150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3368 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4077  TonB-dependent receptor, putative  57.24 
 
 		 708 aa  813    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0539  TonB-dependent receptor  57.37 
 
 		 708 aa  842    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3368  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 717 aa  1488    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3454  TonB-dependent receptor  56.92 
 
 		 713 aa  809    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0496  TonB-dependent receptor  56.64 
 
 		 713 aa  805    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2202  TonB-dependent receptor  56.72 
 
 		 714 aa  818    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.113523  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3630  TonB-dependent receptor  56.36 
 
 		 713 aa  805    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3233  TonB-dependent receptor, putative  51.35 
 
 		 701 aa  722    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.88155  normal  0.66393 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3804  TonB-dependent receptor  57.08 
 
 		 713 aa  839    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0595  TonB-dependent receptor  55.68 
 
 		 713 aa  825    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0513  TonB-dependent receptor  57.22 
 
 		 713 aa  838    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0534  TonB-dependent receptor  57.08 
 
 		 713 aa  821    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2653  TonB-dependent receptor  39.94 
 
 		 716 aa  520  1e-146  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2848  TonB-dependent receptor  36.02 
 
 		 729 aa  435  1e-120  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4299  TonB-dependent receptor  36.25 
 
 		 766 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.570809  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2027  TonB-dependent receptor  35.45 
 
 		 769 aa  412  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0554382  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3198  TonB-dependent receptor  33.63 
 
 		 766 aa  405  1e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3750  TonB-dependent receptor  35.95 
 
 		 741 aa  405  1e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0422  TonB-dependent receptor  35.15 
 
 		 744 aa  404  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328306  normal  0.298969 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0965  TonB-dependent receptor  33.89 
 
 		 773 aa  399  9.999999999999999e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.195804  normal  0.489685 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2221  TonB-dependent receptor  32.39 
 
 		 793 aa  398  1e-109  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0217178  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0465  TonB-dependent receptor  35.44 
 
 		 758 aa  399  1e-109  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0763  TonB-dependent receptor  34.78 
 
 		 721 aa  395  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.72696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4088  TonB-dependent receptor  34.28 
 
 		 750 aa  395  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0619  TonB-dependent receptor  33.66 
 
 		 767 aa  376  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2688  TonB-dependent receptor protein  32.82 
 
 		 772 aa  372  1e-101  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.96874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2193  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 780 aa  357  5.999999999999999e-97  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.968767  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0440  TonB-dependent receptor, putative  30.99 
 
 		 775 aa  355  2e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0484  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 749 aa  167  5e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698636  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0541  TonB-dependent receptor  23.89 
 
 		 718 aa  165  2.0000000000000002e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3340  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 		 685 aa  161  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.365151 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03808  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 		 705 aa  157  9e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0303  TonB-dependent receptor  22.98 
 
 		 681 aa  124  6e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1053  TonB-dependent receptor  22.89 
 
 		 705 aa  115  3e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  22.83 
 
 		 698 aa  108  3e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1564  TonB-dependent receptor  22.39 
 
 		 697 aa  100  8e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.298375  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0377  TonB-dependent receptor  22.13 
 
 		 661 aa  88.6  3e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.337812  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1606  TonB-dependent receptor  21.86 
 
 		 696 aa  87  0.000000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.00000000000872297  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1325  TonB-dependent copper receptor  23.77 
 
 		 719 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2982  TonB dependent receptor, putative  20.5 
 
 		 699 aa  82.4  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15070  outer membrane copper receptor OprC  23.37 
 
 		 723 aa  81.3  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0127729 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3452  TonB-dependent receptor  21.87 
 
 		 699 aa  80.1  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3560  TonB-dependent copper receptor  21.28 
 
 		 695 aa  79.7  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0655  TonB-dependent receptor  22.2 
 
 		 768 aa  77.8  0.0000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0677  TonB-dependent receptor  20.73 
 
 		 672 aa  74.7  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0620216  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2133  TonB-dependent receptor  20.45 
 
 		 760 aa  70.5  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.207681  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0619  TonB-dependent receptor  19.49 
 
 		 673 aa  70.1  0.0000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.000000000412727  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4607  TonB-dependent copper receptor  21.44 
 
 		 724 aa  67.4  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0702651  normal  0.0726755 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0512  TonB-dependent receptor  20.94 
 
 		 702 aa  67  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0165393  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0517  TonB-dependent receptor  20.83 
 
 		 702 aa  65.1  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.392314  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2293  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 685 aa  64.7  0.000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0966  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  22.48 
 
 		 696 aa  62.8  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.942987  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0519  heme transport protein HutA  22.87 
 
