More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3466 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3466  TonB-dependent receptor  100 
 
 
718 aa  1459    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2240  TonB-dependent siderophore receptor  32.17 
 
 
695 aa  316  8e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.778513 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4114  TonB-dependent receptor  32.66 
 
 
703 aa  309  1.0000000000000001e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4197  TonB-dependent receptor  32.91 
 
 
702 aa  305  2.0000000000000002e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0000540128  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4085  TonB-dependent receptor  33.05 
 
 
685 aa  303  1e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.141893  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4253  TonB-dependent receptor  29.91 
 
 
713 aa  301  3e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.90601  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4030  TonB-dependent receptor  30.83 
 
 
732 aa  295  1e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.667101 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2500  TonB-dependent receptor  30.07 
 
 
733 aa  283  6.000000000000001e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2522  TonB-dependent receptor  30.92 
 
 
700 aa  273  5.000000000000001e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.644124  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1722  TonB-dependent receptor  29.13 
 
 
767 aa  269  2e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0505  TonB-dependent receptor  30.36 
 
 
713 aa  262  2e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.742507 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4145  TonB-dependent receptor  28.87 
 
 
737 aa  234  4.0000000000000004e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072691  normal  0.786094 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  27.11 
 
 
715 aa  217  5e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2433  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 
704 aa  202  9.999999999999999e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.1738  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  26.28 
 
 
730 aa  197  4.0000000000000005e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0178  TonB-dependent receptor  24.75 
 
 
841 aa  197  6e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1066  TonB-dependent receptor  22.92 
 
 
844 aa  194  6e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.308413  normal  0.134897 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2033  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 
818 aa  193  9e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.795127  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  27.24 
 
 
761 aa  190  5.999999999999999e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0865  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 
720 aa  181  4e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0447976  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  27.01 
 
 
720 aa  179  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  25.13 
 
 
751 aa  176  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1583  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 
724 aa  173  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0230  TonB-dependent receptor  23.26 
 
 
729 aa  172  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  25.51 
 
 
732 aa  172  3e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4214  TonB-dependent receptor  27.29 
 
 
726 aa  167  5e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.760297  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3904  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 
762 aa  167  6.9999999999999995e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5243  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1776  TonB-dependent receptor  24.37 
 
 
734 aa  165  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00365566  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  25.17 
 
 
739 aa  166  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4826  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  25.41 
 
 
755 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0931  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 
747 aa  160  9e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.171223  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3080  TonB-dependent receptor  25.93 
 
 
710 aa  160  9e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1672  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 
853 aa  159  1e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0105669  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5045  TonB-dependent receptor  24.77 
 
 
726 aa  160  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0895856  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1574  TonB-dependent receptor  26.91 
 
 
695 aa  159  2e-37  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000898905  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  25.67 
 
 
759 aa  158  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1451  TonB-dependent receptor  23.61 
 
 
730 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.322984  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2088  TonB-dependent receptor  25.97 
 
 
764 aa  157  6e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.976356  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3635  TonB-dependent receptor, plug  26.48 
 
 
751 aa  157  6e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000221173  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0914  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 
802 aa  157  6e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0185  TonB-dependent receptor  24.56 
 
 
851 aa  157  7e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4274  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 
758 aa  156  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.021682  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  25.86 
 
 
776 aa  156  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1010  TonB-dependent receptor  26.21 
 
 
769 aa  155  2e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.797114 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01003  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 
758 aa  154  4e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000984291  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3348  TonB-dependent receptor  25 
 
 
747 aa  154  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3256  TonB-dependent receptor  26.8 
 
 
730 aa  153  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000366625  decreased coverage  0.0000730384 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2328  TonB-dependent receptor  25.7 
 
 
786 aa  153  1e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0681  TonB-dependent receptor  22.96 
 
 
690 aa  149  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0750  TonB-dependent receptor  23.22 
 
 
690 aa  150  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.921398  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4781  TonB-dependent receptor  25.07 
 
 
753 aa  149  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.211672 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2045  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 
787 aa  148  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.785428  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1828  TonB-dependent receptor  23.23 
 
 
712 aa  148  4.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000226653  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 
784 aa  148  4.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5256  TonB-dependent receptor  25.41 
 
 
731 aa  147  5e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.650389  hitchhiker  0.000349677 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  25 
 
 
790 aa  147  5e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3458  TonB-dependent receptor  27.34 
 
 
758 aa  147  6e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485472  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0250  TonB-dependent receptor  24.54 
 
 
741 aa  147  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.513773 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0155  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 
774 aa  147  7.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0214646  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6222  TonB-dependent receptor  26.17 
 
 
797 aa  147  9e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2075  TonB-dependent receptor, plug  26.52 
 
 
759 aa  145  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4302  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 
742 aa  145  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2380  TonB-dependent receptor  23.46 
 
 
748 aa  145  3e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.357323  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2500  TonB-dependent receptor  23.46 
 
 
757 aa  145  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0249349  hitchhiker  0.00279942 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0680  TonB-dependent receptor  25.27 
 
 
753 aa  144  6e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.915685  normal  0.983563 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2440  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 
688 aa  144  6e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0489256  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4173  TonB-dependent receptor  23.96 
 
 
763 aa  144  6e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.000000000121747  normal  0.086797 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2764  TonB-dependent receptor  25.07 
 
 
776 aa  144  7e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.700663 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0936  TonB-dependent receptor  26.08 
 
 
750 aa  144  8e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0939  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 
763 aa  144  8e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.549215  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  24.53 
 
 
761 aa  143  9e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0999  TonB-dependent receptor  24.45 
 
 
722 aa  143  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.285089  normal  0.123899 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4257  TonB-dependent receptor  24.22 
 
 
755 aa  143  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.737167 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1547  TonB-dependent receptor  24.73 
 
 
794 aa  143  9.999999999999999e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0831797 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1059  TonB-dependent receptor  24.69 
 
 
777 aa  143  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000502668  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0067  TonB-dependent receptor  23.66 
 
 
726 aa  142  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0250  TonB-dependent receptor  25.19 
 
 
763 aa  142  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3771  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 
794 aa  142  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000982846  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0484  TonB-dependent receptor  25.5 
 
 
723 aa  142  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1539  TonB-dependent receptor  23.93 
 
 
735 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000217846  hitchhiker  0.00247373 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2517  TonB-dependent receptor  23.09 
 
 
809 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1664  TonB-dependent receptor  25.25 
 
 
797 aa  141  3.9999999999999997e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0665  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 
758 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0521  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 
758 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.466347  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1526  TonB-dependent receptor  23.63 
 
 
733 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208571  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 
803 aa  141  3.9999999999999997e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2368  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 
712 aa  140  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.59256  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2300  TonB-dependent receptor  24.76 
 
 
730 aa  140  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000740519  hitchhiker  0.000350666 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3282  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 
758 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.166859 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1688  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 
774 aa  140  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1022  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 
717 aa  140  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.0859542 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0007  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 
641 aa  139  2e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1672  TonB-dependent receptor  24.61 
 
 
761 aa  139  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.295189  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3941  TonB-dependent receptor  23.03 
 
 
792 aa  139  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.78272 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2601  TonB-dependent receptor  24.94 
 
 
789 aa  139  2e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.889408  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  24.09 
 
 
766 aa  139  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2310  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 
732 aa  139  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0299343  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 
765 aa  138  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 
761 aa  138  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2161  TonB-dependent receptor  25.7 
 
 
729 aa  137  5e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.800649 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>