More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3658 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3658  major facilitator transporter  100 
 
 		 432 aa  856    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0258  major facilitator transporter  71.17 
 
 		 440 aa  643    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3106  major facilitator transporter  57.77 
 
 		 428 aa  501  1e-140  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3282  putative hexuronate transporter  52.69 
 
 		 424 aa  462  1e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0854544  normal  0.252683 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2068  major facilitator superfamily MFS_1  49.76 
 
 		 434 aa  424  1e-117  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1170  major facilitator superfamily MFS_1  54.48 
 
 		 425 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11473  putative hexuronate transport protein (MFS family)  45.18 
 
 		 424 aa  390  1e-107  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.485615  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4579  major facilitator superfamily MFS_1  35.17 
 
 		 433 aa  269  8e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.571903 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4445  major facilitator superfamily MFS_1  35.17 
 
 		 433 aa  269  8e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0453314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1766  major facilitator transporter  35.33 
 
 		 424 aa  266  7e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.601014  normal  0.308968 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3510  major facilitator transporter  35.8 
 
 		 427 aa  254  1.0000000000000001e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.935373  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3386  hexuronate transporter  33.33 
 
 		 434 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.333246  normal  0.392835 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3380  hexuronate transporter  33.33 
 
 		 434 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.586322  normal  0.6284 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3306  hexuronate transporter  33.33 
 
 		 434 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.123622  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3479  hexuronate transporter  33.33 
 
 		 434 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.474263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3316  hexuronate transporter  33.33 
 
 		 434 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.433687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3451  major facilitator transporter  34.49 
 
 		 430 aa  253  6e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.225334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4070  major facilitator transporter  34.49 
 
 		 430 aa  253  6e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1806  major facilitator superfamily metabolite(phthalate/hexuronate)/H(+) symporter  36.68 
 
 		 433 aa  251  1e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0119934 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0834  hexuronate transporter transmembrane protein  34.68 
 
 		 435 aa  249  5e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00560856 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1244  major facilitator superfamily MFS_1  35.32 
 
 		 439 aa  248  1e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.477377  normal  0.0341715 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4857  major facilitator superfamily MFS_1  37.02 
 
 		 430 aa  248  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0133188  normal  0.643957 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3116  major facilitator superfamily MFS_1  32.8 
 
 		 430 aa  248  2e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000115925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5234  major facilitator transporter  34.11 
 
 		 430 aa  246  4e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2718  major facilitator transporter  34.26 
 
 		 430 aa  246  6e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3400  major facilitator transporter  34.03 
 
 		 430 aa  246  6e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0404  major facilitator superfamily MFS_1  34.55 
 
 		 432 aa  246  8e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.90763  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03865  hexuranate transporter  34.69 
 
 		 433 aa  246  8e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0947  major facilitator superfamily MFS_1  35.61 
 
 		 430 aa  245  9.999999999999999e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.35328  normal  0.0858315 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1012  major facilitator superfamily MFS_1  36 
 
 		 430 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.318414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5166  major facilitator transporter  33.26 
 
 		 429 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.733081 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4247  major facilitator transporter  32.26 
 
 		 429 aa  242  9e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1017  major facilitator superfamily MFS_1  34.68 
 
 		 431 aa  241  2e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.451459  normal  0.743333 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1871  major facilitator transporter  34.91 
 
 		 423 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00153919  normal  0.351915 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2843  major facilitator superfamily MFS_1  34.1 
 
 		 426 aa  239  5e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.088157  normal  0.111913 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5675  major facilitator transporter  33.18 
 
 		 429 aa  238  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3128  major facilitator transporter  33.49 
 
 		 435 aa  236  7e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1023  major facilitator superfamily MFS_1  33.79 
 
 		 431 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0652623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3670  major facilitator transporter  34.52 
 
 		 411 aa  233  3e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6829  major facilitator superfamily MFS_1  32.1 
 
 		 454 aa  232  8.000000000000001e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04071  Hexuronate transporter  32.71 
 
 		 425 aa  232  1e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04033  hypothetical protein  32.71 
 
 		 425 aa  232  1e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2910  major facilitator transporter  33.41 
 
 		 441 aa  230  5e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3357  major facilitator transporter  34.55 
 
 		 423 aa  229  9e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0473601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0553  d-galactonate transporter  31.06 
 
 		 434 aa  228  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.351291  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1105  putative hexuronate MFS transporter ExuT  31.06 
 
 		 434 aa  228  2e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000998284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0490  putative hexuronate MFS transporter ExuT  31.06 
 
 		 433 aa  228  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.40951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0935  major facilitator transporter  32.78 
 
 		 427 aa  226  7e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.881993  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3956  major facilitator superfamily MFS_1  34.27 
 
