More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3414 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3414  TonB-dependent receptor  100 
 
 
687 aa  1387    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3918  TonB-dependent receptor  46.13 
 
 
681 aa  588  1e-166  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0796  TonB-dependent receptor  35.32 
 
 
649 aa  399  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0550386  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3532  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  37.63 
 
 
657 aa  385  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.339275  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06114  hypothetical protein  36.49 
 
 
490 aa  297  5e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1746  TonB-dependent receptor  29.03 
 
 
668 aa  253  8.000000000000001e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1602  TonB-dependent receptor, plug  29.84 
 
 
652 aa  221  3.9999999999999997e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.218944 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0996  enterobactin receptor VctA  27.02 
 
 
659 aa  217  5e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000420276  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1519  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  28.17 
 
 
677 aa  213  7.999999999999999e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000326  enterobactin receptor VctA  26.56 
 
 
668 aa  213  7.999999999999999e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000334593  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3030  putaive Fe-regulated protein B precursor  26.48 
 
 
693 aa  208  2e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000310305  hitchhiker  0.000241006 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1564  TonB-dependent receptor  27.88 
 
 
654 aa  194  4e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.364337  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1912  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  26.79 
 
 
697 aa  189  1e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0648198 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1906  TonB-dependent receptor  29.08 
 
 
693 aa  188  3e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2610  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 
665 aa  174  5e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.846582 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1239  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  26.34 
 
 
646 aa  174  5.999999999999999e-42  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0389  TonB-dependent receptor  28.44 
 
 
667 aa  173  6.999999999999999e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1945  TonB-dependent receptor, plug  34.75 
 
 
300 aa  173  1e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.583164  normal  0.445387 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2159  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 
684 aa  162  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0966  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.6 
 
 
696 aa  159  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.942987  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0435  heavy metal transport/detoxification protein  26.39 
 
 
668 aa  158  3e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0859  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  25.51 
 
 
676 aa  152  2e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.32697  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3235  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.13 
 
 
695 aa  152  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000386167  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4004  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.53 
 
 
681 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.371484 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3327  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.03 
 
 
688 aa  148  4.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0926253  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3338  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.6 
 
 
696 aa  147  5e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000719833  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3669  heme transport protein  24.5 
 
 
697 aa  147  6e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1054  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.86 
 
 
696 aa  142  3e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000147815  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1021  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.93 
 
 
696 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000037848  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0790  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  25.67 
 
 
690 aa  139  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000110471  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0296  TonB-dependent receptor  26.12 
 
 
652 aa  138  4e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1306  iron-regulated outer membrane protein  24.2 
 
 
692 aa  137  9.999999999999999e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000656516  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0952  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.73 
 
 
696 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000391517  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2622  TonB-dependent receptor plug  27.67 
 
 
743 aa  134  5e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00560047  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4401  TonB-dependent receptor  35.06 
 
 
756 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.78723  normal  0.0995472 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1190  TonB dependent receptor domain-containing protein  24.77 
 
 
661 aa  131  4.0000000000000003e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0340628  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1093  TonB dependent receptor domain-containing protein  24.62 
 
 
654 aa  130  7.000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0387  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 
683 aa  129  2.0000000000000002e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.84983  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4268  GntR domain-containing protein  24.33 
 
 
644 aa  127  9e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3784  TonB-dependent receptor  24.62 
 
 
644 aa  117  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.60396 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05789  hypothetical protein  25.03 
 
 
712 aa  117  6.9999999999999995e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3056  TonB dependent-iron siderophore receptor  34.48 
 
 
644 aa  114  9e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4195  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  35.22 
 
 
849 aa  105  4e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2296  TonB-dependent receptor  28.57 
 
 
752 aa  104  6e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.339438 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3446  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.55 
 
 
717 aa  103  9e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.494808  decreased coverage  0.00031135 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1440  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.13 
 
 
685 aa  103  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0111178  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2503  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  27.63 
 
 
744 aa  100  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.955771  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1943  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 
374 aa  99.8  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.330013  normal  0.348823 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1973  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  25.83 
 
 
783 aa  98.2  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.41369  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2415  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.08 
 
