118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3473 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3473  NnrS  100 
 
 
422 aa  816  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0849  putative ATP synthase F0, A subunit  36.67 
 
 
428 aa  243  4e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0686  NnrS family protein  38.28 
 
 
431 aa  229  6e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2805  hypothetical protein  36.25 
 
 
390 aa  196  5e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2322  NnrS family protein  36.63 
 
 
390 aa  195  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.40024e-07  normal  0.965133 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2587  NnrS family protein  37.31 
 
 
390 aa  194  2e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.16699  normal  0.0601628 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1680  NnrS family protein  36.79 
 
 
390 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2849  NnrS family protein  36.97 
 
 
393 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1665  NnrS family protein  36.3 
 
 
390 aa  182  9e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0410131  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2876  NnrS family protein  33.66 
 
 
406 aa  182  1e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  hitchhiker  2.07371e-09 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1910  hypothetical protein  36.86 
 
 
414 aa  181  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3582  NnrS family protein  40.75 
 
 
391 aa  181  3e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.936992  normal  0.528809 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1702  NnrS family protein  36.3 
 
 
390 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.591488  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2677  NnrS family protein  34.15 
 
 
390 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0244063 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03874  Heme/copper membrane protein  35.05 
 
 
400 aa  176  5e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2168  NnrS  37.71 
 
 
384 aa  176  6e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2840  NnrS family protein  37.63 
 
 
393 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.250907  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0720  putative heme-Cu membrane protein (NnrS)  32.38 
 
 
393 aa  175  1e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0283  hypothetical protein  33.18 
 
 
413 aa  169  1e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0504  NnrS family protein  33.67 
 
 
403 aa  169  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002671  NnrS protein  34 
 
 
394 aa  167  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3037  NnrS family protein  34.05 
 
 
403 aa  167  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.226927  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2940  NnrS family protein  36.43 
 
 
393 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0259  hypothetical protein  32.94 
 
 
413 aa  166  6e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3970  NnrS family protein  32.23 
 
 
398 aa  164  3e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0693479 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2495  NnrS family protein  37.22 
 
 
390 aa  164  4e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.514316  normal  0.0503888 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2425  NnrS family protein  37.22 
 
 
390 aa  164  4e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.194019  normal  0.204544 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4283  hypothetical protein  35.13 
 
 
401 aa  163  5e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2607  NnrS family protein  34.07 
 
 
395 aa  163  6e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359419  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03317  hypothetical protein  34.11 
 
 
406 aa  162  8e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0630  Heme/copper membrane protein of NnrS family protein  30.9 
 
 
394 aa  162  1e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2847  NnrS family protein  34.2 
 
 
401 aa  161  3e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2336  NnrS family protein  34.2 
 
 
401 aa  160  3e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00114269  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4727  NnrS  32.16 
 
 
398 aa  158  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2901  NnrS family protein  31.74 
 
 
414 aa  157  3e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.81186  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0557  NnrS  34.48 
 
 
402 aa  157  3e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.042435  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0687  NnrS family protein  34.01 
 
 
403 aa  157  4e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0765  NnrS family protein  31.88 
 
 
409 aa  156  7e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.960663  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1288  hypothetical protein  32.99 
 
 
389 aa  155  1e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0467877  normal  0.017488 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1410  NnrS-like protein  34.03 
 
 
399 aa  152  1e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.124987  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3603  NnrS family protein  34.3 
 
 
403 aa  151  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.147714  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1227  NnrS family protein  32.49 
 
 
403 aa  150  3e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.25611  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29660  hypothetical protein  33.66 
 
 
397 aa  149  7e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6279  NnrS family protein  33.25 
 
 
403 aa  147  2e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.534482  normal  0.20499 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2105  NnrS family protein  33.09 
 
 
392 aa  147  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0196977  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1673  NnrS family protein  30.56 
 
 
408 aa  146  8e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.496066  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6821  putative membrane protein, NnrS-like protein  32.17 
 
 
403 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2362  NnrS family protein  32.58 
 
 
403 aa  143  5e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  7.03097e-08  decreased coverage  2.73343e-05 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1409  hypothetical protein  32.76 
 
