More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3303 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3303  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  61.02 
 
 		 299 aa  396  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  60.07 
 
 		 300 aa  393  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  61.36 
 
 		 300 aa  391  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0611  LysR family transcriptional regulator  60.61 
 
 		 300 aa  392  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  61.69 
 
 		 300 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  61.69 
 
 		 300 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  60.27 
 
 		 302 aa  389  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3342  LysR family transcriptional regulator  59.93 
 
 		 300 aa  389  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  61.36 
 
 		 300 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  57.63 
 
 		 301 aa  372  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  56.61 
 
 		 298 aa  361  9e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  55.44 
 
 		 307 aa  328  7e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  41.52 
 
 		 309 aa  218  7.999999999999999e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 299 aa  211  9e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 302 aa  208  8e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 301 aa  208  8e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 302 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 302 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 299 aa  206  5e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 299 aa  206  5e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 299 aa  205  8e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  37.87 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  37.67 
 
 		 305 aa  202  7e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 295 aa  202  7e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 320 aa  198  7.999999999999999e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 299 aa  198  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 302 aa  195  8.000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  36.86 
 
 		 302 aa  195  9e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.86 
 
 		 302 aa  195  9e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1264  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.14 
 
 		 335 aa  189  7e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1323  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1387  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 300 aa  187  3e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0754648  normal  0.547143 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  37.07 
 
 		 306 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2447  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 294 aa  186  5e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.707294  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2349  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 302 aa  185  8e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3473  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.69 
 
 		 317 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 309 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1807  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.625247  normal  0.540771 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1091  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 307 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1091  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.93926 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3037  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.585683 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1157  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  34.32 
 
 		 307 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3307  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1207  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3164  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 314 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3163  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 314 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2042  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 297 aa  175  8e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.579809 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 331 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.56 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 293 aa  172  5.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 328 aa  172  5.999999999999999e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2782  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 320 aa  171  9e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0196765  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 367 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 367 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8728  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  33.33 
 
 		 309 aa  170  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 353 aa  170  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 351 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 351 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 351 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 351 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 351 aa  169  4e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  36.39 
 
 		 351 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 351 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 303 aa  169  4e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 351 aa  169  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 320 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 303 aa  169  6e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 362 aa  168  8e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 355 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3932  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 299 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 310 aa  166  5e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  165  6.9999999999999995e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 310 aa  165  6.9999999999999995e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  165  9e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 347 aa  165  9e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 349 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 349 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 349 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  31.46 
 
 		 302 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 349 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>