 
779 aa  98.2  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1381  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.95 
 
 
739 aa  98.2  5e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1397  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.95 
 
 
739 aa  96.7  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2957  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.95 
 
 
739 aa  96.3  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.910627 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1420  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.39 
 
 
739 aa  95.5  3e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.330075  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0672  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.16 
 
 
694 aa  95.1  3e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.41127  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  24.65 
 
 
628 aa  93.2  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1308  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.55 
 
 
737 aa  90.9  7e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000158  TonB-dependent heme and hemoglobin receptor HutA  33.04 
 
 
693 aa  90.5  9e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00497898  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1017  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.85 
 
 
704 aa  90.1  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0112436  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4191  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.52 
 
 
734 aa  89.4  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.398881  normal  0.278972 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2354  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  22.57 
 
 
778 aa  89.7  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.548378  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1580  TonB-dependent heme receptor  24.19 
 
 
737 aa  89  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2862  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.49 
 
 
737 aa  88.6  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0664764 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  24.14 
 
 
617 aa  88.2  5e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0162  TonB-dependent iron siderophore receptor  27.03 
 
 
778 aa  87.4  8e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1603  TonB-dependent receptor, plug  32.22 
 
 
771 aa  86.7  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0535477  unclonable  0.000000514373 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0519  heme transport protein HutA  35.11 
 
 
698 aa  85.9  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  23.73 
 
 
618 aa  84  0.000000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4591  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  27 
 
 
743 aa  83.6  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.880102  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004277  TonB-dependent heme receptor  28.36 
 
 
730 aa  83.2  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1858  heme transport protein HugA  24.56 
 
 
683 aa  83.2  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1110  TonB-dependent receptor domain-containing protein  22.53 
 
 
716 aa  83.2  0.00000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1599  TonB-dependent receptor, plug  30.56 
 
 
800 aa  80.1  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000304489  unclonable  0.000000404036 
 
 
 
NC_009832  Spro_2169  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  27.45 
 
 
694 aa  79  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.108589 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2132  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  25.29 
 
 
689 aa  78.6  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100193  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  21.88 
 
 
631 aa  77.8  0.0000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  21.89 
 
 
631 aa  75.5  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001257  TonB-dependent heme receptor HutR  22.1 
 
 
712 aa  75.1  0.000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.299412  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0719  TonB-dependent receptor, putative  24.41 
 
 
747 aa  74.3  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4089  putative heme utilization protein precursor  35.53 
 
 
851 aa  73.9  0.000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4379  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  26.42 
 
 
861 aa  73.9  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.237409 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47380  putative heme utilization protein precursor  35.53 
 
 
851 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0440985  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  22.71 
 
 
631 aa  73.6  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3623  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  22.9 
 
 
669 aa  72.8  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0728  hemin receptor, outer membrane protein  27.45 
 
 
314 aa  73.2  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.403402  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0645  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  23.46 
 
 
750 aa  72.8  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0446508  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1720  heme uptake outer membrane receptor HasR precursor  22.5 
 
 
885 aa  73.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95463  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00261  phosphatidylglycerophosphatase  22.47 
 
 
617 aa  72  0.00000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  23.7 
 
 
616 aa  71.6  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1111  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  24.17 
 
 
754 aa  71.6  0.00000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.192516 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0347  TonB-dependent receptor, plug  28.37 
 
 
670 aa  71.2  0.00000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4510  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  21.76 
 
 
867 aa  70.9  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.531112  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1741  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.08 
 
 
661 aa  69.3  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000016514  normal  0.0458944 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20010  heme uptake outer membrane receptor HasR precursor  23.26 
 
 
891 aa  69.7  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0486368  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0855  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  30 
 
 
714 aa  69.3  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.842782 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3699  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  34.51 
 
 
1186 aa  69.3  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0724462  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.26 
 
 
623 aa  68.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0159  TonB-dependent receptor  21.38 
 
 
709 aa  67.8  0.0000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0650  hemin receptor precursor  25.58 
 
 
676 aa  67.8  0.0000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.332086 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62350  putative haem/haemoglobin uptake outer membrane receptor PhuR precursor  21.57 
 
 
764 aa  67.4  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>