 		 698 aa  63.2  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0425  TonB-dependent receptor domain-containing protein  25 
 
 		 625 aa  62.4  0.00000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00623502  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0999  nosA protein, putative  20.7 
 
 		 676 aa  60.8  0.00000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3292  TonB-dependent copper receptor  28.26 
 
 		 709 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.49865 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3205  TonB-dependent copper receptor  26.41 
 
 		 687 aa  60.5  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.742642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3808  TonB-dependent copper receptor  28.26 
 
 		 687 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.494445  normal  0.660377 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0484  TonB-dependent receptor  20.11 
 
 		 702 aa  59.3  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.766292  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4452  TonB-dependent copper receptor  23.75 
 
 		 710 aa  60.1  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.876031  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3914  TonB-dependent copper receptor  23.75 
 
 		 710 aa  60.1  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3613  TonB-dependent copper receptor  23.75 
 
 		 710 aa  60.1  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2591  hemin receptor precursor, TonB-dependent outer membrane uptake protein  25 
 
 		 687 aa  58.9  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.125278 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3953  TonB-dependent copper receptor OprC  31.08 
 
 		 681 aa  58.9  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2454  TonB-dependent copper receptor  28.47 
 
 		 684 aa  59.3  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.119589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0239  TonB-dependent copper receptor  31.08 
 
 		 681 aa  58.5  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1392  TonB-dependent copper receptor  31.03 
 
 		 691 aa  58.5  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3712  TonB-dependent copper receptor OprC  31.08 
 
 		 686 aa  58.2  0.0000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0252  TonB-dependent receptor  26.59 
 
 		 663 aa  57  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.945527  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3427  TonB-dependent copper receptor  26.45 
 
 		 698 aa  57  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.40271  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3668  TonB-dependent copper receptor  29.58 
 
 		 686 aa  57  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.743452  normal  0.496513 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3383  TonB-dependent receptor, plug  25.91 
 
 		 758 aa  56.6  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4075  TonB-dependent copper receptor  26.45 
 
 		 725 aa  56.6  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0043  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 		 684 aa  56.6  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3338  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  22.11 
 
 		 696 aa  56.2  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000719833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4157  TonB-dependent copper receptor  23.36 
 
 		 667 aa  56.6  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4669  TonB-dependent copper receptor  28.26 
 
 		 713 aa  56.2  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0923349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4894  TonB-dependent copper receptor  28.99 
 
 		 688 aa  56.6  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.386711  normal  0.630866 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0638  TonB-dependent copper receptor  22.92 
 
 		 753 aa  55.5  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4838  TonB-dependent copper receptor  28.26 
 
 		 688 aa  55.1  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.412488 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4630  TonB-dependent copper receptor  26.7 
 
 		 688 aa  55.1  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.102852 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2321  TonB-dependent receptor, putative  22.26 
 
 		 709 aa  54.7  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493897  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0427  TonB-dependent copper receptor  25.36 
 
 		 745 aa  54.7  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1806  TonB-dependent copper receptor  25.36 
 
 		 745 aa  54.7  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0477  TonB-dependent copper receptor  25.36 
 
 		 745 aa  54.7  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.157724  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4716  TonB-dependent copper receptor  28.26 
 
 		 688 aa  55.1  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.129936 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40090  outer membrane copper transport protein  29.93 
 
 		 726 aa  54.7  0.000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0452  TonB-dependent copper receptor  24.26 
 
 		 662 aa  54.7  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0821  TonB-dependent copper receptor  25.36 
 
 		 749 aa  54.3  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2507  TonB-dependent copper receptor  25.36 
 
 		 745 aa  54.3  0.000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2368  TonB-dependent copper receptor  25.36 
 
 		 749 aa  54.3  0.000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.468955  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1476  TonB-dependent receptor  19.15 
 
 		 668 aa  53.1  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3408  TonB-dependent copper receptor  25.15 
 
 		 668 aa  52.4  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.233269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2981  TonB-dependent copper receptor  29.49 
 
 		 669 aa  52.4  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.724806  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0630  TonB-dependent receptor  24.54 
 
 		 668 aa  51.6  0.00005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0622  TonB-dependent copper receptor  24.54 
 
 		 668 aa  51.6  0.00005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0185  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  27.8 
 
 		 728 aa  51.2  0.00006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0848528 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0596  TonB-dependent copper receptor  31.93 
 
 		 710 aa  50.8  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.834175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4218  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  25.88 
 
 		 862 aa  50.8  0.00009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3695  outer membrane insertion C-terminal signal  25.95 
 
 		 758 aa  50.4  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.122908 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>