000616192  normal  0.537629 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2922  GDP/GTP pyrophosphokinase  56.58 
 
 
744 aa  838    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000016084  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1257  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  48.82 
 
 
746 aa  706    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.648227  normal  0.0100627 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1735  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  50.66 
 
 
747 aa  705    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1202  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  57.41 
 
 
734 aa  852    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000141345  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3236  GDP/GTP pyrophosphokinase  56.06 
 
 
743 aa  838    Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000465507  normal  0.0411901 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3548  GDP/GTP pyrophosphokinase  56.37 
 
 
745 aa  848    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.0000488354  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2765  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  57.53 
 
 
735 aa  858    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000517482  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3162  GDP/GTP pyrophosphokinase  56.45 
 
 
744 aa  839    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.00447218  normal  0.0412564 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0792  GDP/GTP pyrophosphokinase  56.41 
 
 
743 aa  835    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000258134  normal  0.259843 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2238  GTP diphosphokinase  47.13 
 
 
746 aa  652    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.338893  hitchhiker  0.000119577 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3449  GDP/GTP pyrophosphokinase  55.05 
 
 
744 aa  822    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000378764  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02591  hypothetical protein  56.58 
 
 
744 aa  839    Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.0000104096  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1193  RelA/SpoT family protein  56.69 
 
 
735 aa  857    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000349735  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1638  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  51.47 
 
 
750 aa  693    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.34257  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4062  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  48.82 
 
 
746 aa  708    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.733474  normal  0.507158 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3097  GDP/GTP pyrophosphokinase  56.58 
 
 
744 aa  840    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000040075  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37060  RelA/SpoT protein  49.72 
 
 
749 aa  707    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00582579  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4576  GTP pyrophosphokinase  50.22 
 
 
747 aa  706    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3707  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  100 
 
 
720 aa  1493    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000687808  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0095  GTP diphosphokinase (GTP pyrophosphokinase)  55.75 
 
 
745 aa  832    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.000291848  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1225  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  60 
 
 
736 aa  856    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000385822  hitchhiker  0.0000000464674 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1111  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  60.96 
 
 
735 aa  870    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000170035  normal  0.84646 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1177  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  60.96 
 
 
735 aa  870    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000122235  normal  0.0382614 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1049  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  57.18 
 
 
756 aa  853    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000145818  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2518  GTP pyrophosphokinase  54.63 
 
 
745 aa  813    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.326663  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52180  GTP pyrophosphokinase  50.59 
 
 
747 aa  704    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00224344  normal  0.0200902 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3144  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  60.23 
 
 
735 aa  857    Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000386215  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2928  GDP/GTP pyrophosphokinase  56.58 
 
 
744 aa  839    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000188713  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4044  GDP/GTP pyrophosphokinase  56.58 
 
 
744 aa  839    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000409177  normal  0.332873 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2029  GTP pyrophosphokinase  56.37 
 
 
738 aa  838    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000178935  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0983  GDP/GTP pyrophosphokinase  55.05 
 
 
744 aa  823    Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000424886  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1111  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  60.96 
 
 
735 aa  869    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000524023  normal  0.850048 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03401  GTP pyrophosphokinase  67.82 
 
 
727 aa  1050    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00113456  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0928  GDP/GTP pyrophosphokinase  56.58 
 
 
744 aa  839    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000382583  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3289  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  60 
 
 
736 aa  856    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000182723  hitchhiker  0.000963897 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3088  GDP/GTP pyrophosphokinase  56.58 
 
 
744 aa  839    Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000221392  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1033  GTP diphosphokinase  60.32 
 
 
734 aa  862    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0165822  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3319  GDP/GTP pyrophosphokinase  55.05 
 
 
744 aa  822    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000026158  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0530  (p)ppGpp synthetase I and guanosine-3',5'-bis pyrophosphate 3'-pyrophosphohydrolase  52.44 
 
 
737 aa  806    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.000055023  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1287  GTP diphosphokinase  58.62 
 
