More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3412 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3412  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
471 aa  972    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3533  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  52.73 
 
 
449 aa  469  1.0000000000000001e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00670789  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0795  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  52.04 
 
 
444 aa  463  1e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3919  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  47.84 
 
 
448 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.370556  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06113  histidine kinase  41.56 
 
 
446 aa  380  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1652  sensor histidine kinase  32.98 
 
 
458 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.736934  normal  0.804947 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1214  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.75 
 
 
463 aa  251  3e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1732  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.88 
 
 
445 aa  246  8e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.268392  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1254  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.78 
 
 
457 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.877162  hitchhiker  0.000367617 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4065  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.14 
 
 
463 aa  243  5e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.860107  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4220  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  33.18 
 
 
472 aa  239  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345357  normal  0.151496 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37040  sensory histidine protein kinase, two component  35.91 
 
 
443 aa  236  6e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.550956  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0578  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.68 
 
 
448 aa  230  4e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.317662  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0567  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.05 
 
 
442 aa  222  9e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0533  sensor protein PfeS  33.18 
 
 
442 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3963  two-component sensor PfeS  32.91 
 
 
446 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29360  two-component sensor PfeS  32.49 
 
 
446 aa  221  3e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.124674  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0584  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.19 
 
 
448 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4580  sensor protein PfeS  31.41 
 
 
446 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.193076  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52240  two-component sensor  30.84 
 
 
445 aa  211  3e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.332832 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0675  Signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 
459 aa  198  2.0000000000000003e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000458656  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1314  sensor histidine kinase CpxA  37.11 
 
 
449 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.20791e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2752  sensor histidine kinase CpxA  37.11 
 
 
449 aa  195  2e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510804  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0051  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.81 
 
 
389 aa  192  1e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1425  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.79 
 
 
449 aa  191  2.9999999999999997e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00554351  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4461  histidine kinase  35.06 
 
 
452 aa  187  4e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1604  sensor histidine kinase  26.02 
 
 
455 aa  177  3e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1392  sensor histidine kinase  26.02 
 
 
455 aa  177  4e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000850  probable two-component system sensor kinase  27.19 
 
 
457 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0135797  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2573  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.79 
 
 
421 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.236887 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31140  sensory histidine protein kinase  37.38 
 
 
412 aa  171  2e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0370261  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0705  sensor histidine kinase  35.59 
 
 
381 aa  172  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.529031 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3770  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.63 
 
 
449 aa  171  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00735278  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.73 
 
 
458 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00578995  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.73 
 
 
454 aa  171  3e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.018475  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0252  ATPase domain-containing protein  32.63 
 
 
449 aa  171  3e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00902295  hitchhiker  0.0000000026524 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0255  histidine kinase  32.73 
 
 
458 aa  171  3e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.126812  decreased coverage  0.0000137847 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0251  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.34 
 
 
449 aa  170  5e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00216243  hitchhiker  0.000495811 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3845  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.52 
 
 
454 aa  169  7e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.340802  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3371  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.63 
 
 
419 aa  169  9e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.335551  normal  0.20337 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2387  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.63 
 
 
420 aa  169  9e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235334  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1749  sensor protein CpxA  32.92 
 
 
472 aa  168  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0671148  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0253  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.43 
 
 
458 aa  168  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0323249  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2007  putative two-component system sensor kinase  27.57 
 
 
471 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0750477  hitchhiker  0.00355536 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3462  ATP-binding region, ATPase-like protein  34.73 
 
 
471 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.015081  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3274  histidine kinase  33.44 
 
 
465 aa  166  9e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000371883  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3451  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.77 
 
 
442 aa  166  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000191939 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3194  histidine kinase  33.07 
 
 
480 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3433  sensor protein CpxA  30.49 
 
 
453 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0911326  normal  0.239328 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4478  sensor protein CpxA  33.45 
 
 
449 aa  163  6e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06762  histidine kinase  28.99 
 
 
457 aa  162  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0772  histidine kinase  32.08 
 
 
456 aa  162  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000128087  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0310  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.49 
 
 
466 aa  162  1e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.445983  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1009  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.49 
 
 
455 aa  161  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2596  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.21 
 
 
457 aa  161  2e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.338905 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2278  sensor histidine kinase  33.23 
 
 
465 aa  160  3e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0988  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.69 
 
 
467 aa  161  3e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00659588  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0366  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.11 
 
 
449 aa  160  4e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00215301  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0715  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.86 
 
 
445 aa  159  8e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3792  sensor histidine kinase  31.05 
 
 
416 aa  158  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00122531 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3186  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.11 
 
 
469 aa  157  5.0000000000000005e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2624  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.75 
 
 
435 aa  154  4e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000009971 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6516  histidine kinase  30.45 
 
 
429 aa  152  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0252048 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1866  putative two-component system sensor kinase  28.18 
 
 
468 aa  151  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3934  histidine kinase  31.23 
 
 
458 aa  150  5e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000220344  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4372  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.22 
 
 
429 aa  149  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3571  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.11 
 
 
455 aa  149  9e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382959  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2868  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.67 
 
 
439 aa  148  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03089  two-component transmembrane sensor kinase transcription regulator protein  34.23 
 
 
365 aa  144  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.435396 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0278  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.22 
 
 
455 aa  143  7e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000416507  hitchhiker  0.00000000404182 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4561  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.12 
 
 
440 aa  142  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.102367  normal  0.107463 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4320  histidine kinase  31.27 
 
 
518 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0320579 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4210  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.27 
 
 
518 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1625  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.71 
 
 
570 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0194  two-component system sensor protein, histidine kinase  26.21 
 
 
461 aa  139  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0627121  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0280  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.18 
 
 
459 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000534801  unclonable  0.0000000336351 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1477  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33 
 
 
459 aa  135  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000762888  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4456  two-component sensor protein  31.83 
 
 
457 aa  134  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.874205  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4073  histidine kinase  31.49 
 
 
457 aa  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4142  two-component sensor protein  31.49 
 
 
457 aa  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4445  two-component sensor protein  31.49 
 
 
457 aa  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5366  two-component sensor protein  31.49 
 
 
457 aa  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.135229  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4106  two-component sensor protein  31.49 
 
 
457 aa  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.860273  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4304  two-component sensor protein  31.49 
 
 
457 aa  133  6.999999999999999e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.335985  hitchhiker  0.00831139 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03797  two-component sensor protein  31.49 
 
 
457 aa  132  9e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.197394  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4391  two-component sensor protein  31.49 
 
 
457 aa  132  9e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03746  hypothetical protein  31.49 
 
 
457 aa  132  9e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.228988  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4505  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.95 
 
 
446 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0126885  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4389  two-component sensor protein  31.49 
 
 
457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4275  two-component sensor protein  31.49 
 
 
457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4345  two-component sensor protein  31.49 
 
 
457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000360495 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4304  two-component sensor protein  31.49 
 
 
457 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3851  two-component sensor protein  33.22 
 
 
456 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.257653  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1481  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  30.65 
 
 
446 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0335199  normal  0.0698163 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4061  two-component sensor protein  31.14 
 
 
457 aa  130  6e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000114618  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4034  two-component sensor protein  32.18 
 
 
456 aa  129  8.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1308  signal transduction histidine-protein kinase BaeS  30.23 
 
 
457 aa  129  8.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15590  periplasmic sensory histidine protein kinase  31.9 
 
 
446 aa  129  9.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506473  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00937  sensor histidine kinase  24.89 
 
 
458 aa  129  1.0000000000000001e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000560614  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4133  two-component sensor protein  32.64 
 
 
458 aa  128  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000603711  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>