More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3298 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010468  EcolC_1411  sn-glycerol-3-phosphate transporter  66.89 
 
 
452 aa  637  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.476503 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2622  sn-glycerol-3-phosphate transporter  66.81 
 
 
452 aa  636  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5978  sn-glycerol-3-phosphate transporter  69.42 
 
 
448 aa  644  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.207284  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03311  sn-glycerol-3-phosphate transporter  73.03 
 
 
455 aa  672  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5238  glycerol-3-phosphate transporter  70.92 
 
 
449 aa  675  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2380  sn-glycerol-3-phosphate transporter  66.81 
 
 
452 aa  636  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0305  sn-glycerol-3-phosphate transporter  70.22 
 
 
449 aa  677  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.886958 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1713  sn-glycerol-3-phosphate transporter  72.53 
 
 
483 aa  688  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2537  sn-glycerol-3-phosphate transporter  66.81 
 
 
452 aa  636  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69130  sn-glycerol-3-phosphate transporter  70.02 
 
 
448 aa  649  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5451  sn-glycerol-3-phosphate transporter  70.25 
 
 
449 aa  644  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00923139 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3298  sn-glycerol-3-phosphate transporter  100 
 
 
457 aa  931  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1419  glycerol-3-phosphate transporter  66.89 
 
 
452 aa  637  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02166  sn-glycerol-3-phosphate transporter  66.81 
 
 
452 aa  636  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0001  sn-glycerol-3-phosphate transporter  72.89 
 
 
452 aa  674  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  5.30916e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3958  sn-glycerol-3-phosphate transporter  66.29 
 
 
449 aa  634  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00220837  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02125  hypothetical protein  66.81 
 
 
452 aa  636  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002677  glycerol-3-phosphate transporter  73.57 
 
 
454 aa  671  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2468  sn-glycerol-3-phosphate transporter  66.52 
 
 
452 aa  634  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0862405 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3377  sn-glycerol-3-phosphate transporter  66.59 
 
 
452 aa  634  1e-180  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2627  sn-glycerol-3-phosphate transporter  66.52 
 
 
452 aa  634  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.588856 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2419  sn-glycerol-3-phosphate transporter  66.52 
 
 
452 aa  634  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2511  sn-glycerol-3-phosphate transporter  66.52 
 
 
452 aa  634  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3268  sn-glycerol-3-phosphate transporter  66.97 
 
 
446 aa  632  1e-180  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2523  sn-glycerol-3-phosphate transporter  66.52 
 
 
452 aa  634  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.791252 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0247  sn-glycerol-3-phosphate transporter  65.41 
 
 
450 aa  633  1e-180  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0274937  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2392  sn-glycerol-3-phosphate transporter  66.59 
 
 
452 aa  634  1e-180  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0199  sn-glycerol-3-phosphate transporter  66.07 
 
 
449 aa  625  1e-178  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000543007  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0199  sn-glycerol-3-phosphate transporter  67.64 
 
 
451 aa  627  1e-178  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.140488  normal  0.0295712 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2804  sn-glycerol-3-phosphate transporter  65.7 
 
 
450 aa  623  1e-177  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.42488  normal  0.676266 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4149  sn-glycerol-3-phosphate transporter  66.52 
 
 
449 aa  619  1e-176  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  8.7639e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0225  sn-glycerol-3-phosphate transporter  66.82 
 
 
450 aa  612  1e-174  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2870  glycerol-3-phosphate transporter  63.74 
 
 
445 aa  593  1e-168  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0661  glycerol-3-phosphate transporter  64.14 
 
 
449 aa  580  1e-164  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00772133  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4646  glycerol-3-phosphate transporter  63.99 
 
 
449 aa  581  1e-164  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  7.91973e-08  unclonable  8.6547e-26 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0790  glycerol-3-phosphate transporter  64.14 
 
 
449 aa  578  1e-164  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  8.64698e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0571  glycerol-3-phosphate transporter  64.14 
 
 
449 aa  580  1e-164  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00198632  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0572  glycerol-3-phosphate transporter  63.91 
 
 
449 aa  579  1e-164  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00224555  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0628  glycerol-3-phosphate transporter  64.14 
 
 
449 aa  580  1e-164  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  2.15527e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0729  glycerol-3-phosphate transporter  64.14 
 
 
449 aa  578  1e-164  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.221122  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0556  glycerol-3-phosphate transporter  62.61 
 
 
449 aa  578  1e-164  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  3.67094e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0575  glycerol-3-phosphate transporter  63.3 
 
 
449 aa  575  1e-163  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0424748  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0718  glycerol-3-phosphate transporter  63.68 
 
 
449 aa  577  1e-163  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.70433e-14 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0692  glycerol-3-phosphate transporter  63.07 
 
 
449 aa  575  1e-163  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00296748  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0577  glycerol-3-phosphate transporter  58.89 
 
 
448 aa  535  1e-151  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2060  glycerol-3-phosphate transporter  60.05 
 
 
452 aa  521  1e-146  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0385  glycerol-3-phosphate transporter  59.47 
 
