More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3411 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3411  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 229 aa  473  1e-132  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0794  two component transcriptional regulator  53.71 
 
 		 232 aa  262  4e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.665518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3534  two component transcriptional regulator  55.8 
 
 		 234 aa  243  1.9999999999999999e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920223  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3920  two component transcriptional regulator  53.1 
 
 		 232 aa  237  1e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06112  transcriptional regulatory protein CpxR  51.1 
 
 		 252 aa  225  5.0000000000000005e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4221  two component transcriptional regulator  45.95 
 
 		 240 aa  206  4e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.430301  normal  0.246318 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  46.85 
 
 		 228 aa  193  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1213  two component transcriptional regulator  42.61 
 
 		 252 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1731  two component transcriptional regulator  43.11 
 
 		 236 aa  190  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.135854  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1651  winged helix family two component transcriptional regulator  43.81 
 
 		 272 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.514526  normal  0.527007 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4066  two component transcriptional regulator  42.37 
 
 		 253 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1253  two component transcriptional regulator  42.02 
 
 		 253 aa  185  5e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85938  hitchhiker  0.000294124 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4581  two-component response regulator  42.31 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382311  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3962  two-component response regulator PfeR  40.62 
 
 		 240 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52250  two-component response regulator  40.97 
 
 		 239 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.220903 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3461  response regulator receiver  48.43 
 
 		 226 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1750  transcriptional regulatory protein CpxR  40.34 
 
 		 242 aa  178  5.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000216865  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0279  two component transcriptional regulator  48.88 
 
 		 227 aa  177  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000622263  unclonable  0.000000000101633 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3570  two component transcriptional regulator  46.4 
 
 		 227 aa  177  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000660562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0585  two component transcriptional regulator  38.91 
 
 		 230 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0579  two component transcriptional regulator  39.46 
 
 		 230 aa  174  7e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37050  Two-component response regulator  45.58 
 
 		 233 aa  174  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.246304  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0568  two component transcriptional regulator  38.57 
 
 		 230 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3432  response regulator receiver protein  45.25 
 
 		 228 aa  172  5e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000345172  normal  0.351937 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0534  winged helix family two component transcriptional regulator  38.57 
 
 		 230 aa  171  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3933  two component transcriptional regulator  45.74 
 
 		 227 aa  170  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000956729  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0281  two component transcriptional regulator  45.25 
 
 		 227 aa  169  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000215794  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0128  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  39.56 
 
 		 232 aa  167  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.3237  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0136  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  39.56 
 
 		 232 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2279  DNA-binding response regulator  40.54 
 
 		 238 aa  164  9e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  36.94 
 
 		 229 aa  161  7e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  38.39 
 
 		 229 aa  161  9e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000572967  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0419  two component transcriptional regulator  36.28 
 
 		 229 aa  160  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0676  two comoponent transcriptional regulator  39.3 
 
 		 231 aa  159  2e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021656  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0109  response regulator receiver  37.17 
 
 		 225 aa  160  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000662688  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0097  two component transcriptional regulator  36 
 
 		 225 aa  159  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00144432  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  40.61 
 
 		 226 aa  159  4e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  40.61 
 
 		 226 aa  159  5e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  38.46 
 
 		 228 aa  159  5e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000005667  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0261  two component transcriptional regulator  46.4 
 
 		 228 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000361731  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4562  two component transcriptional regulator  35.71 
 
 		 247 aa  157  2e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.488322  normal  0.0982939 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4428  DNA-binding response regulator  36.44 
 
 		 225 aa  156  3e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4477  transcriptional regulatory protein CpxR  46.4 
 
 		 228 aa  156  3e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0254  two component transcriptional regulator  45.95 
 
 		 228 aa  156  3e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000326652  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0252  two component transcriptional regulator  46.4 
 
 		 228 aa  155  4e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000571082  hitchhiker  0.000346333 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3769  two component transcriptional regulator  46.4 
 
 		 228 aa  155  4e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000556998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3185  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 231 aa  155  4e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.729743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0253  two component transcriptional regulator  46.4 
 
 		 228 aa  155  4e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000454029  hitchhiker  0.00000000189127 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0261  two component transcriptional regulator  45.95 
 
 		 228 aa  155  6e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000347248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0256  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.95 
 
