54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3320 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3320  hypothetical protein  100 
 
 
225 aa  456  1e-127  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.915489  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0618  hypothetical protein  66.07 
 
 
226 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.357102  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0717  hypothetical protein  65.18 
 
 
226 aa  314  7e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000253337  unclonable  0.0000000117044 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3843  hypothetical protein  64.29 
 
 
226 aa  314  8e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000724256  hitchhiker  0.0000000283379 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3487  hypothetical protein  63.84 
 
 
226 aa  313  9.999999999999999e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000126131  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0565  hypothetical protein  66.52 
 
 
226 aa  311  6.999999999999999e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3455  hypothetical protein  63.84 
 
 
226 aa  305  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000227297  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3096  hypothetical protein  64.29 
 
 
226 aa  305  4.0000000000000004e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000106475  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0907  protein of unknown function DUF47  63.84 
 
 
226 aa  305  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000556938  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0883  hypothetical protein  63.84 
 
 
226 aa  305  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000129781  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0917  hypothetical protein  63.84 
 
 
226 aa  305  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00343614  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0692  hypothetical protein  64.73 
 
 
226 aa  305  5.0000000000000004e-82  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130211  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3119  hypothetical protein  63.84 
 
 
226 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000717729  normal  0.542025 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0853  hypothetical protein  63.84 
 
 
226 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000459273  normal  0.62908 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0822  hypothetical protein  63.84 
 
 
226 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000109083  normal  0.209568 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2673  hypothetical protein  62.05 
 
 
226 aa  302  3.0000000000000004e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2681  hypothetical protein  60.27 
 
 
226 aa  296  1e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0612362  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2019  hypothetical protein  61.16 
 
 
228 aa  296  2e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000582127  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00863  hypothetical protein  60.27 
 
 
228 aa  295  3e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3770  hypothetical protein  62.05 
 
 
226 aa  295  3e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3638  hypothetical protein  62.05 
 
 
226 aa  295  4e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.1465  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0181  hypothetical protein  56.7 
 
 
226 aa  270  1e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1190  phosphate transport regulator  58.04 
 
 
226 aa  270  1e-71  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.967179  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68800  hypothetical protein  53.57 
 
 
225 aa  265  5e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5953  hypothetical protein  52.68 
 
 
225 aa  261  4.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004528  phosphate transport regulator  60.62 
 
 
195 aa  251  5.000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.327148  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0351  hypothetical protein  50.45 
 
 
225 aa  246  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0634  hypothetical protein  49.77 
 
 
223 aa  243  1.9999999999999999e-63  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0618  hypothetical protein  49.32 
 
 
223 aa  243  1.9999999999999999e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2827  hypothetical protein  48.42 
 
 
224 aa  228  6e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.245918  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2470  hypothetical protein  50.22 
 
 
226 aa  218  5e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0141  Putitive phosphate transport regulator  46.19 
 
 
226 aa  215  5e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.572504  normal  0.330321 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0711  hypothetical protein  48.43 
 
 
226 aa  214  5.9999999999999996e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2188  hypothetical protein  43.84 
 
 
226 aa  206  3e-52  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.839701  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0138  putative pit accessory protein  42.34 
 
 
238 aa  203  2e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1052  hypothetical protein  41.89 
 
 
224 aa  188  5e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00170442  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0228  hypothetical protein  38.84 
 
 
227 aa  162  4.0000000000000004e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.775061  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1146  Putitive phosphate transport regulator  26.76 
 
 
227 aa  110  2.0000000000000002e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.266401  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0063  hypothetical protein  25 
 
 
224 aa  104  9e-22  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2044  hypothetical protein  26.01 
 
 
228 aa  95.5  6e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000405279  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3224  hypothetical protein  21.36 
 
 
222 aa  78.6  0.00000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1625  hypothetical protein  24.31 
 
 
217 aa  63.9  0.000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.109704  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0664  hypothetical protein  26.23 
 
 
222 aa  63.5  0.000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000019589  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0285  hypothetical protein  25.69 
 
 
217 aa  62.4  0.000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0788  hypothetical protein  23.39 
 
 
212 aa  61.6  0.00000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1332  hypothetical protein  24.89 
 
 
215 aa  60.8  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0688  hypothetical protein  24.32 
 
 
222 aa  60.5  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000115743  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1923  hypothetical protein  23.72 
 
 
223 aa  59.3  0.00000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00116502  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0013  hypothetical protein  26.95 
 
 
213 aa  58.9  0.00000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0013  hypothetical protein  26.95 
 
 
213 aa  58.9  0.00000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0493  hypothetical protein  21.26 
 
 
224 aa  50.8  0.00001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000213235  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0036  Putitive phosphate transport regulator  21.1 
 
 
218 aa  45.4  0.0008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1484  protein of unknown function DUF47  22.54 
 
 
208 aa  44.3  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000548446  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3780  phosphate transport regulator-like  20.86 
 
 
226 aa  42.7  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>