 
452 aa  512  1e-144  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  1.12087e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0395  glycerol-3-phosphate transporter  59.47 
 
 
452 aa  512  1e-144  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0536129  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0511  glycerol 3-phosphate transporter  52.3 
 
 
481 aa  498  1e-139  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  6.1877e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0222  glycerol-3-phosphate transporter  45.77 
 
 
445 aa  402  1e-111  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0222  glycerol-3-phosphate transporter  45.77 
 
 
445 aa  402  1e-111  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.493626  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5429  phosphoglycerate transporter family protein  46.28 
 
 
444 aa  392  1e-108  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5375  phosphoglycerate transporter family protein  46.28 
 
 
444 aa  392  1e-108  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5349  phosphoglycerate transporter family protein  45.82 
 
 
444 aa  390  1e-107  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5051  phosphoglycerate transporter  45.6 
 
 
444 aa  389  1e-107  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3790  phosphoglycerate transporter  44.89 
 
 
446 aa  392  1e-107  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5381  phosphoglycerate transporter family protein  44.03 
 
 
444 aa  386  1e-106  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4955  glycerol-3-phosphate transporter  44.57 
 
 
444 aa  387  1e-106  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5573  phosphoglycerate transporter family protein  43.81 
 
 
444 aa  385  1e-106  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5500  phosphoglycerate transporter family protein  45.82 
 
 
444 aa  387  1e-106  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5109  phosphoglycerate transporter family protein  45.82 
 
 
444 aa  387  1e-106  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4940  glycerol-3-phosphate transporter  44.79 
 
 
444 aa  387  1e-106  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000089  hexose phosphate uptake regulatory protein UhpC  37.56 
 
 
446 aa  311  1e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2759  phosphoglycerate transporter  37.28 
 
 
463 aa  307  2e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2540  phosphoglycerate transport: transporter  37.28 
 
 
463 aa  307  2e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2588  phosphoglycerate transport: transporter  37.28 
 
 
463 aa  307  2e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2629  phosphoglycerate transport: transporter  37.47 
 
 
463 aa  306  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2653  phosphoglycerate transport: transporter  37.47 
 
 
463 aa  306  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00132768 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1436  glycerol-3-phosphate transporter, putative  38.62 
 
 
457 aa  301  2e-80  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000217705  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0831  GlpT/PgpT/UhpT family protein  40.93 
 
 
456 aa  294  2e-78  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.571145  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2623  hypothetical protein  37.69 
 
 
455 aa  279  6e-74  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2474  hypothetical protein  37.69 
 
 
455 aa  279  7e-74  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5097  regulatory protein UhpC  35.6 
 
 
439 aa  265  1e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.113676 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4032  regulatory protein UhpC  35.25 
 
 
439 aa  265  1e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.47751 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4252  regulatory protein UhpC  35.6 
 
 
439 aa  265  1e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0032  regulatory protein UhpC  35.6 
 
 
439 aa  265  1e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03551  membrane protein regulates uhpT expression  35.6 
 
 
439 aa  264  2e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03493  hypothetical protein  35.6 
 
 
439 aa  264  2e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3880  regulatory protein UhpC  35.6 
 
 
439 aa  264  2e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0036  phosphoglycerate transporter  35.6 
 
 
439 aa  264  2e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0134  regulatory protein UhpC  33.72 
 
 
443 aa  262  9e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4175  regulatory protein UhpC  35.36 
 
 
439 aa  261  1e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1367  major facilitator superfamily MFS_1  33.95 
 
 
446 aa  257  3e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0083  regulatory protein UhpC  35.07 
 
 
443 aa  256  4e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.644662  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4078  regulatory protein UhpC  35.07 
 
 
443 aa  256  5e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1773  major facilitator superfamily MFS_1  33.49 
 
 
441 aa  256  8e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4130  regulatory protein UhpC  34.56 
 
 
453 aa  256  8e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.543128  normal  0.246836 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0029  regulatory protein UhpC  35.94 
 
 
442 aa  251  2e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.444536 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3502  regulatory protein UhpC  35.36 
 
 
447 aa  248  2e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4119  regulatory protein UhpC  33.93 
 
 
442 aa  247  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4069  regulatory protein UhpC  34.01 
 
 
442 aa  245  1e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3998  regulatory protein UhpC  33.71 
 
 
442 aa  244  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4014  regulatory protein UhpC  33.71 
 
 
442 aa  244  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4177  regulatory protein UhpC  33.71 
 
 
442 aa  244  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0834  major facilitator transporter  35.77 
 
 
433 aa  242  1e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.789702 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0573  glycerol-3-phosphatase transporter  32.59 
 
 
459 aa  241  3e-62  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.167538  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0640  major facilitator transporter  31.46 
 
 
480 aa  240  5e-62  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0187826  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0624  regulatory protein UhpC  33.98 
 
 
436 aa  234  3e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1684  major facilitator superfamily MFS_1  32.49 
 
 
422 aa  230  5e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.597788  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2484  major facilitator superfamily MFS_1  34.69 
 
 
437 aa  228  2e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.371428  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>