 		 228 aa  155  7e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000272342  decreased coverage  0.0000106333 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0281  two component transcriptional regulator  37.33 
 
 		 225 aa  155  7e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000001543 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3740  two component transcriptional regulator  37.33 
 
 		 225 aa  155  7e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.026682 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0282  two component transcriptional regulator  37.33 
 
 		 225 aa  155  7e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.919503  hitchhiker  0.00000025705 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00535  Transcriptional regulatory protein CpxR  37.95 
 
 		 247 aa  154  1e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.774728  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0367  two component transcriptional regulator  46.4 
 
 		 228 aa  154  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000100212  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4757  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.84 
 
 		 223 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0878196  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3410  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.84 
 
 		 223 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4106  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.84 
 
 		 223 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2869  two component transcriptional regulator  38.01 
 
 		 222 aa  154  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.643015  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  35.68 
 
 		 227 aa  153  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1718  response regulator receiver protein  36.44 
 
 		 224 aa  152  4e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0955826  normal  0.0525727 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.05 
 
 		 235 aa  152  5e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  35.4 
 
 		 230 aa  152  5e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0293  two component transcriptional regulator  34.67 
 
 		 225 aa  151  7e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.973428  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0286  two component transcriptional regulator  34.67 
 
 		 225 aa  151  7e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0298  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.67 
 
 		 225 aa  151  7e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.77813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0294  two component transcriptional regulator  34.67 
 
 		 225 aa  151  8e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0016  two component transcriptional regulator  37.89 
 
 		 262 aa  151  8.999999999999999e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0224  two component transcriptional regulator  34.23 
 
 		 226 aa  151  8.999999999999999e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.175792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2084  DNA-binding heavy metal response regulator  38.29 
 
 		 230 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000771382  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0510  two component transcriptional regulator  36.8 
 
 		 234 aa  150  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2192  two component heavy metal response transcriptional regulator  38.29 
 
 		 230 aa  151  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6295  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.94 
 
 		 223 aa  150  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.803537  normal  0.219108 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2480  DNA-binding heavy metal response regulator  38.29 
 
 		 230 aa  151  1e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000187636  normal  0.518539 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000851  probable transcriptional regulator SyrB  36.61 
 
 		 221 aa  150  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00675785  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4110  two component transcriptional regulator  35.56 
 
 		 225 aa  150  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3571  two component transcriptional regulator  38.22 
 
 		 232 aa  150  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000262211  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2306  two component transcriptional regulator  37.2 
 
 		 225 aa  150  2e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4798  two component transcriptional regulator  36.12 
 
 		 230 aa  149  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.358461 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06763  transcriptional regulatory protein CpxR  36.16 
 
 		 221 aa  149  3e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1554  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.96 
 
 		 229 aa  149  3e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709514 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0130  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.08 
 
 		 224 aa  149  3e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00147609  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0397  two component transcriptional regulator  35.11 
 
 		 225 aa  149  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5186  two component heavy metal response transcriptional regulator  36.04 
 
 		 223 aa  149  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  34.08 
 
 		 226 aa  149  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4392  two component transcriptional regulator  35.56 
 
 		 225 aa  149  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0025821  decreased coverage  0.00000564878 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0189  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.92 
 
 		 231 aa  149  4e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.364869 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1713  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.84 
 
 		 227 aa  148  5e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3349  two component heavy metal response transcriptional regulator  35.59 
 
 		 223 aa  148  6e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4783  two component transcriptional regulator  36 
 
 		 225 aa  148  7e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000784885  unclonable  0.00000000984925 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4516  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 225 aa  148  7e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2387  two component transcriptional regulator  35.5 
 
 		 229 aa  148  8e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00115026  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4276  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  37.78 
 
 		 232 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.85215 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  35.56 
 
 		 232 aa  147  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4346  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  37.78 
 
 		 232 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.591439  hitchhiker  0.0000000817459 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  37.78 
 
 		 232 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4060  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  37.33 
 
 		 232 aa  147  1.0000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000252632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4390  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  37.78 
 
 		 232 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.918423  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4457  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  37.78 
 
 		 232 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1599  two component transcriptional regulator  37 
 
 		 228 aa  146  2.0000000000000003e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118902  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>