More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3270 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00074  isopropylmalate isomerase large subunit  66.45 
 
 
466 aa  634    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3526  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  66.45 
 
 
466 aa  634    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3537  isopropylmalate isomerase large subunit  67.88 
 
 
476 aa  650    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4210  isopropylmalate isomerase large subunit  67.46 
 
 
471 aa  650    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0592  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  69.03 
 
 
466 aa  653    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0066  isopropylmalate isomerase large subunit  66.45 
 
 
466 aa  634    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03087  isopropylmalate isomerase large subunit  82.33 
 
 
466 aa  793    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3797  isopropylmalate isomerase large subunit  67.53 
 
 
466 aa  648    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0743  isopropylmalate isomerase large subunit  69.25 
 
 
466 aa  648    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00073  hypothetical protein  66.45 
 
 
466 aa  634    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2938  isopropylmalate isomerase large subunit  67.88 
 
 
476 aa  650    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0630  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  68.6 
 
 
466 aa  657    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001658  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  66.88 
 
 
466 aa  647    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3407  isopropylmalate isomerase large subunit  67.88 
 
 
476 aa  650    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0077  isopropylmalate isomerase large subunit  66.45 
 
 
466 aa  634    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.387894 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3609  isopropylmalate isomerase large subunit  68.17 
 
 
466 aa  654    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3270  isopropylmalate isomerase large subunit  100 
 
 
468 aa  964    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00815  isopropylmalate isomerase large subunit  66.45 
 
 
466 aa  643    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0375  isopropylmalate isomerase large subunit  65.87 
 
 
471 aa  631  1e-180  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2067  isopropylmalate isomerase large subunit  67.53 
 
 
467 aa  632  1e-180  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0077  isopropylmalate isomerase large subunit  66.24 
 
 
466 aa  634  1e-180  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3585  isopropylmalate isomerase large subunit  66.24 
 
 
466 aa  634  1e-180  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000478946 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0079  isopropylmalate isomerase large subunit  66.45 
 
 
466 aa  634  1e-180  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0399  isopropylmalate isomerase large subunit  66.96 
 
 
468 aa  628  1e-179  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000573464 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0473  isopropylmalate isomerase large subunit  66.52 
 
 
474 aa  630  1e-179  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0127  isopropylmalate isomerase large subunit  66.67 
 
 
466 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.03719 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0127  isopropylmalate isomerase large subunit  66.67 
 
 
466 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0387  isopropylmalate isomerase large subunit  66.96 
 
 
468 aa  628  1e-179  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0123  isopropylmalate isomerase large subunit  66.67 
 
 
466 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.610682  normal  0.713431 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0388  isopropylmalate isomerase large subunit  66.96 
 
 
468 aa  628  1e-179  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0122  isopropylmalate isomerase large subunit  66.67 
 
 
466 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.924094  normal  0.160243 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0075  isopropylmalate isomerase large subunit  66.24 
 
 
466 aa  630  1e-179  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0120  isopropylmalate isomerase large subunit  66.67 
 
 
466 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0413  isopropylmalate isomerase large subunit  67.17 
 
 
468 aa  629  1e-179  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000169798 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4234  isopropylmalate isomerase large subunit  66.74 
 
 
474 aa  625  1e-178  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3586  isopropylmalate isomerase large subunit  66.74 
 
 
474 aa  626  1e-178  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0620  isopropylmalate isomerase large subunit  66.31 
 
 
466 aa  627  1e-178  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.135441 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3759  isopropylmalate isomerase large subunit  66.52 
 
 
474 aa  625  1e-178  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.134544 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3470  isopropylmalate isomerase large subunit  66.09 
 
 
466 aa  623  1e-177  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.510231  normal  0.406012 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0370  isopropylmalate isomerase large subunit  66.67 
 
 
474 aa  624  1e-177  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0395  isopropylmalate isomerase large subunit  64.79 
 
 
466 aa  615  1e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000243407 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3818  isopropylmalate isomerase large subunit  65 
 
 
470 aa  615  1e-175  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4548  isopropylmalate isomerase large subunit  63.93 
 
 
466 aa  610  1e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.182173  normal  0.0136159 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0336  isopropylmalate isomerase large subunit  64.13 
 
 
482 aa  608  1e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3826  isopropylmalate isomerase large subunit  64.15 
 
 
466 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0390  isopropylmalate isomerase large subunit  65.09 
 
 
469 aa  602  1.0000000000000001e-171  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0337  isopropylmalate isomerase large subunit  64.15 
 
 
470 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.301995  normal  0.508758 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3567  isopropylmalate isomerase large subunit  62.34 
 
 
477 aa  597  1e-169  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3463  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  61.94 
 
 
465 aa  582  1.0000000000000001e-165  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0762821  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0194  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  60.82 
 
 
469 aa  572  1.0000000000000001e-162  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1591  isopropylmalate isomerase large subunit  62.55 
 
 
473 aa  574  1.0000000000000001e-162  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.777227 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0861  isopropylmalate isomerase large subunit  60.17 
 