 
735 aa  877    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000126799  unclonable  0.000000000190177 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2238  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  48.22 
 
 
745 aa  682    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3115  GDP/GTP pyrophosphokinase  56.58 
 
 
744 aa  840    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0106723  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0815  GDP/GTP pyrophosphokinase  55.96 
 
 
745 aa  842    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000200525  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002504  GTP pyrophosphokinase (p)ppGpp synthetase I  55.81 
 
 
739 aa  821    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000545051  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1097  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  45.81 
 
 
735 aa  632  1e-180  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00537939  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1413  GTP pyrophosphokinase  44.99 
 
 
734 aa  630  1e-179  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1571  GTP pyrophosphokinase  44.99 
 
 
734 aa  630  1e-179  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2113  GTP diphosphokinase  45.55 
 
 
770 aa  612  9.999999999999999e-175  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.978919  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1533  RelA/SpoT family protein  42.08 
 
 
714 aa  607  9.999999999999999e-173  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000577209  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1462  GTP pyrophosphokinase  41.81 
 
 
714 aa  603  1.0000000000000001e-171  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00122903  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1740  metal dependent phosphohydrolase  45.64 
 
 
736 aa  596  1e-169  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2827  RelA/SpoT protein  43.67 
 
 
740 aa  596  1e-169  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00393712  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1300  RelA/SpoT protein  43.72 
 
 
714 aa  594  1e-168  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00320424  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1159  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  43.59 
 
 
742 aa  595  1e-168  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.123492  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1274  RelA/SpoT protein  42.8 
 
 
741 aa  580  1e-164  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.266642  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3099  RelA/SpoT family protein  42.92 
 
 
718 aa  578  1e-164  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01592  GTP pyrophosphokinase (ATP:GTP 3'-pyrophosphotransferase)(ppGpp synthetase I) ((P)ppGpp synthetase)  45.27 
 
 
728 aa  573  1.0000000000000001e-162  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2280  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  43.93 
 
 
734 aa  572  1.0000000000000001e-162  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0122723  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1052  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  43.35 
 
 
733 aa  562  1.0000000000000001e-159  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1680  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  41.96 
 
 
717 aa  562  1.0000000000000001e-159  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0127021 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1298  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  41.61 
 
 
740 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000189131  hitchhiker  0.0061753 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1758  GTP diphosphokinase, RelA/SpoT protein  42.33 
 
 
722 aa  559  1e-158  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.76617  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0005  GTP pyrophosphokinase  41.48 
 
 
728 aa  557  1e-157  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1212  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  40.23 
 
 
716 aa  558  1e-157  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2505  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  42.75 
 
 
729 aa  558  1e-157  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_5  relA/spoT protein, GTP pyrophosphokinase  41.19 
 
 
728 aa  555  1e-157  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1576  GTP pyrophosphokinase  41.7 
 
 
746 aa  552  1e-156  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1978  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  41.35 
 
 
741 aa  553  1e-156  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.699321  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1648  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  41.79 
 
 
741 aa  554  1e-156  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0787569 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2193  GTP pyrophosphokinase  38.92 
 
 
726 aa  552  1e-155  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0593  RelA/SpoT family protein  42.35 
 
 
718 aa  548  1e-154  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1904  GTP pyrophosphokinase  39.07 
 
 
726 aa  548  1e-154  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3609  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  39.94 
 
 
726 aa  545  1e-154  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00130344  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2510  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  38.92 
 
 
732 aa  543  1e-153  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00123268  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0939  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  38.92 
 
 
732 aa  542  1e-153  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2597  GTP pyrophosphokinase  40.43 
 
 
725 aa  543  1e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0674  GTP diphosphokinase  42.06 
 
 
718 aa  542  1e-153  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0005  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  41.04 
 
 
728 aa  541  9.999999999999999e-153  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1559  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  39.41 
 
 
746 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0998  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  42.18 
 
 
721 aa  541  9.999999999999999e-153  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1288  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  40.03 
 
 
729 aa  539  9.999999999999999e-153  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0314087  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>