 		 449 aa  226  7e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.621866  normal  0.612872 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4271  major facilitator transporter  31.82 
 
 		 468 aa  225  1e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0659968  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3529  hexuronate transporter  30.23 
 
 		 432 aa  225  1e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0745  d-galactonate transporter  30.47 
 
 		 433 aa  225  1e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02962  hexuronate transporter  30.23 
 
 		 472 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02913  hypothetical protein  30.23 
 
 		 472 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5219  MFS transporter, phthalate permease family  33.49 
 
 		 436 aa  225  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4207  major facilitator transporter  34.78 
 
 		 423 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0961062  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4159  major facilitator transporter  34.78 
 
 		 423 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.718979  decreased coverage  0.00263409 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3561  putative hexuronate transporter  30.23 
 
 		 432 aa  224  2e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0528  d-galactonate transporter  30.47 
 
 		 433 aa  224  3e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.888492  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6194  major facilitator superfamily MFS_1  32.48 
 
 		 453 aa  224  3e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5749  major facilitator superfamily MFS_1  31.49 
 
 		 436 aa  221  1.9999999999999999e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3566  major facilitator transporter  34.25 
 
 		 443 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000684429  normal  0.364964 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1080  putative hexuronate transporter transmembrane protein  32.55 
 
 		 432 aa  220  5e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.503694  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3386  d-galactonate transporter  30.14 
 
 		 434 aa  219  5e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4322  d-galactonate transporter  29.61 
 
 		 432 aa  219  7e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4048  major facilitator transporter  34.02 
 
 		 423 aa  218  2e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0187179  normal  0.633628 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0325  general substrate transporter:TonB box, N-terminal  33.49 
 
 		 436 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0000282343  normal  0.265981 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3512  d-galactonate transporter  29.95 
 
 		 433 aa  216  9e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3547  d-galactonate transporter  29.55 
 
 		 474 aa  215  9.999999999999999e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.48586 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0608  d-galactonate transporter  30 
 
 		 432 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4408  hexuronate transporter  30 
 
 		 432 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.591703 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0607  d-galactonate transporter  30 
 
 		 432 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3276  putative hexuronate transporter  30 
 
 		 432 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3385  hexuronate transporter  30 
 
 		 432 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2219  major facilitator superfamily MFS_1  31.77 
 
 		 441 aa  209  8e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.200056 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1058  major facilitator superfamily MFS_1  32.89 
 
 		 449 aa  208  2e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.494018  normal  0.557281 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2345  transporter, putative  31.48 
 
 		 439 aa  207  3e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5030  major facilitator transporter  32.4 
 
 		 441 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.580497  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2129  major facilitator transporter  31.02 
 
 		 442 aa  204  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.526702  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2604  major facilitator family transporter  31.07 
 
 		 480 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0399959 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4907  major facilitator transporter  31.72 
 
 		 445 aa  203  4e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3121  major facilitator transporter  31.07 
 
 		 441 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3239  major facilitator transporter  31.07 
 
 		 441 aa  202  8e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.935103  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51130  MFS (major facilitator superfamily) transporter  31.32 
 
 		 439 aa  201  9.999999999999999e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.845287  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6282  major facilitator superfamily MFS_1  31.78 
 
 		 429 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0610  major facilitator transporter  31.7 
 
 		 430 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.400877  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4383  major facilitator superfamily MFS_1  32.08 
 
 		 420 aa  201  3e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00326845  normal  0.997814 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3045  major facilitator transporter  30.23 
 
 		 435 aa  200  3.9999999999999996e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.116198 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02990  putative MFS transporter  31.46 
 
 		 441 aa  199  6e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00105539 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4288  major facilitator transporter  32.32 
 
 		 457 aa  197  2.0000000000000003e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4873  major facilitator transporter  33.5 
 
 		 501 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103797  normal  0.996153 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4307  major facilitator transporter  29.67 
 
 		 430 aa  197  3e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3179  major facilitator transporter  31.06 
 
 		 432 aa  193  5e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0325  MFS family transporter  30.48 
 
 		 442 aa  193  6e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.334434  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1161  major facilitator transporter  30.59 
 
 		 435 aa  187  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.531017  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02062  putative transporter transmembrane protein  31.78 
 
 		 441 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000104941  normal  0.781434 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4265  major facilitator transporter  30.1 
 
 		 489 aa  183  5.0000000000000004e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.762522  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1467  major facilitator superfamily MFS_1  29.89 
 
 		 443 aa  182  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2627  major facilitator superfamily MFS_1  28.33 
 
 		 436 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02171  transport transmembrane protein  31.4 
 
 		 448 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.115532  normal  0.0335477 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>