33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3607 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3607  ChaB  100 
 
 		 76 aa  159  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0044472  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2071  ChaB  63.51 
 
 		 74 aa  99.4  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2443  ChaB  63.77 
 
 		 76 aa  99.8  1e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1848  ChaB family protein  60.81 
 
 		 76 aa  98.2  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2429  ChaB family protein  59.21 
 
 		 76 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.40977  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01205  hypothetical protein  59.21 
 
 		 76 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1700  cation transport regulator  59.21 
 
 		 76 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.692804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1923  cation transport regulator  59.21 
 
 		 76 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.41011  normal  0.0497517 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2406  cation transport regulator  59.21 
 
 		 76 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000158278 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1325  cation transport regulator  59.21 
 
 		 76 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.109112  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01195  cation transport regulator  59.21 
 
 		 76 aa  95.5  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0295  hypothetical protein  55.26 
 
 		 78 aa  92  3e-18  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.152807 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1901  cation transport regulator  56.76 
 
 		 76 aa  90.5  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.903539  normal  0.252452 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1965  cation transport regulator  56.76 
 
 		 76 aa  90.5  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.640932 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1907  cation transport regulator  56.76 
 
 		 76 aa  90.5  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1369  cation transport regulator  56.76 
 
 		 76 aa  90.5  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.760537  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0461  putative cation transport regulato, ChaB  55.26 
 
 		 76 aa  90.1  9e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1553  cation transport regulator  55.41 
 
 		 76 aa  89  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.203336 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1367  cation transport regulator  60.53 
 
 		 76 aa  84.7  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0817532  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1384  cation transport regulator  60.53 
 
 		 76 aa  84.7  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.886338  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2331  cation transport regulator  58.11 
 
 		 76 aa  80.9  0.000000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.704866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0930  ChaB family protein  50 
 
 		 82 aa  74.3  0.0000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.176376  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2785  ChaB  48.65 
 
 		 68 aa  71.6  0.000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.167104  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0379  ChaB family protein  47.95 
 
 		 73 aa  67.8  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.303727  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0020  ChaB family protein  47.95 
 
 		 68 aa  67.4  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0349  ChaB  49.32 
 
 		 78 aa  65.1  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00108518 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0323  putative cation transport regulator  47.06 
 
 		 56 aa  56.2  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.262296 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4814  ChaB family protein  34.72 
 
 		 81 aa  48.1  0.00004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.442759  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0812  ChaB  31.58 
 
 		 81 aa  47.4  0.00006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3951  ChaB family protein  34.72 
 
 		 82 aa  47.4  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.385591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2867  hypothetical protein  29.73 
 
 		 255 aa  43.5  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0519  ChaB family protein  29.17 
 
 		 81 aa  42.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1656  ChaB family protein  37.5 
 
 		 69 aa  40.8  0.007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.572476  normal  0.821515 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>