 
424 aa  143  5e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.922088  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4999  NnrS  33.01 
 
 
405 aa  143  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.441301  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5307  putative heme/copper membrane protein  31.4 
 
 
401 aa  142  2e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0853882  normal  0.0678899 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2837  NnrS  31.83 
 
 
403 aa  141  2e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0722604  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2537  hypothetical protein  33.49 
 
 
388 aa  141  2e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0111068  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0648  NnrS  34.31 
 
 
393 aa  140  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.86713  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3182  NnrS family protein  30.12 
 
 
396 aa  140  4e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0827588  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1884  NnrS  33.5 
 
 
401 aa  140  5e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0526931  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4230  NnrS family protein  33.16 
 
 
404 aa  140  6e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2181  NnrS  34.78 
 
 
385 aa  140  6e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0307  NnrS family protein  33.07 
 
 
390 aa  137  3e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.799454  normal  0.0277833 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2560  NnrS family protein  33.42 
 
 
397 aa  137  4e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.12013  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1798  hypothetical protein  32.27 
 
 
406 aa  134  2e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.425687  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3791  NnrS  30.14 
 
 
409 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.527545  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1348  hypothetical protein  27.93 
 
 
417 aa  132  9e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0614  hypothetical protein  30.41 
 
 
406 aa  131  2e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1711  hypothetical protein  30.84 
 
 
398 aa  129  7e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.129457  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2398  hypothetical protein  30.84 
 
 
398 aa  129  7e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2891  hypothetical protein  30.84 
 
 
398 aa  129  7e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00927369  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0102  hypothetical protein  32.09 
 
 
418 aa  128  1e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.139814  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2701  heme/copper membrane protein  31.4 
 
 
398 aa  127  5e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0967  NnrS family protein  31.82 
 
 
397 aa  127  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2759  hypothetical protein  31.4 
 
 
398 aa  126  9e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2821  Heme/copper membrane protein  31.48 
 
 
398 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1524  NnrS family protein  33.25 
 
 
394 aa  125  2e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5672  NnrS family protein  32.9 
 
 
392 aa  124  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4275  NnrS  29.07 
 
 
401 aa  123  5e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2574  NnrS family protein  35.4 
 
 
392 aa  122  1e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00111099  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3399  hypothetical protein  33.82 
 
 
403 aa  121  2e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1006  NnrS family protein  32.82 
 
 
389 aa  119  1e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0347076  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3145  NnrS family protein  31.9 
 
 
394 aa  119  1e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0163982  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1810  hypothetical protein  30.79 
 
 
407 aa  118  2e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.427105  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4037  NnrS  30.77 
 
 
408 aa  118  3e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0227  NnrS family protein  35.19 
 
 
390 aa  117  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2807  Heme/copper membrane protein  30.83 
 
 
407 aa  116  8e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.817552  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2303  hypothetical protein  29.95 
 
 
432 aa  115  2e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2741  hypothetical protein  31.2 
 
 
442 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.300362  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2905  hypothetical protein  31.2 
 
 
407 aa  114  4e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2382  hypothetical protein  31.2 
 
 
407 aa  114  4e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.863987  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0630  hypothetical protein  31.2 
 
 
407 aa  114  4e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0446034  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2874  NnrS  28.11 
 
 
386 aa  113  5e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2683  hypothetical protein  31.2 
 
 
407 aa  114  5e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3859  NnrS family protein  30.58 
 
 
391 aa  112  1e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1235  NnrS  29.14 
 
 
403 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00575591  unclonable  3.01222e-08 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2159  NnrS family protein  32.56 
 
 
398 aa  110  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0400909  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3288  NnrS family protein  31.45 
 
 
404 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.451558  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3610  NnrS family protein  30.77 
 
 
404 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.84805  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2830  hypothetical protein  29.12 
 
 
409 aa  100  5e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.884704  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1515  NnrS family protein  29.69 
 
 
409 aa  99.8  9e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.329363  normal  0.0719715 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1465  NnrS family protein  28.87 
 
 
409 aa  97.1  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.185105  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4044  NnrS family protein  27.62 
 
 
504 aa  94  5e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.704595 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1119  NnrS  32.47 
 
 
396 aa  94  5e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>