More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3367 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 230 aa  471  1e-132  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  45.37 
 
 		 229 aa  208  5e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.77 
 
 		 237 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.29 
 
 		 237 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 233 aa  162  3e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  40 
 
 		 227 aa  161  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  36.44 
 
 		 251 aa  153  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  36.44 
 
 		 251 aa  153  2e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  36.44 
 
 		 251 aa  153  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  36.44 
 
 		 251 aa  153  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  36.44 
 
 		 251 aa  153  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  36.82 
 
 		 228 aa  151  7e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 227 aa  150  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  36.44 
 
 		 266 aa  150  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 235 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.17 
 
 		 243 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.17 
 
 		 243 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  36.15 
 
 		 228 aa  142  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.24 
 
 		 234 aa  142  6e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 235 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 235 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 235 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  35.11 
 
 		 239 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 239 aa  140  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 235 aa  138  7e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 235 aa  137  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.44 
 
 		 239 aa  135  7.000000000000001e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  36 
 
 		 235 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 237 aa  132  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  30.09 
 
 		 226 aa  131  9e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.29 
 
 		 224 aa  129  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 239 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.98 
 
 		 243 aa  126  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.82 
 
 		 239 aa  126  3e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.31 
 
 		 232 aa  126  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 228 aa  125  6e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 260 aa  124  8.000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.08 
 
 		 230 aa  124  8.000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 239 aa  124  9e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 226 aa  124  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 241 aa  123  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 239 aa  122  5e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.8 
 
 		 230 aa  122  6e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  29.74 
 
 		 247 aa  122  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.8 
 
 		 230 aa  122  6e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 239 aa  121  9e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 278 aa  120  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 241 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 225 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  30.18 
 
 		 226 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 234 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 226 aa  118  7e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.39 
 
 		 236 aa  118  9e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  30.18 
 
 		 243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.87 
 
 		 224 aa  115  5e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.37 
 
 		 226 aa  115  6.9999999999999995e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 239 aa  114  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  28 
 
 		 239 aa  113  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  26.79 
 
 		 231 aa  112  7.000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  28.32 
 
 		 228 aa  109  3e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 226 aa  109  3e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  28.92 
 
 		 220 aa  109  4.0000000000000004e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.11 
 
 		 228 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.05 
 
 		 228 aa  106  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  30 
 
 		 224 aa  106  4e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.67 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 225 aa  103  2e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.22 
 
 		 225 aa  103  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  27.35 
 
 		 225 aa  102  7e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2085  cyclic nucleotide binding protein  27.8 
 
 		 238 aa  100  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 222 aa  101  1e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.7 
 
 		 242 aa  99.8  3e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 227 aa  98.2  9e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.24 
 
 		 231 aa  97.1  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.78 
 
 		 225 aa  96.3  3e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.64 
 
 		 225 aa  95.1  9e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.89 
 
 		 258 aa  94.4  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.34 
 
 		 224 aa  94.7  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3029  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 228 aa  94.4  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 258 aa  94.4  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  27.57 
 
 		 225 aa  94  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 226 aa  92.8  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.45 
 
 		 251 aa  92.8  3e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 228 aa  92.8  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 228 aa  92.8  4e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0098  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 234 aa  92.8  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.2435  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.47 
 
 		 226 aa  92.4  5e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.51 
 
 		 225 aa  92.4  5e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 223 aa  92.4  6e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.64 
 
 		 222 aa  92  7e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 225 aa  91.7  8e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28 
 
 		 225 aa  91.7  9e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 225 aa  90.9  1e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  24.89 
 
 		 225 aa  91.3  1e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4557  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 239 aa  90.5  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.877029  hitchhiker  0.000201157 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3468  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 236 aa  90.5  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.4 
 
 		 227 aa  90.1  3e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.67 
 
 		 223 aa  89.7  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  26.03 
 
 		 225 aa  89.4  4e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>