 
471 aa  571  1e-161  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0626  isopropylmalate isomerase large subunit  59.78 
 
 
465 aa  569  1e-161  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1189  isopropylmalate isomerase large subunit  59.18 
 
 
472 aa  570  1e-161  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.672672  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09060  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  59.83 
 
 
471 aa  568  1e-161  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.918212  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4999  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  60.31 
 
 
470 aa  565  1e-160  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.653294  normal  0.386887 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2916  isopropylmalate isomerase large subunit  61.34 
 
 
470 aa  565  1e-160  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2149  isopropylmalate isomerase large subunit  60.43 
 
 
466 aa  562  1.0000000000000001e-159  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.754808  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1705  isopropylmalate isomerase large subunit  61.08 
 
 
468 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0785429  hitchhiker  0.00273209 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11100  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  58.58 
 
 
479 aa  559  1e-158  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1889  isopropylmalate isomerase large subunit  62.61 
 
 
472 aa  560  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.169279  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0185  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  59.31 
 
 
468 aa  558  1e-158  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.08009  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2135  isopropylmalate isomerase large subunit  58.94 
 
 
481 aa  560  1e-158  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1149  isopropylmalate isomerase large subunit  58.47 
 
 
481 aa  558  1e-158  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000597548 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05886  alpha isopropylmalate isomerase (Eurofung)  59.62 
 
 
772 aa  558  1e-157  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00198619  normal  0.994666 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1423  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  58.76 
 
 
473 aa  555  1e-157  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1258  isopropylmalate isomerase large subunit  58.47 
 
 
481 aa  555  1e-157  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.55744  normal  0.382246 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2316  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  58.21 
 
 
487 aa  556  1e-157  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000114053 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4053  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  58.06 
 
 
474 aa  555  1e-157  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1921  isopropylmalate isomerase large subunit  58.42 
 
 
481 aa  557  1e-157  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2802  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  59.66 
 
 
462 aa  556  1e-157  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0861644  normal  0.228539 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2591  isopropylmalate isomerase large subunit  59.61 
 
 
471 aa  555  1e-157  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00933091  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1901  isopropylmalate isomerase large subunit  58.21 
 
 
481 aa  555  1e-157  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.918864 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1478  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  57.77 
 
 
486 aa  555  1e-157  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.333411  normal  0.827202 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3298  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  59.78 
 
 
471 aa  555  1e-157  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.405916  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1967  isopropylmalate isomerase large subunit  58.42 
 
 
481 aa  557  1e-157  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02613  isopropylmalate isomerase large subunit  60.47 
 
 
482 aa  553  1e-156  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2523  isopropylmalate isomerase large subunit  61.16 
 
 
475 aa  551  1e-156  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.520601  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1573  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  59 
 
 
493 aa  553  1e-156  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.488131  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0863  isopropylmalate isomerase large subunit  61.16 
 
 
475 aa  551  1e-156  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8049  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  58.76 
 
 
468 aa  554  1e-156  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.200463  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8018  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  58.37 
 
 
459 aa  552  1e-156  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34280  isopropylmalate isomerase large subunit  60.68 
 
 
474 aa  552  1e-156  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2519  isopropylmalate isomerase large subunit  57.45 
 
 
484 aa  551  1e-156  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.252815  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2723  isopropylmalate isomerase large subunit  60.13 
 
 
475 aa  548  1e-155  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00243563  normal  0.0720472 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3280  isopropylmalate isomerase large subunit  59.83 
 
 
467 aa  550  1e-155  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.215534  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0158  isopropylmalate isomerase large subunit  60.26 
 
 
472 aa  548  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0363  isopropylmalate isomerase large subunit  61.12 
 
 
468 aa  550  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.271446  normal  0.532793 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2256  isopropylmalate isomerase large subunit  57.32 
 
 
484 aa  551  1e-155  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000783708 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2225  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  60.26 
 
 
471 aa  548  1e-155  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.918253  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08740  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  58 
 
 
484 aa  550  1e-155  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.000460564  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0422  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  58.72 
 
 
471 aa  549  1e-155  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0695199 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4227  isopropylmalate isomerase large subunit  57.87 
 
 
481 aa  550  1e-155  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.888543 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0216  isopropylmalate isomerase large subunit  59.79 
 
 
480 aa  548  1e-155  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.146559 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1669  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  60.86 
 
 
465 aa  548  1e-155  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0233654  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3215  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  58.33 
 
 
477 aa  545  1e-154  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.056695  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18560  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  58.15 
 
 
479 aa  546  1e-154  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.242112  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1113  isopropylmalate isomerase large subunit  59.57 
 
 
465 aa  547  1e-154  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.681996  normal  0.828695 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4223  isopropylmalate isomerase large subunit  60.65 
 
 
469 aa  548  1e-154  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1565  isopropylmalate isomerase large subunit  60.17 
 
 
472 aa  547  1e-154  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.046679  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>